RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000251722.10

USP40-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC

Gene USP40, Length 5,692 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-201ENST00000251722 PODXLO00592 558 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CHEK2O96017 543 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 PSMA2P25787 234 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 MSH2P43246 934 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 EHHADHQ08426 723 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 ITPRIPL1Q6GPH6 555 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 THNSL1Q8IYQ7 743 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 GUF1Q8N442 669 aaKnown RBP13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 LRRC8CQ8TDW0 803 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SDCCAG3Q96C92 435 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 ELP3Q9H9T3 547 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 FLT1P17948 1338 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SYNGAP1Q96PV0 1343 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 STAT5BP51692 787 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CACNB3P54284 484 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SWSAP1Q6NVH7 229 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 VSTM4Q8IW00 320 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 B4GALNT2Q8NHY0 566 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SEPT1Q8WYJ6 367 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 PIDD1Q9HB75 910 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 PYCARDQ9ULZ3 195 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 DIP2BQ9P265 1576 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 TXNP10599 105 aaKnown RBP13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 VCAM1P19320 739 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 ZNF543Q08ER8 600 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 R3HDM1Q15032 1099 aaKnown RBP13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SCG3Q8WXD2 468 aaKnown RBP13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SLITRK6Q9H5Y7 841 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 GPBP1L1Q9HC44 474 aaPredicted RBP13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 MKL2Q9ULH7 1088 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 NEURL4Q96JN8 1562 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CARNS1A5YM72 827 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SEC31AO94979 1220 aaKnown RBP13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SCARF1Q14162 830 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 RAPH1Q70E73 1250 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 PSMB7Q99436 277 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 ZNF212Q9UDV6 495 aa13.6□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 ZBBXA8MT70 800 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 KRT7P08729 469 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 GLE1Q53GS7 698 aaKnown RBP13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 FBXO33Q7Z6M2 555 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SIRT2Q8IXJ6 389 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CEP70Q8NHQ1 597 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 NUDT12Q9BQG2 462 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 MYOZ2Q9NPC6 264 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 ARHGAP10A1A4S6 786 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 LRRIQ3A6PVS8 624 aaPredicted RBP13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 IL18RAPO95256 599 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CD4P01730 458 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 TAC1P20366 129 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 YAF2Q8IY57 180 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 LXNQ9BS40 222 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 FOXP2O15409 715 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SUN1O94901 812 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 HMGCS2P54868 508 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 DUOXA2Q1HG44 320 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 SFR1Q86XK3 245 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 FAM133AQ8N9E0 248 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 RNF217Q8TC41 542 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 PARD3BQ8TEW8 1205 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CNOT10Q9H9A5 744 aaKnown RBP13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 EIF3DO15371 548 aaKnown RBP eCLIP13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 KPNA6O60684 536 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 RBL2Q08999 1139 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 COASYQ13057 564 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 KCNB1Q14721 858 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CASP10Q92851 521 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 ATP6V1E2Q96A05 226 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 AAASQ9NRG9 546 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CD58P19256 250 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 MUTP22033 750 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 VAMP7P51809 220 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 MTMR2Q13614 643 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CUL1Q13616 776 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 OLFML1Q6UWY5 402 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CENPUQ71F23 418 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 FRMD5Q7Z6J6 570 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 RHPN2Q8IUC4 686 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 MFN1Q8IWA4 741 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 PDIK1LQ8N165 341 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CXorf38Q8TB03 319 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 CALN1Q9BXU9 219 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 OSBPL1AQ9BXW6 950 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 ADARB2Q9NS39 739 aaKnown RBP13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 ADAM22Q9P0K1 906 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 IP6K2Q9UHH9 426 aa13.59□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 IQANK1A0A1B0GTG1 560 aa13.58□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 TTC4O95801 387 aa13.58□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 RARBP10826 455 aa13.58□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 GJA8P48165 433 aa13.58□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 GANCQ8TET4 914 aa13.58□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 GDAP1L1Q96MZ0 367 aa13.58□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 RIT2Q99578 217 aa13.58□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 PPME1Q9Y570 386 aa13.58□□□□□ -0.23
USP40-201ENST00000251722 AKR1B1P15121 316 aa13.58□□□□□ -0.24
USP40-201ENST00000251722 RGS2P41220 211 aa13.58□□□□□ -0.24
USP40-201ENST00000251722 GYS2P54840 703 aa13.58□□□□□ -0.24
USP40-201ENST00000251722 OSTNP61366 133 aa13.58□□□□□ -0.24
USP40-201ENST00000251722 DEUP1Q05D60 604 aa13.58□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.8 ms