RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000577827.5

PTPRM-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type M, human

TSL 2

Gene PTPRM, Length 4,640 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRM-205	ENST00000577827	FAM20A	Q96MK3	541 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	LRRC37B	Q96QE4	947 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	WNT8A	Q9H1J5	351 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	GEMIN8	Q9NWZ8	242 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	PIK3C2B	O00750	1634 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	GOLGA8Q	A0A0J9YX86	632 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	GOLGA8O	A6NCC3	632 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	GOLGA8N	F8WBI6	632 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	HLF	Q16534	295 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	TMC4	Q7Z404	712 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	TRIM55	Q9BYV6	548 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	BHMT2	Q9H2M3	363 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	RASA4B	C9J798	803 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	RASA4	O43374	803 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	KRT14	P02533	472 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	BRAF	P15056	766 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	NT5DC1	Q5TFE4	455 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	KAZN	Q674X7	775 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	CAPRIN2	Q6IMN6	1127 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	SGSM3	Q96HU1	749 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	SEC16B	Q96JE7	1060 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	AMACR	Q9UHK6	382 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ARL2BP	Q9Y2Y0	163 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	SCIN	Q9Y6U3	715 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	SLIT1	O75093	1534 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	MAP2K7	O14733	419 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	HSPA9	P38646	679 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	NAB2	Q15742	525 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	XPO6	Q96QU8	1125 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	SENP1	Q9P0U3	644 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	PCDHA6	Q9UN73	950 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	PCDHA8	Q9Y5H6	950 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	TECPR2	O15040	1411 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	IQANK1	A0A1B0GTG1	560 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	PABPN1L	A6NDY0	278 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	MEIS1	O00470	390 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	BRD2	P25440	801 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	SERPINB6	P35237	376 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	KRT81	Q14533	505 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ZNF449	Q6P9G9	518 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	RNF207	Q6ZRF8	634 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	EPM2AIP1	Q7L775	607 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	PDIK1L	Q8N165	341 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	SYT2	Q8N9I0	419 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	KAZALD1	Q96I82	304 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ZNF577	Q9BSK1	485 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ECT2	Q9H8V3	914 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	FAM205C	A6NFA0	338 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	GARS	P41250	739 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	IRX1	P78414	480 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	PDIA6	Q15084	440 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	UBE2S	Q16763	222 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	GNPTAB	Q3T906	1256 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ATG16L1	Q676U5	607 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	RINT1	Q6NUQ1	792 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	NSMF	Q6X4W1	530 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	SFR1	Q86XK3	245 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	CENPK	Q9BS16	269 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ETNK1	Q9HBU6	452 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	MYOM1	P52179	1685 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ZWINT	O95229	277 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ALDH1B1	P30837	517 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	CARS	P49589	748 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ADCY1	Q08828	1119 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	RASA3	Q14644	834 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ABCB5	Q2M3G0	1257 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	KIAA1755	Q5JYT7	1200 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	ST13P4	Q8IZP2	240 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	USP38	Q8NB14	1042 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	DHX36	Q9H2U1	1008 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	PACSIN2	Q9UNF0	486 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	DEPDC5	O75140	1603 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRM-205	ENST00000577827	LOC102724159	A0A0B4J2E5	919 aa		11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	PDXK	O00764	312 aa		11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	HNRNPDL	O14979	420 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	PIK3CA	P42336	1068 aa		11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	AARS	P49588	968 aa	Known RBP eCLIP	11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	PWP2	Q15269	919 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	EDRF1	Q3B7T1	1238 aa		11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	ERFE	Q4G0M1	354 aa		11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	TRMT10C	Q7L0Y3	403 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	CPXCR1	Q8N123	301 aa		11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	ZNF446	Q9NWS9	450 aa		11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		11.15	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	ZBTB5	O15062	677 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	KRT1	P04264	644 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	STK4	Q13043	487 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	SYDE1	Q6ZW31	735 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	TGS1	Q96RS0	853 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	FAM129A	Q9BZQ8	928 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	SALL1	Q9NSC2	1324 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	TMEM94	Q12767	1356 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRM-205	ENST00000577827	SLC16A3	O15427	465 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19 ms