RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	RUFY4	Q6ZNE9	571 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TEX2	Q8IWB9	1127 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM192	Q8IY95	271 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GJD3	Q8N144	294 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	BANK1	Q8NDB2	785 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	OXER1	Q8TDS5	423 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF396	Q96N95	335 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	YME1L1	Q96TA2	773 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	SENP7	Q9BQF6	1050 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	PSTPIP2	Q9H939	334 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	RC3H2	Q9HBD1	1191 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607		H3BQ06	376 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	PIK3CD	O00329	1044 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	ATP9A	O75110	1047 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GNAT1	P11488	350 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	SP4	Q02446	784 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	MGAT3	Q09327	533 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	AP3B2	Q13367	1082 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	UBE2S	Q16763	222 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	MCTP2	Q6DN12	878 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	PIK3AP1	Q6ZUJ8	805 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	RASGRP4	Q8TDF6	673 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	IFIH1	Q9BYX4	1025 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	EHMT1	Q9H9B1	1298 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	HCN4	Q9Y3Q4	1203 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	PIEZO1	Q92508	2521 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GSTTP1	A0A1W2PQM5	241 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	BAG4	O95429	457 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNA2	P16389	499 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TCF7	P36402	384 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	LTBR	P36941	435 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	NONO	Q15233	471 aa	Known RBP eCLIP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	PTPRO	Q16827	1216 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TIGD5	Q53EQ6	642 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	RILPL1	Q5EBL4	403 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	ATL3	Q6DD88	541 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	RPAIN	Q86UA6	219 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	APBB2	Q92870	758 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TNFRSF25	Q93038	417 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	PABPC5	Q96DU9	382 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	NSUN3	Q9H649	340 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF215	Q9UL58	517 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TECTA	O75443	2155 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	NRCAM	Q92823	1304 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	SPDYE3	A6NKU9	549 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	DDX11L8	A8MPP1	907 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	C5orf67	F2Z3F1	127 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	GHR	P10912	638 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	LPIN1	Q14693	890 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	MARCH8	Q5T0T0	291 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	JAKMIP3	Q5VZ66	844 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	XRRA1	Q6P2D8	792 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	FIBCD1	Q8N539	461 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	ANO3	Q9BYT9	981 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	CFAP45	Q9UL16	551 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHA6	Q9UN73	950 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHA8	Q9Y5H6	950 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	POTEB3	A0JP26	581 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607		M0R2N6	131 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	ENPP3	O14638	875 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	GRM6	O15303	877 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	ITGB5	P18084	799 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	SSTR3	P32745	418 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	CTNNB1	P35222	781 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	TRAPPC10	P48553	1259 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	PUS10	Q3MIT2	529 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	POTEB	Q6S5H4	581 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	CLEC17A	Q6ZS10	378 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	NLRX1	Q86UT6	975 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	LINC01599	Q8WXQ3	324 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF689	Q96CS4	500 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	GPRASP2	Q96D09	838 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	ZBTB10	Q96DT7	871 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	ADGRA3	Q8IWK6	1321 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	MBLAC1	A4D2B0	266 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM205C	A6NFA0	338 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	C19orf67	A6NJJ6	358 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	PRR33	A8MZF0	331 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	BMP15	O95972	392 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	FOS	P01100	380 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	MARK3	P27448	753 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	BMPR1A	P36894	532 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	CLK2	P49760	499 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	ZP2	Q05996	745 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	DLX2	Q07687	328 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	PPFIA1	Q13136	1202 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	GRIK4	Q16099	956 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	INF2	Q27J81	1249 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	CTC1	Q2NKJ3	1217 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	FBXO47	Q5MNV8	452 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	TTC38	Q5R3I4	469 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	GIMAP8	Q8ND71	665 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	DNAJB3	Q8WWF6	145 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	CLP1	Q92989	425 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	PGBD1	Q96JS3	809 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	SCAND2P	Q9GZW5	306 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-208	ENST00000437607	AGO3	Q9H9G7	860 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22

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