RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000414879.5

PTPRF-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 4,836 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-205	ENST00000414879	CABS1	Q96KC9	395 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	IP6K2	Q9UHH9	426 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TTLL3	Q9Y4R7	772 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DLG5	Q8TDM6	1919 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CD58	P19256	250 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ANKRD20A3	Q5VUR7	823 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	NDUFAF2	Q8N183	169 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ACAP3	Q96P50	834 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CNOT8	Q9UFF9	292 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PPARG	P37231	505 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SMIM5	Q71RC9	77 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC13	Q8IYE1	715 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PDLIM2	Q96JY6	352 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	NUDT12	Q9BQG2	462 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MTIF3	Q9H2K0	278 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC38A7	Q9NVC3	462 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SUCLA2	Q9P2R7	463 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ANAPC5	Q9UJX4	755 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879		A0A1B0GTH6	734 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	NKRF	O15226	690 aa	Known RBP eCLIP	12.82	□□□□□ -0.36	2e-6	■■■■□ 21.8
PTPRF-205	ENST00000414879	HEXIM1	O94992	359 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CTDNEP1	O95476	244 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SOX5	P35711	763 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ECE1	P42892	770 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	OSTN	P61366	133 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ARHGEF18	Q6ZSZ5	1173 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	NIPA1	Q7RTP0	329 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	EHD2	Q9NZN4	543 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PPP1R9A	Q9ULJ8	1098 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	LRRC53	A6NM62	1247 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ZRANB2	O95218	330 aa	Known RBP eCLIP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	INHBA	P08476	426 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PRR29	P0C7W0	189 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SKI	P12755	728 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC1A1	P43005	524 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CPT1A	P50416	773 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879		Q3C1V9	767 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ACRBP	Q8NEB7	543 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DNER	Q8NFT8	737 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TRPV6	Q9H1D0	765 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	WNT8A	Q9H1J5	351 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	KPNA6	O60684	536 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CD4	P01730	458 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ZFX	P17010	805 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PSMA2	P25787	234 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	OAS2	P29728	719 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RBP5	P82980	135 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CXCL9	Q07325	125 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	IFRD2	Q12894	506 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MYBPC2	Q14324	1141 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879		Q4G0T1	1027 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF449	Q6P9G9	518 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RAET1E	Q8TD07	263 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	STMN2	Q93045	179 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DPH5	Q9H2P9	285 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CYP26B1	Q9NR63	512 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879		A0A1W2PQJ5	194 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	LRRD1	A4D1F6	860 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PLCB4	Q15147	1175 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PDXDC1	Q6P996	788 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SPATA24	Q86W54	205 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CD302	Q8IX05	232 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DHX40	Q8IX18	779 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	GPC2	Q8N158	579 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DGCR8	Q8WYQ5	773 aa	Known RBP eCLIP	12.81	□□□□□ -0.36	8e-7	■■■■■ 32.1
PTPRF-205	ENST00000414879	STK33	Q9BYT3	514 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CNOT10	Q9H9A5	744 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TRIM49B	A6NDI0	452 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ALDH1A1	P00352	501 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ITK	Q08881	620 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	KAZN	Q674X7	775 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	VSIG1	Q86XK7	387 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SYT2	Q8N9I0	419 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SYN2	Q92777	582 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	GAK	O14976	1311 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MOCS3	O95396	460 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	GUCY2F	P51841	1108 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DRAP1	Q14919	205 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MAP3K21	Q5TCX8	1036 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DARS2	Q6PI48	645 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	COBL	O75128	1261 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ATP2C2	O75185	946 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CYP11B2	P19099	503 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	EMC2	Q15006	297 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DGKD	Q16760	1214 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SGSM1	Q2NKQ1	1148 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF484	Q5JVG2	852 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF677	Q86XU0	584 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	GPIHBP1	Q8IV16	184 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MAF1	Q9H063	256 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PP2D1	A8MPX8	630 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TGFB3	P10600	412 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	KLRK1	P26718	216 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CYFIP1	Q7L576	1253 aa		12.8	□□□□□ -0.36

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30.6 ms