RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	OSH7	P38755	437 aa		10.93	□□□□□ -0.66
VAR1	Q0140	TBF1	Q02457	562 aa		10.92	□□□□□ -0.66
VAR1	Q0140	LYS5	P50113	272 aa		10.91	□□□□□ -0.66
VAR1	Q0140	NSG2	P53898	299 aa		10.9	□□□□□ -0.66
VAR1	Q0140	PUS6	P53294	404 aa		10.89	□□□□□ -0.67
VAR1	Q0140	YBL086C	P38177	466 aa		10.88	□□□□□ -0.67
VAR1	Q0140	JJJ3	P47138	172 aa		10.88	□□□□□ -0.67
VAR1	Q0140	FPK1	P53739	893 aa		10.86	□□□□□ -0.67
VAR1	Q0140	CCT8	P47079	568 aa	Known RBP	10.84	□□□□□ -0.67
VAR1	Q0140	MAM3	Q12296	706 aa		10.84	□□□□□ -0.67
VAR1	Q0140	THI72	Q08579	599 aa		10.8	□□□□□ -0.68
VAR1	Q0140	TRM1	P15565	570 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
VAR1	Q0140	YMR196W	Q04336	1088 aa		10.79	□□□□□ -0.68
VAR1	Q0140	YFL066C	P43538	392 aa		10.78	□□□□□ -0.68
VAR1	Q0140	IES2	P40154	320 aa		10.77	□□□□□ -0.69
VAR1	Q0140	CKB1	P43639	278 aa		10.77	□□□□□ -0.69
VAR1	Q0140	VAC17	P25591	423 aa		10.75	□□□□□ -0.69
VAR1	Q0140	APP1	P53933	587 aa		10.74	□□□□□ -0.69
VAR1	Q0140	ITT1	Q04638	464 aa		10.73	□□□□□ -0.69
VAR1	Q0140	SCJ1	P25303	377 aa		10.72	□□□□□ -0.69
VAR1	Q0140	BUB1	P41695	1021 aa	Known RBP RIP-Chip data	10.72	□□□□□ -0.69	not detected
VAR1	Q0140	NAM8	Q00539	523 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
VAR1	Q0140	AI1	P03875	834 aa		10.7	□□□□□ -0.7
VAR1	Q0140	NUP42	P49686	430 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
VAR1	Q0140	SBP1	P10080	294 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
VAR1	Q0140	EMW1	P42842	904 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
VAR1	Q0140	CDC19	P00549	500 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
VAR1	Q0140	YPR053C	Q6Q5F3	151 aa		10.61	□□□□□ -0.71
VAR1	Q0140	DSF2	P38213	736 aa		10.59	□□□□□ -0.71
VAR1	Q0140	HST2	P53686	357 aa		10.59	□□□□□ -0.71
VAR1	Q0140	CUZ1	P53899	274 aa		10.55	□□□□□ -0.72
VAR1	Q0140	DFG5	Q05031	458 aa		10.55	□□□□□ -0.72
VAR1	Q0140	DIT2	P21595	489 aa		10.53	□□□□□ -0.72
VAR1	Q0140	MMP1	Q12372	583 aa		10.53	□□□□□ -0.72
VAR1	Q0140	MKS1	P34072	584 aa		10.51	□□□□□ -0.73
VAR1	Q0140	SKN7	P38889	622 aa		10.5	□□□□□ -0.73
VAR1	Q0140	CEM1	P39525	442 aa		10.49	□□□□□ -0.73
VAR1	Q0140	ESS1	P22696	170 aa		10.46	□□□□□ -0.73
VAR1	Q0140	SBE2	P42223	864 aa	Known RBP	10.45	□□□□□ -0.74
VAR1	Q0140	TDA6	Q06466	467 aa		10.45	□□□□□ -0.74
VAR1	Q0140	BDS1	Q08347	646 aa		10.43	□□□□□ -0.74
VAR1	Q0140	VTC4	P47075	721 aa		10.42	□□□□□ -0.74
VAR1	Q0140	YMR187C	Q03236	431 aa		10.42	□□□□□ -0.74
VAR1	Q0140	YJU3	P28321	313 aa		10.41	□□□□□ -0.74
VAR1	Q0140	GLN1	P32288	370 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
VAR1	Q0140	ADE12	P80210	433 aa	Known RBP	10.4	□□□□□ -0.74
VAR1	Q0140	RSC30	P38781	883 aa		10.36	□□□□□ -0.75
VAR1	Q0140	SYT1	Q06836	1226 aa		10.35	□□□□□ -0.75
VAR1	Q0140	FBP26	P32604	452 aa		10.33	□□□□□ -0.76
VAR1	Q0140	FIG4	P42837	879 aa		10.33	□□□□□ -0.76
VAR1	Q0140	STE6	P12866	1290 aa		10.31	□□□□□ -0.76
VAR1	Q0140	DAL1	P32375	460 aa		10.31	□□□□□ -0.76
VAR1	Q0140	YMR265C	Q03508	461 aa	Known RBP	10.29	□□□□□ -0.76
