RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	CD52	P31358	61 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF76	P36508	570 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC26A2	P50443	739 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNQ1	P51787	676 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	SET	Q01105	290 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	MTHFD1L	Q6UB35	978 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	RSPH3	Q86UC2	560 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	RTN4RL1	Q86UN2	441 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAMTS19	Q8TE59	1207 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP8B4	Q8TF62	1192 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF577	Q9BSK1	485 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM49A	Q9H0Q0	323 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	TRPV2	Q9Y5S1	764 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP46A1	Q9Y6A2	500 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	KDM3A	Q9Y4C1	1321 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM35	A0A1B0GVV1	85 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	ENPP3	O14638	875 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	HBP1	O60381	514 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	UPP2	O95045	317 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	C22orf31	O95567	290 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	RPLP2	P05387	115 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	EPC2	Q52LR7	807 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	PRR16	Q569H4	304 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF746	Q6NUN9	644 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC148	Q8NFR7	591 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF689	Q96CS4	500 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	YME1L1	Q96TA2	773 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D22B	Q9NU19	505 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	MAFB	Q9Y5Q3	323 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	SQOR	Q9Y6N5	450 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	IGSF9B	Q9UPX0	1349 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	COL1A2	P08123	1366 aa		13.58	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	BACH1	O14867	736 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	KLRC1	P26715	233 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	AKAP17A	Q02040	695 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM62	Q0P6H9	643 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM160B1	Q5W0V3	765 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	SWSAP1	Q6NVH7	229 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	MIS18BP1	Q6P0N0	1132 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	PDXDC2P	Q6P474	469 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA0319L	Q8IZA0	1049 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	DAGLB	Q8NCG7	672 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	BICD2	Q8TD16	824 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	AIFM3	Q96NN9	605 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	SAMD11	Q96NU1	681 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	CELF4	Q9BZC1	486 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	TMX1	Q9H3N1	280 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF302	Q9NR11	478 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	COG5	Q9UP83	839 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BNC9	293 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFRSF10A	O00220	468 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	MSH4	O15457	936 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF862	O60290	1169 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	DEXI	O95424	95 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT76	Q01546	638 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	SKIV2L	Q15477	1246 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF484	Q5JVG2	852 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	IER5	Q5VY09	327 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	B3GNT9	Q6UX72	402 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM192	Q8IY95	271 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	SMAP1	Q8IYB5	467 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	NME8	Q8N427	588 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01465	Q8N7H1	131 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM40	Q8WWA1	233 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	IL17RA	Q96F46	866 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	MBOAT7	Q96N66	472 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	NECAB3	Q96P71	396 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	CDHR5	Q9HBB8	845 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	PDRG1	Q9NUG6	133 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	PADI3	Q9ULW8	664 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHA4	Q9UN74	947 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHA10	Q9Y5I2	948 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	ADGRA3	Q8IWK6	1321 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	TTC28	Q96AY4	2481 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP3A7-CYP3A51P	A0A087WV96	503 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	C5orf67	F2Z3F1	127 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	MGEA5	O60502	916 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	DGKI	O75912	1065 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	NEFL	P07196	543 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP3A7	P24462	503 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	USP11	P51784	963 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	NLRP5	P59047	1200 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	STK3	Q13188	491 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	UGCG	Q16739	394 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	TBCK	Q8TEA7	893 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC5A5	Q92911	643 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	CLP1	Q92989	425 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	HLA-C	Q95604	372 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	GJA10	Q969M2	543 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL38	Q96DV4	380 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-211	ENST00000467464	UHRF1	Q96T88	793 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24

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