RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	RSPH10B2	B2RC85	870 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	EIF3J	O75822	258 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	F2	P00734	622 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	RSPH10B	P0C881	870 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	RXRA	P19793	462 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SMARCA1	P28370	1054 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MRE11	P49959	708 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	HTRA4	P83105	476 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TOB2	Q14106	344 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PTPRO	Q16827	1216 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	HSDL1	Q3SXM5	330 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TCEAL5	Q5H9L2	206 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	RAB11FIP4	Q86YS3	637 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TRIM22	Q8IYM9	498 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PPTC7	Q8NI37	304 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	NEK9	Q8TD19	979 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ATP6V0A1	Q93050	837 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SPATA33	Q96N06	139 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	YME1L1	Q96TA2	773 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	KLF16	Q9BXK1	252 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SH2B1	Q9NRF2	756 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	CLDND1	Q9NY35	253 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MAD2L2	Q9UI95	211 aa		9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MRPL11	Q9Y3B7	192 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520		H3BNC9	293 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TREH	O43280	583 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	DCX	O43602	365 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	CSPG5	O95196	566 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	GGPS1	O95749	300 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	HSP90AA1	P07900	732 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	CTSH	P09668	335 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SP2	Q02086	613 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	CLUL1	Q15846	466 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHG4	Q58EX7	1191 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	CELF3	Q5SZQ8	465 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TMEM192	Q8IY95	271 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ADAM32	Q8TC27	787 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PIBF1	Q8WXW3	757 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	FBXL18	Q96ME1	805 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	KIF2C	Q99661	725 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	BCAS3	Q9H6U6	928 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	JMJD4	Q9H9V9	463 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	EMSY	Q7Z589	1322 aa		9.97	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	C17orf102	A2RUQ5	167 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	OPLAH	O14841	1288 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	PFKFB2	O60825	505 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	PPFIA4	O75335	1185 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	ZIC2	O95409	532 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	XBP1	P17861	261 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	HOXA13	P31271	388 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	EVC	P57679	992 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	NHLH1	Q02575	133 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	BECN1	Q14457	450 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	TIGD5	Q53EQ6	642 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	TRIM46	Q7Z4K8	759 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	SERINC5	Q86VE9	423 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	HOMER1	Q86YM7	354 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	HSCB	Q8IWL3	235 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	IL31RA	Q8NI17	732 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	SEPT8	Q92599	483 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	TOP1MT	Q969P6	601 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	PABPC5	Q96DU9	382 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	SAMD11	Q96NU1	681 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	PDCD2L	Q9BRP1	358 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	C16orf70	Q9BSU1	422 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	RNPEP	Q9H4A4	650 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	NSUN3	Q9H649	340 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	MLXIP	Q9HAP2	919 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	TPCN1	Q9ULQ1	816 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	COL4A6	Q14031	1691 aa		9.96	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	PNMA6F	A0A0J9YX94	578 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	LOC101059915	A0A1B0GWI6	518 aa	Predicted RBP	9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520		H3BRB1	525 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	SMIM10L2A	P0DMW4	78 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	SMIM10L2B	P0DMW5	78 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	UBA1	P22314	1058 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	CTNNB1	P35222	781 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	HSD17B4	P51659	736 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	ZP2	Q05996	745 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	PGM5	Q15124	567 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	RPAIN	Q86UA6	219 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	CCDC116	Q8IYX3	515 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	WASF1	Q92558	559 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	ITPKC	Q96DU7	683 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	SPZ1	Q9BXG8	430 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	AMN	Q9BXJ7	453 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	IFIH1	Q9BYX4	1025 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	IGFLR1	Q9H665	355 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	TUT1	Q9H6E5	874 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	RIOX1	Q9H6W3	641 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	KIF3A	Q9Y496	699 aa		9.95	□□□□□ -0.82
USP4-213	ENST00000488520	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	9.95	□□□□□ -0.82

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