RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	NR3C1	P04150	777 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	EPHX2	P34913	555 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GJA5	P36382	358 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	HSPA9	P38646	679 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MAGEA1	P43355	309 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RAD51AP2	Q09MP3	1159 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	UAP1	Q16222	522 aa	Predicted RBP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCB5	Q2M3G0	1257 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	IQCE	Q6IPM2	695 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	DLK2	Q6UY11	383 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	NT5DC3	Q86UY8	548 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TPCN2	Q8NHX9	752 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PLEKHO2	Q8TD55	490 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP8B4	Q8TF62	1192 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RIN2	Q8WYP3	895 aa	Predicted RBP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	DGCR8	Q8WYQ5	773 aa	Known RBP eCLIP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TSG101	Q99816	390 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GGA3	Q9NZ52	723 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ZBTB39	O15060	712 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	BMP3	P12645	472 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PTPRA	P18433	802 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SNAP25	P60880	206 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	POLR2F	P61218	127 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TCP10	Q12799	353 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TRADD	Q15628	312 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	OGFOD1	Q8N543	542 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CASKIN2	Q8WXE0	1202 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	BZW2	Q9Y6E2	419 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MTA2	O94776	668 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	AFP	P02771	609 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	POTEJ	P0CG39	1038 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	NR2F2	P24468	414 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CBWD6	Q4V339	395 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CBWD3	Q5JTY5	395 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CBWD5	Q5RIA9	395 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SCYL3	Q8IZE3	742 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CD101	Q93033	1021 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CALR3	Q96L12	384 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	NOX5	Q96PH1	765 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MAF1	Q9H063	256 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	UNC45A	Q9H3U1	944 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MMRN2	Q9H8L6	949 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAF5	O00463	557 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ZMYND10	O75800	440 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MYCN	P04198	464 aa	Predicted RBP	9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GAP43	P17677	238 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ITGB5	P18084	799 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	COG2	Q14746	738 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC96	Q2M329	555 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	EPC2	Q52LR7	807 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PRR16	Q569H4	304 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ACER1	Q8TDN7	264 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CAPZA3	Q96KX2	299 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SUCLA2	Q9P2R7	463 aa	Predicted RBP	9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ODF2L	Q9ULJ1	636 aa		9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	UTP18	Q9Y5J1	556 aa	Known RBP eCLIP	9.59	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ZSCAN5C	A6NGD5	496 aa	Predicted RBP	9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP2A1	O14983	1001 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	GH2	P01242	217 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	EPHB4	P54760	987 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	TNFAIP1	Q13829	316 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	TNFAIP8L3	Q5GJ75	292 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ALS2CL	Q60I27	953 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM133A	Q8N9E0	248 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	NEUROG2	Q9H2A3	272 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM204A	Q9H8W3	233 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	PDLIM7	Q9NR12	457 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	RGL1	Q9NZL6	768 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SEL1L	Q9UBV2	794 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ADM5	C9JUS6	153 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	USO1	O60763	962 aa	Known RBP	9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ENPEP	Q07075	957 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SPA17	Q15506	151 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	HERC4	Q5GLZ8	1057 aa	Predicted RBP	9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CDCA5	Q96FF9	252 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	TBC1D7	Q9P0N9	293 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	DBR1	Q9UK59	544 aa	Known RBP	9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	UBIAD1	Q9Y5Z9	338 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0G2JLL6	359 aa	Predicted RBP	9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	SRRM3	A6NNA2	597 aa	Predicted RBP	9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF4A	O95239	1232 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	GDF11	O95390	407 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ALAS1	P13196	640 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ERVK-9	P63128	1117 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ZSCAN26	Q16670	478 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CST9	Q5W186	159 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	NELFCD	Q8IXH7	590 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	ZDHHC14	Q8IZN3	488 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	VPS18	Q9P253	973 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	COG5	Q9UP83	839 aa		9.58	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CNMD	O75829	334 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CP	P00450	1065 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CXCR5	P32302	372 aa		9.57	□□□□□ -0.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CARS	P49589	748 aa	Known RBP	9.57	□□□□□ -0.88

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