VAR1	Q0140	GLT1	Q12680	2145 aa	Known RBP	10.28	□□□□□ -0.76
VAR1	Q0140	DIT1	P21623	536 aa		10.27	□□□□□ -0.77
VAR1	Q0140	YCK2	P23292	546 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
VAR1	Q0140	YNR014W	P53719	212 aa		10.24	□□□□□ -0.77
VAR1	Q0140	MCX1	P38323	520 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
VAR1	Q0140	KRE33	P53914	1056 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
VAR1	Q0140	YDR461C-A	Q2V2P7	80 aa		10.21	□□□□□ -0.77
VAR1	Q0140	UBP15	P50101	1230 aa		10.2	□□□□□ -0.78
VAR1	Q0140	AMN1	P38285	549 aa	Predicted RBP	10.17	□□□□□ -0.78
VAR1	Q0140	PKH3	Q03306	898 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
VAR1	Q0140	YDR215C	Q12240	137 aa		10.15	□□□□□ -0.78
VAR1	Q0140	SPB4	P25808	606 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	SLN1	P39928	1220 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	YPR084W	Q06821	456 aa		10.14	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	TEC1	P18412	486 aa		10.13	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	ARG8	P18544	423 aa		10.13	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	ISU1	Q03020	165 aa		10.13	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	MCA1	Q08601	432 aa		10.12	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	DLD3	P39976	496 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	SLA1	P32790	1244 aa		10.09	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	BOI2	P39969	1040 aa		10.09	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	ATF2	P53296	535 aa		10.09	□□□□□ -0.79
VAR1	Q0140	KTR1	P27810	393 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
VAR1	Q0140	LSB6	P42951	607 aa		10.08	□□□□□ -0.8
VAR1	Q0140	TY1A-DR3	Q12441	440 aa		10.08	□□□□□ -0.8
VAR1	Q0140	GPM1	P00950	247 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
VAR1	Q0140	MAC1	P35192	417 aa		10.06	□□□□□ -0.8
VAR1	Q0140	ATG20	Q07528	640 aa		10.04	□□□□□ -0.8
VAR1	Q0140	SSN3	P39073	555 aa		10.03	□□□□□ -0.8
VAR1	Q0140	MSN5	P52918	1224 aa		10.03	□□□□□ -0.8
VAR1	Q0140	SAS10	Q12136	610 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
VAR1	Q0140	RPP2B	P02400	110 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
VAR1	Q0140	TAT1	P38085	619 aa		9.96	□□□□□ -0.82
VAR1	Q0140	IRC24	P40580	263 aa		9.93	□□□□□ -0.82
VAR1	Q0140	FPS1	P23900	669 aa		9.92	□□□□□ -0.82
VAR1	Q0140	GUT2	P32191	649 aa		9.92	□□□□□ -0.82
VAR1	Q0140	AHP1	P38013	176 aa	Known RBP	9.92	□□□□□ -0.82
VAR1	Q0140	WTM2	Q12206	467 aa		9.92	□□□□□ -0.82
VAR1	Q0140	MET1	P36150	593 aa		9.91	□□□□□ -0.82
VAR1	Q0140	ALO1	P54783	526 aa	Known RBP	9.9	□□□□□ -0.82
VAR1	Q0140	PRY1	P47032	299 aa		9.88	□□□□□ -0.83
VAR1	Q0140	NAF1	P53919	492 aa	Known RBP	9.88	□□□□□ -0.83
VAR1	Q0140	RAD59	Q12223	238 aa		9.88	□□□□□ -0.83
VAR1	Q0140	PDC5	P16467	563 aa	Known RBP	9.83	□□□□□ -0.84
VAR1	Q0140	KNS1	P32350	737 aa	Predicted RBP	9.83	□□□□□ -0.84
VAR1	Q0140	GLC3	P32775	704 aa		9.83	□□□□□ -0.84
VAR1	Q0140	YPL034W	Q03083	165 aa		9.83	□□□□□ -0.84

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 19.1 ms