RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476519.1

SYNE1-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-223	ENST00000476519	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	NLRP7	Q8WX94	980 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PPP1R16B	Q96T49	567 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	INO80B	Q9C086	356 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	NSUN3	Q9H649	340 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	ZSWIM4	Q9H7M6	989 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	UBE2Z	Q9H832	354 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	CYP26B1	Q9NR63	512 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	CHST12	Q9NRB3	414 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	AAAS	Q9NRG9	546 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SUCLA2	Q9P2R7	463 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PCDHA12	Q9UN75	941 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PTPRS	Q13332	1948 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	GRM6	O15303	877 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	HOXA2	O43364	376 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	EOMES	O95936	686 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	KCNQ1	P51787	676 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	COL19A1	Q14993	1142 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PUS10	Q3MIT2	529 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	LEXM	Q3ZCV2	418 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM102B	Q5T8I3	360 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	POTED	Q86YR6	584 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SLC7A3	Q8WY07	619 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	CEP170P1	Q96L14	293 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SCLT1	Q96NL6	688 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SH2B1	Q9NRF2	756 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	DACT1	Q9NYF0	836 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PCDHB12	Q9Y5F1	795 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	BRWD1	Q9NSI6	2320 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519		A0A0U1RQF3	1178 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	TMEM150B	A6NC51	233 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	TBKBP1	A7MCY6	615 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SLITRK3	O94933	977 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	YWHAB	P31946	246 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	RFC5	P40937	340 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SPIRE1	Q08AE8	756 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	ST3GAL1	Q11201	340 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	DRP2	Q13474	957 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	CALCRL	Q16602	461 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	C8orf34	Q49A92	452 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PAN2	Q504Q3	1202 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	TCEAL5	Q5H9L2	206 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	KLHL23	Q8NBE8	558 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SPPL3	Q8TCT6	385 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PABPC5	Q96DU9	382 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	MTMR9	Q96QG7	549 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	KIF2C	Q99661	725 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	HSD17B14	Q9BPX1	270 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	TRAIP	Q9BWF2	469 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	TMEM117	Q9H0C3	514 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	DHX33	Q9H6R0	707 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	RGL1	Q9NZL6	768 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM205C	A6NFA0	338 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	ASAP2	O43150	1006 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	GAS2	O43903	313 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	LYPLA2	O95372	231 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	XRCC6	P12956	609 aa	Known RBP eCLIP	13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	KCNA5	P22460	613 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	RBM25	P49756	843 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	GATM	P50440	423 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	NPEPPS	P55786	919 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	UBE3A	Q05086	875 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	ECHDC2	Q86YB7	292 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	RHPN2	Q8IUC4	686 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	NEK9	Q8TD19	979 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	RSPH1	Q8WYR4	309 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PPP2R3C	Q969Q6	453 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	C8orf76	Q96K31	380 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SH2D3A	Q9BRG2	576 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	LXN	Q9BS40	222 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	FOXP1	Q9H334	677 aa	Predicted RBP	13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	ALG13	Q9NP73	1137 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	TYW1	Q9NV66	732 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519		A0A087WZ62	844 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	NEMF	O60524	1076 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	ITGB1	P05556	798 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SKI	P12755	728 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	IBSP	P21815	317 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	POLG	P54098	1239 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	ORC2	Q13416	577 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	CAMK1	Q14012	370 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	CTC1	Q2NKJ3	1217 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	SPOUT1	Q5T280	376 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PLA2G4F	Q68DD2	849 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	NCAPH2	Q6IBW4	605 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	TPH2	Q8IWU9	490 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	FBXO18	Q8NFZ0	1043 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	TCP11	Q8WWU5	503 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PRPF31	Q8WWY3	499 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	PSPC1	Q8WXF1	523 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	DYDC2	Q96IM9	177 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF668	Q96K58	619 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	EIF2AK1	Q9BQI3	630 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	FDXACB1	Q9BRP7	624 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	TTC12	Q9H892	705 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SYNE1-223	ENST00000476519	WRAP73	Q9P2S5	460 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25

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