RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	NRP1	O14786	923 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CXCL14	O95715	111 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	POMC	P01189	267 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	EDN1	P05305	212 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXB8	P17481	243 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	MLH1	P40692	756 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	FXR2	P51116	673 aa	Known RBP eCLIP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	RNASEL	Q05823	741 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	MAEA	Q7L5Y9	396 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CDR2L	Q86X02	465 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	COLGALT2	Q8IYK4	626 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CNNM3	Q8NE01	707 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	URGCP	Q8TCY9	931 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CASP10	Q92851	521 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	NACC1	Q96RE7	527 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	APOL5	Q9BWW9	433 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	FZD8	Q9H461	694 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ARIH1	Q9Y4X5	557 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1B0GUA9	196 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464		F8W810	466 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SRGAP2B	P0DMP2	458 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ITGA4	P13612	1032 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	EPCAM	P16422	314 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP11B2	P19099	503 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	MUT	P22033	750 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PLA2G5	P39877	138 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SCNN1G	P51170	649 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	IL17A	Q16552	155 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM187B	Q17R55	369 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	IGSF22	Q8N9C0	903 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM184A	Q8NB25	1140 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	MCPH1	Q8NEM0	835 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFP42	Q96MM3	310 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	GAD1	Q99259	594 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC113	Q9H0I3	377 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	UBN1	Q9NPG3	1134 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	KANSL3	Q9P2N6	904 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	GIT1	Q9Y2X7	761 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHB6	Q9Y5E3	794 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRIQ4	A6NIV6	560 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIO	O75962	3097 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	RABEP1	Q15276	862 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	KANK3	Q6NY19	840 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC27A1	Q6PCB7	646 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PADI6	Q6TGC4	694 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	HFE2	Q6ZVN8	426 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TAS1R1	Q7RTX1	841 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	C12orf76	Q8N812	135 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	EDA	Q92838	391 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PRIMPOL	Q96LW4	560 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC43	Q96MW1	224 aa	Known RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	HERC2P3	Q9BVR0	1158 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAM7	Q9H2U9	754 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	POMK	Q9H5K3	350 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ZMYM2	Q9UBW7	1377 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	FAN1	Q9Y2M0	1017 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGEF35	A5YM69	484 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PP2D1	A8MPX8	630 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	NPTXR	O95502	500 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ALDH2	P05091	517 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CNP	P09543	421 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	AKAP5	P24588	427 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CLCN4	P51793	760 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ITIH3	Q06033	890 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PTGDR	Q13258	359 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	GIT2	Q14161	759 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PDIA5	Q14554	519 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TPRN	Q4KMQ1	711 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ERMN	Q8TAM6	284 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TMX3	Q96JJ7	454 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	RPGRIP1	Q96KN7	1286 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	KLHL5	Q96PQ7	755 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	MMTAG2	Q9BU76	263 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	APOL6	Q9BWW8	343 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PDZD7	Q9H5P4	517 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF4ENIF1	Q9NRA8	985 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	LRWD1	Q9UFC0	647 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	NOL7	Q9UMY1	257 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	USP20	Q9Y2K6	914 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PRG3	Q9Y2Y8	225 aa	Predicted RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PTGES	O14684	152 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SOD2	P04179	222 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	WEE2	P0C1S8	567 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CCT6A	P40227	531 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	NAMPT	P43490	491 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	ZXDA	P98168	799 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	NAB2	Q15742	525 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	RARS2	Q5T160	578 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	EEF1DP3	Q658K8	133 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNK18	Q7Z418	384 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	DAW1	Q8N136	415 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	KIFC3	Q9BVG8	833 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	C2orf40	Q9H1Z8	148 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CXCL16	Q9H2A7	254 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	BHMT2	Q9H2M3	363 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	POLD4	Q9HCU8	107 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PRMT7	Q9NVM4	692 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	DZANK1	Q9NVP4	752 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-211	ENST00000467464	STK39	Q9UEW8	545 aa		13.24	□□□□□ -0.29

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