RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476519.1

SYNE1-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-223	ENST00000476519	PRRC2B	Q5JSZ5	2229 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	CCDC194	A0A1B0GVG4	234 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	PSMD10	O75832	226 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TMOD1	P28289	359 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	CRYBB1	P53674	252 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TMEM62	Q0P6H9	643 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	PAK2	Q13177	524 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	EPC2	Q52LR7	807 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	PPP4R3A	Q6IN85	833 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	SPRED2	Q7Z698	418 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	NAP1L4	Q99733	375 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	C17orf80	Q9BSJ5	609 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	RNF216	Q9NWF9	866 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ORC3	Q9UBD5	711 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	MTUS1	Q9ULD2	1270 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	KCNJ14	Q9UNX9	436 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	XIRP2	A4UGR9	3374 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	NCOR1	O75376	2440 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	GPR182	O15218	404 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	RPS6KA5	O75582	802 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	CTDNEP1	O95476	244 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TDP2	O95551	362 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	C22orf31	O95567	290 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	RB1	P06400	928 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	GCFC2	P16383	781 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	NEK4	P51957	841 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	SKIV2L	Q15477	1246 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ME3	Q16798	604 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	PTPRO	Q16827	1216 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	KRT40	Q6A162	431 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	B3GNT9	Q6UX72	402 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	RTN4RL1	Q86UN2	441 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TMEM192	Q8IY95	271 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	CRIPAK	Q8N1N5	446 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	FIBCD1	Q8N539	461 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	METTL13	Q8N6R0	699 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ETNPPL	Q8TBG4	499 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	KAT6A	Q92794	2004 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM20A	Q96MK3	541 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	UNC45A	Q9H3U1	944 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	DDX25	Q9UHL0	483 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	RWDD3	Q9Y3V2	267 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	DOCK5	Q9H7D0	1870 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	BDP1	A6H8Y1	2624 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519		H3BNC9	293 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	RBAK-RBAKDN	I3L0D1	243 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF862	O60290	1169 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	DGKI	O75912	1065 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	OAT	P04181	439 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	STAG3L1	P0CL83	205 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	CDC42EP1	Q00587	391 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	NFX1	Q12986	1120 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	INF2	Q27J81	1249 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	LETM2	Q2VYF4	491 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TRMT1L	Q7Z2T5	733 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	MIER3	Q7Z3K6	550 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	NEK8	Q86SG6	692 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	NPAS4	Q8IUM7	802 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	HLA-C	Q95604	372 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	GTF3C6	Q969F1	213 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF689	Q96CS4	500 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	NIFK	Q9BYG3	293 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	GINS2	Q9Y248	185 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TBX3	O15119	743 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	CHMP2A	O43633	222 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	GPR32	O75388	356 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	SEC24B	O95487	1268 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	FDPS	P14324	419 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	BMPR1A	P36894	532 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	PRKCE	Q02156	737 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	BTG3	Q14201	252 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	XKR3	Q5GH77	459 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	EFCAB12	Q6NXP0	572 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	NECAB1	Q8N987	351 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	IL27	Q8NEV9	243 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	GDPD5	Q8WTR4	605 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	LINC01599	Q8WXQ3	324 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	CLP1	Q92989	425 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	MRPL38	Q96DV4	380 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	MAP7D2	Q96T17	732 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TMX1	Q9H3N1	280 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	CDHR5	Q9HBB8	845 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	RC3H2	Q9HBD1	1191 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	BRMS1	Q9HCU9	246 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ERVK-5	Q9HDB9	667 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	KCNMB3	Q9NPA1	279 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	C1orf112	Q9NSG2	853 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	ST3GAL5	Q9UNP4	418 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	NOC2L	Q9Y3T9	749 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	MUC3A	Q02505	3323 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	C5orf67	F2Z3F1	127 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	DKC1	O60832	514 aa	Known RBP eCLIP	13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	BMP1	P13497	986 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM189B	P81408	668 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	PPP2R5C	Q13362	524 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	GPM6B	Q13491	265 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TARBP2	Q15633	366 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	KIZ	Q2M2Z5	673 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SYNE1-223	ENST00000476519	TMEM266	Q2M3C6	531 aa		13.57	□□□□□ -0.24

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