RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	YPR195C	Q06594	109 aa		2.09	□□□□□ -2.07
CSE4	YKL049C	BI3	Q9ZZW7	517 aa		2.09	□□□□□ -2.07
CSE4	YKL049C	FLO11	P08640	1367 aa		2.09	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	MHP1	P43638	1398 aa		2.09	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	CFT1	Q06632	1357 aa	Known RBP	2.09	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	TSC11	P40061	1430 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	GEA1	P47102	1408 aa	Predicted RBP	2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	NUP170	P38181	1502 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	DNA2	P38859	1522 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	FUS3	P16892	353 aa	Known RBP	2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	MXR2	P25566	168 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	MKK1	P32490	508 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	IME2	P32581	645 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YKL071W	P36086	256 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	PCH2	P38126	564 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	TRR2	P38816	342 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YNL143C	P53908	130 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	NAT4	Q04751	285 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	RFM1	Q12192	310 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	TOP2	P06786	1428 aa	Known RBP	2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	SRB8	P25648	1427 aa		2.08	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YPK9	Q12697	1472 aa		2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	KOG1	P38873	1557 aa		2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	ESC1	Q03661	1658 aa	Known RBP	2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	UTR1	P21373	530 aa		2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	TIP20	P33891	701 aa		2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	FRM2	P37261	193 aa		2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	EFM1	P38732	585 aa		2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YHR122W	P38829	231 aa		2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	UFE1	P41834	346 aa		2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	NRM1	P53718	249 aa		2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	RPN8	Q08723	338 aa	Known RBP	2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	NUP159	P40477	1460 aa		2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YCF1	P39109	1515 aa	Known RBP	2.07	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	DNF1	P32660	1571 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	RAD1	P06777	1100 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	CKA2	P19454	339 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	SAG1	P20840	650 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	ERG9	P29704	444 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	SKG6	P32900	734 aa	Predicted RBP	2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	AST1	P35183	429 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	TAE1	P38340	232 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YCH1	P42937	148 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YFR018C	P43599	363 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	CPR7	P47103	393 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	INP2	Q03824	705 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	RRB1	Q04225	511 aa	Known RBP	2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	ARR1	Q06596	294 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	TAF10	Q12030	206 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YDR018C	Q12185	396 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	RPN6	Q12377	434 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	NBL1	Q3E7Y6	73 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	PEP1	P32319	1579 aa		2.06	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	VPS63	O13549	108 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	STE3	P06783	470 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	HXT2	P23585	541 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	AGA2	P32781	87 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	LAS1	P36146	502 aa	Predicted RBP	2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	IML3	P38265	245 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	BDH1	P39714	382 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YMR134W	P40207	237 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	HIT1	P46973	164 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	NAS6	P50086	228 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	ZRG17	P53735	605 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	AQR1	P53943	586 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	UTP15	Q04305	513 aa	Known RBP	2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	APC4	Q04601	652 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	DBP9	Q06218	594 aa	Known RBP	2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YLR419W	Q06698	1435 aa	Known RBP	2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	ATG2	P53855	1592 aa		2.05	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	GCN2	P15442	1659 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	VPS15	P22219	1454 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	CIN8	P27895	1000 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	MYO3	P36006	1272 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	OPY1	P38271	328 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	PEX32	P38292	413 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	CCH1	P50077	2039 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	CUE3	P53137	624 aa	Known RBP	2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	PRM1	P53835	661 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	MMS1	Q06211	1407 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	IRC20	Q06554	1556 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YDL211C	Q12121	372 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	NFI1	Q12216	726 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	RGS2	Q99188	309 aa		2.04	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	ULS1	Q08562	1619 aa		2.03	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	MDS3	P53094	1487 aa		2.03	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	RPP0	P05317	312 aa	Known RBP	2.03	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YLL053C	P0CD98	152 aa		2.03	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	COX10	P21592	462 aa		2.03	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	POT1	P27796	417 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.03	□□□□□ -2.08	not detected
CSE4	YKL049C	SIF2	P38262	535 aa		2.03	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	ALP1	P38971	573 aa		2.03	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YIL059C	P40520	121 aa		2.03	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	FAR10	Q06001	478 aa		2.03	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	SPO24	Q3E752	67 aa		2.03	□□□□□ -2.08
CSE4	YKL049C	YBT1	P32386	1661 aa		2.02	□□□□□ -2.09
CSE4	YKL049C	TAL1	P15019	335 aa	Known RBP	2.02	□□□□□ -2.09
CSE4	YKL049C	CBF5	P33322	483 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.02	□□□□□ -2.09	not detected
CSE4	YKL049C	MMS21	P38632	267 aa		2.02	□□□□□ -2.09
CSE4	YKL049C	APE4	P38821	490 aa		2.02	□□□□□ -2.09

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 31.6 ms