RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 TUFT1Q9NNX1 390 aa23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 MED4Q9NPJ6 270 aa23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 UTP3Q9NQZ2 479 aaKnown RBP eCLIP23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 FAM153AQ9UHL3 310 aa23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 IPO5O00410 1097 aaKnown RBP23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 KCNK3O14649 394 aa23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 SLC15A2Q16348 729 aa23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF720Q7Z2F6 126 aa23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 CPXCR1Q8N123 301 aa23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 OGFOD1Q8N543 542 aa23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 IFT81Q8WYA0 676 aa23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 ACBD3Q9H3P7 528 aa23.17■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 DDX3XO00571 662 aaKnown RBP eCLIP23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 JAM2P57087 298 aa23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 ITIH3Q06033 890 aa23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 SPDYE2Q495Y8 402 aa23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 KLHL7Q8IXQ5 586 aa23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 DAW1Q8N136 415 aa23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 INPP4AQ96PE3 977 aaPredicted RBP23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 NFU1Q9UMS0 254 aa23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 GUCY2DQ02846 1103 aa23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 ZSWIM2Q8NEG5 633 aa23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 U2AF1L4Q8WU68 220 aaKnown RBP23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 CHURC1Q8WUH1 139 aa23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 EPB41L5Q9HCM4 733 aa23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 LUC7LQ9NQ29 371 aaKnown RBP23.16■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 GOLGA6BA6NDN3 693 aa23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 SKIDA1Q1XH10 827 aa23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 PCIF1Q9H4Z3 704 aa23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 PSD3Q9NYI0 1048 aa23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 ATAD5Q96QE3 1844 aa23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 SLC16A3O15427 465 aaKnown RBP23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 HIP1RO75146 1068 aa23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 CAP2P40123 477 aa23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 METTL14Q9HCE5 456 aaKnown RBP23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 AGPAT3Q9NRZ7 376 aa23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 MRPL11Q9Y3B7 192 aaKnown RBP23.15■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 HEXIM1O94992 359 aaKnown RBP23.14■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 GAP43P17677 238 aa23.14■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 PSMC2P35998 433 aaKnown RBP23.14■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 OLIG1Q8TAK6 271 aa23.14■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 LNX1Q8TBB1 728 aaPredicted RBP23.14■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF341Q9BYN7 854 aa23.14■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 CCPG1Q9ULG6 757 aa23.14■■□□□ 1.3
TMEM260-216ENST00000557657 EVI5O60447 810 aa23.14■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 GLYCTKQ8IVS8 523 aa23.14■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF536O15090 1300 aa23.14■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 FRMPD4Q14CM0 1322 aa23.14■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 FMO5P49326 533 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 GUCY2FP51841 1108 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 DLG4P78352 724 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 MAPK7Q13164 816 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 SUPT20HQ8NEM7 779 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 HOOK2Q96ED9 719 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 AP1M1Q9BXS5 423 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 CALCOCO1Q9P1Z2 691 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 EGFRP00533 1210 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 ACTN2P35609 894 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 ARHGAP44Q17R89 818 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 PALB2Q86YC2 1186 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 LRRC57Q8N9N7 239 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 NACC1Q96RE7 527 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 OSGEPQ9NPF4 335 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 KCNH7Q9NS40 1196 aa23.13■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 RPS6KA1Q15418 735 aa23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 AFAP1L1Q8TED9 768 aa23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 TEKT3Q9BXF9 490 aa23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 DNAJC12Q9UKB3 198 aa23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 STK24Q9Y6E0 443 aa23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 RBBP6Q7Z6E9 1792 aaKnown RBP23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 ARHGEF35A5YM69 484 aa23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 EIF3DO15371 548 aaKnown RBP eCLIP23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 DRAP1Q14919 205 aaPredicted RBP23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 TTLL6Q8N841 843 aa23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 RABEP2Q9H5N1 569 aa23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 TSKSQ9UJT2 592 aa23.12■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 RAD51CO43502 376 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 CEP104O60308 925 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 ABCB4P21439 1286 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 PRKCIP41743 596 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 SPP2Q13103 211 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 ITGB3BPQ13352 177 aaPredicted RBP23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 DNAJC21Q5F1R6 531 aaKnown RBP23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 B3GNT9Q6UX72 402 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 SYCP3Q8IZU3 236 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 CASKIN2Q8WXE0 1202 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 MXRA8Q9BRK3 442 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 GPR88Q9GZN0 384 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 TAS2R14Q9NYV8 317 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 IGSF9BQ9UPX0 1349 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 F8VZ95 297 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 KIF4AO95239 1232 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF131P52739 623 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 MUM1L1Q5H9M0 696 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 TPCN2Q8NHX9 752 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 ARL8AQ96BM9 186 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 RAVER2Q9HCJ3 691 aaKnown RBP23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 SAMM50Q9Y512 469 aa23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 COL2A1P02458 1487 aaPredicted RBP23.11■■□□□ 1.29
TMEM260-216ENST00000557657 ALAS1P13196 640 aa23.1■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 45.6 ms