RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478095.1

HDAC6-222, Transcript of histone deacetylase 6, human

TSL 4

Gene HDAC6, Length 620 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HDAC6-222	ENST00000478095	PRDM5	Q9NQX1	630 aa	Predicted RBP	11.67	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	MAFG	O15525	162 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	KPNA6	O60684	536 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	USP11	P51784	963 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	NBPF20	Q3BBV1	942 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	FAM47C	Q5HY64	1035 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	C1orf53	Q5VUE5	145 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	NIPA1	Q7RTP0	329 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	NEK8	Q86SG6	692 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	GIMAP8	Q8ND71	665 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	GJA10	Q969M2	543 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	LENG9	Q96B70	501 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	SDF4	Q9BRK5	362 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	ZNF577	Q9BSK1	485 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	EIF2AK3	Q9NZJ5	1116 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	NR2E3	Q9Y5X4	410 aa		11.66	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095		K7ELQ4	463 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	IPO5	O00410	1097 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	SLC37A4	O43826	429 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	PPFIA4	O75335	1185 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	F2	P00734	622 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	LGALS2	P05162	132 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	TCF7	P36402	384 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	PSEN2	P49810	448 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	CDK7	P50613	346 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	CUL4A	Q13619	759 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	MFSD10	Q14728	455 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	SAFB	Q15424	915 aa	Known RBP eCLIP	11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	SH3RF1	Q7Z6J0	888 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	FBXO18	Q8NFZ0	1043 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	C16orf70	Q9BSU1	422 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	TRPV6	Q9H1D0	765 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	PDLIM7	Q9NR12	457 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	SLC9A2	Q9UBY0	812 aa		11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	DDX25	Q9UHL0	483 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
HDAC6-222	ENST00000478095	NFASC	O94856	1347 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	GSTTP1	A0A1W2PQM5	241 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	DCDC2C	A8MYV0	355 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	KIF28P	B7ZC32	967 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	WNT7A	O00755	349 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	MSH4	O15457	936 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	DHX15	O43143	795 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	B4GALT4	O60513	344 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	CCNT1	O60563	726 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	CCNE2	O96020	404 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	CLTB	P09497	229 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	ATP2B1	P20020	1258 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	ACTR2	P61160	394 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	FAAP100	Q0VG06	881 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	GNL2	Q13823	731 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	KIAA0753	Q2KHM9	967 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095		Q4G0T1	1027 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	ANKRD33	Q7Z3H0	272 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	FAM126B	Q8IXS8	530 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	SLC43A3	Q8NBI5	491 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	SEPT1	Q8WYJ6	367 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	TRMT13	Q9NUP7	481 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	BOLA1	Q9Y3E2	137 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	KIF3A	Q9Y496	699 aa		11.64	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	MROH7	Q68CQ1	1323 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	CYP3A7-CYP3A51P	A0A087WV96	503 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	TRIM43B	A6NCK2	446 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095		H3BRB1	525 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	CHMP2A	O43633	222 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	CYP3A7	P24462	503 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	MARK3	P27448	753 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	MOXD1	Q6UVY6	613 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	HSCB	Q8IWL3	235 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	HS6ST3	Q8IZP7	471 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	C7orf31	Q8N865	590 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	SNX21	Q969T3	373 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	TRIM43	Q96BQ3	446 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	MBOAT7	Q96N66	472 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	TOX2	Q96NM4	488 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	KATNAL1	Q9BW62	490 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	FOXP1	Q9H334	677 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	TUT1	Q9H6E5	874 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	TMEM39A	Q9NV64	488 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	HDAC6	Q9UBN7	1215 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	PRKAG2	Q9UGJ0	569 aa		11.63	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095		H3BQV1	296 aa		11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	HAS3	O00219	553 aa		11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	TLR3	O15455	904 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	GAS7	O60861	476 aa		11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	CD4	P01730	458 aa		11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	CYP2C9	P11712	490 aa		11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	GCFC2	P16383	781 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	MDM2	Q00987	491 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	PRPF38B	Q5VTL8	546 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	LRCH2	Q5VUJ6	765 aa		11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	MCTP1	Q6DN14	999 aa		11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	PPP4R3A	Q6IN85	833 aa		11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	GDF6	Q6KF10	455 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	NFRKB	Q6P4R8	1299 aa		11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	NOSTRIN	Q8IVI9	506 aa		11.62	□□□□□ -0.55
HDAC6-222	ENST00000478095	ETNPPL	Q8TBG4	499 aa		11.62	□□□□□ -0.55

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