RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 TRPV6Q9H1D0 765 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 STARD7Q9NQZ5 370 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 ERAP1Q9NZ08 941 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 DLC1Q96QB1 1528 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 DIP2BQ9P265 1576 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 MANSC4A6NHS7 340 aaPredicted RBP10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 RNF40O75150 1001 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 SDC4P31431 198 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 GCLCP48506 637 aaPredicted RBP10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 MNAT1P51948 309 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 IL1RL1Q01638 556 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TMEM132DQ14C87 1099 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 XKR3Q5GH77 459 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 INTS5Q6P9B9 1019 aaKnown RBP10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 CLEC10AQ8IUN9 316 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 NDST4Q9H3R1 872 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 LCMT1Q9UIC8 334 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 PCDHB8Q9UN66 801 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 WDR19Q8NEZ3 1342 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 ITSN1Q15811 1721 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 ARHGAP42A6NI28 874 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC85CA6NKD9 419 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 GSTA4O15217 222 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 ASMTLO95671 621 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 NR3C2P08235 984 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF543Q08ER8 600 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 EMC2Q15006 297 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TTC23LQ6PF05 361 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 ATG9AQ7Z3C6 839 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TRMT2AQ8IZ69 625 aaKnown RBP10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 RABEP2Q9H5N1 569 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 EHD2Q9NZN4 543 aa10.13□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 F5H423 210 aaPredicted RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 SNX2O60749 519 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 GTF2H3Q13889 308 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 NECTIN1Q15223 517 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 PTPN21Q16825 1174 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 ANO4Q32M45 955 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TCP11X2Q5H9J9 407 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TTC19Q6DKK2 380 aaPredicted RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TAS2R42Q7RTR8 314 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 SCFD2Q8WU76 684 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 VCX3BQ9H321 246 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 NHEJ1Q9H9Q4 299 aaPredicted RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TRIM17Q9Y577 477 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 LRRC7Q96NW7 1537 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 MYBP10242 640 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 AP1B1Q10567 949 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TRIM28Q13263 835 aaKnown RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 DUOXA2Q1HG44 320 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 SZRD1Q7Z422 152 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 MB21D2Q8IYB1 491 aaPredicted RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 DCP1BQ8IZD4 617 aaKnown RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 CACNA2D3Q8IZS8 1091 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 AGBL1Q96MI9 1066 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 FHDC1Q9C0D6 1143 aaPredicted RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 SARS2Q9NP81 518 aaKnown RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TSR3Q9UJK0 312 aaKnown RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 SLC13A4Q9UKG4 626 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 SYNGAP1Q96PV0 1343 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 LMTK2Q8IWU2 1503 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 RFC5P40937 340 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 PAPOLAP51003 745 aaKnown RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 CDK17Q00537 523 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 KNOP1Q1ED39 458 aaKnown RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 C17orf53Q8N3J3 647 aaPredicted RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 RAB42Q8N4Z0 105 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 PCSK9Q8NBP7 692 aaKnown RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF512Q96ME7 567 aaPredicted RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 INTS2Q9H0H0 1204 aaKnown RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 GINM1Q9NU53 330 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 RFX7Q2KHR2 1363 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 EFCAB8A8MWE9 144 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 E5RI56 91 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 PDHXO00330 501 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 LARGE1O95461 756 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 NPTXRO95502 500 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 EIF4A3P38919 411 aaKnown RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 PSMC1P62191 440 aaKnown RBP10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF235Q14590 738 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 RESP18Q5W5W9 173 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 PPP4R4Q6NUP7 873 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 DEFB128Q7Z7B8 93 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 LRGUKQ96M69 825 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 HAUS8Q9BT25 410 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 SEL1LQ9UBV2 794 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 AGAP1Q9UPQ3 857 aa10.12□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 GOLGA8QA0A0J9YX86 632 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 GOLGA8OA6NCC3 632 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 GOLGA8NF8WBI6 632 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TJP3O95049 919 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 FTCDO95954 541 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 RCAN1P53805 252 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 EFHBQ8N7U6 833 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 EDEM3Q9BZQ6 932 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 KLC2Q9H0B6 622 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 AFF4Q9UHB7 1163 aaKnown RBP10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 232 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 PIK3R2O00459 728 aa10.11□□□□□ -0.79
PTPRB-204ENST00000538708 TMED2Q15363 201 aa10.11□□□□□ -0.79
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.6 ms