RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000262291.8

VMP1-201, Transcript of vacuole membrane protein 1, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene VMP1, Length 2,712 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VMP1-201	ENST00000262291	UNC13B	O14795	1591 aa		18.95	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		18.95	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	KIF3B	O15066	747 aa		18.94	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		18.93	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		18.93	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	USP47	Q96K76	1375 aa		18.93	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	CCDC7	Q96M83	1385 aa		18.93	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		18.92	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		18.92	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		18.91	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		18.91	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	CD109	Q6YHK3	1445 aa		18.91	■□□□□ 0.62
VMP1-201	ENST00000262291	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		18.89	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	ATP7A	Q04656	1500 aa		18.89	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	ANP32E	Q9BTT0	268 aa		18.87	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		18.87	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		18.87	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	RAPGEF3	O95398	923 aa		18.86	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		18.85	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		18.84	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		18.84	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		18.84	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	18.84	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	CCER2	I3L3R5	266 aa		18.83	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	CCDC184	Q52MB2	194 aa		18.83	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	18.83	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		18.83	■□□□□ 0.61
VMP1-201	ENST00000262291	A2M	P01023	1474 aa		18.82	■□□□□ 0.6
VMP1-201	ENST00000262291	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		18.82	■□□□□ 0.6
VMP1-201	ENST00000262291	KDM5C	P41229	1560 aa		18.8	■□□□□ 0.6
VMP1-201	ENST00000262291	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	18.8	■□□□□ 0.6
VMP1-201	ENST00000262291	GGT6	Q6P531	493 aa		18.8	■□□□□ 0.6
VMP1-201	ENST00000262291		E9PCH4	1651 aa		18.79	■□□□□ 0.6
VMP1-201	ENST00000262291	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		18.78	■□□□□ 0.6
VMP1-201	ENST00000262291	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		18.78	■□□□□ 0.6
VMP1-201	ENST00000262291	KANK1	Q14678	1352 aa		18.77	■□□□□ 0.6
VMP1-201	ENST00000262291	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		18.77	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	ATP10A	O60312	1499 aa		18.76	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	18.76	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		18.75	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	18.75	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		18.75	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		18.73	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		18.73	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		18.73	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		18.73	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		18.72	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	DEPDC5	O75140	1603 aa		18.71	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		18.71	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	18.71	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	18.71	■□□□□ 0.59
VMP1-201	ENST00000262291	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		18.7	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		18.7	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	CLTCL1	P53675	1640 aa		18.69	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	18.69	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	MRS2	Q9HD23	443 aa		18.69	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	18.68	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	TET3	O43151	1660 aa		18.68	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		18.67	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		18.67	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	TRPM2	O94759	1503 aa		18.67	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	PTPRT	O14522	1441 aa		18.66	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		18.66	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	18.66	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	18.65	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		18.65	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	CEP152	O94986	1710 aa		18.65	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		18.65	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		18.65	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	ABCA6	Q8N139	1617 aa		18.65	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		18.64	■□□□□ 0.58
VMP1-201	ENST00000262291	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		18.63	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	18.63	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	18.63	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	TSPOAP1	O95153	1857 aa		18.63	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		18.63	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	NEO1	Q92859	1461 aa		18.62	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		18.61	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	TESK2	Q96S53	571 aa		18.6	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		18.6	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		18.6	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	18.6	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		18.6	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		18.59	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		18.58	■□□□□ 0.57
VMP1-201	ENST00000262291	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	18.57	■□□□□ 0.56
VMP1-201	ENST00000262291	NPAT	Q14207	1427 aa		18.57	■□□□□ 0.56
VMP1-201	ENST00000262291	MADD	Q8WXG6	1647 aa		18.57	■□□□□ 0.56
VMP1-201	ENST00000262291	BCAN	Q96GW7	911 aa		18.56	■□□□□ 0.56
VMP1-201	ENST00000262291	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		18.55	■□□□□ 0.56
VMP1-201	ENST00000262291	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	18.54	■□□□□ 0.56
VMP1-201	ENST00000262291	RICTOR	Q6R327	1708 aa		18.54	■□□□□ 0.56
VMP1-201	ENST00000262291	TMF1	P82094	1093 aa		18.52	■□□□□ 0.56
VMP1-201	ENST00000262291	MROH2A	A6NES4	1674 aa		18.52	■□□□□ 0.56
VMP1-201	ENST00000262291	DIP2B	Q9P265	1576 aa		18.52	■□□□□ 0.56
VMP1-201	ENST00000262291	ABCC3	O15438	1527 aa		18.51	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	18.51	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	PANK3	Q9H999	370 aa		18.51	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	FKBP8	Q14318	412 aa		18.51	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	MLEC	Q14165	292 aa		18.51	■□□□□ 0.55

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