RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563559.5

RRN3-205, Transcript of RRN3 homolog, RNA polymerase I transcription factor, human

TSL 5 BASIC

Gene RRN3, Length 2,128 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RRN3-205	ENST00000563559	MYH4	Q9Y623	1939 aa		20.33	■□□□□ 0.85
RRN3-205	ENST00000563559	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	20.33	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	PAFAH1B1	P43034	410 aa		20.33	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	AP3B2	Q13367	1082 aa		20.33	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	TDRD12	Q587J7	1177 aa	Known RBP	20.33	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	HGSNAT	Q68CP4	663 aa		20.33	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		20.33	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	SPATA4	Q8NEY3	305 aa		20.33	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	UTP18	Q9Y5J1	556 aa	Known RBP eCLIP	20.33	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	STK24	Q9Y6E0	443 aa		20.33	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	IVL	P07476	585 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	C2orf54	Q08AI8	447 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	HERC4	Q5GLZ8	1057 aa	Predicted RBP	20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	FAM83B	Q5T0W9	1011 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	GPBP1	Q86WP2	473 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	TRIM59	Q8IWR1	403 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	MKL1	Q969V6	931 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	MBOAT7	Q96N66	472 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	PCDHA1	Q9Y5I3	950 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	MYH10	P35580	1976 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	RPS6KA5	O75582	802 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	EDRF1	Q3B7T1	1238 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	SELENOO	Q9BVL4	669 aa		20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	DHX36	Q9H2U1	1008 aa	Known RBP	20.32	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559		E9PMD0	336 aa		20.31	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	20.31	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	RNF40	O75150	1001 aa		20.31	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	GFPT1	Q06210	699 aa	Predicted RBP	20.31	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	QRICH1	Q2TAL8	776 aa		20.31	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	ZC3H3	Q8IXZ2	948 aa	Known RBP	20.31	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	DRC1	Q96MC2	740 aa		20.31	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	ANO3	Q9BYT9	981 aa		20.31	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		20.31	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	FRMD3	A2A2Y4	597 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	PHACTR2	O75167	634 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	SYF2	O95926	243 aa	Known RBP	20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	KRT18	P05783	430 aa	Known RBP	20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	SLC1A4	P43007	532 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	RASSF7	Q02833	373 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	APOBEC3H	Q6NTF7	200 aa	Known RBP	20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	ERMN	Q8TAM6	284 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	AEN	Q8WTP8	325 aa	Known RBP	20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	LSM14B	Q9BX40	385 aa	Known RBP	20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	FAM204A	Q9H8W3	233 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	KANSL2	Q9H9L4	492 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	NYAP2	Q9P242	653 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	TBX3	O15119	743 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	CETN3	O15182	167 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	NOL4	O94818	638 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	CYP11B2	P19099	503 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	EPS15	P42566	896 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	SCNN1D	P51172	638 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	GLE1	Q53GS7	698 aa	Known RBP	20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	SCFD1	Q8WVM8	642 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	KCTD10	Q9H3F6	313 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	NLRC4	Q9NPP4	1024 aa		20.3	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	POTEB3	A0JP26	581 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	POTEC	B2RU33	542 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	USP17L15	C9J2P7	530 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	USP17L13	C9JLJ4	530 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	USP17L11	C9JVI0	530 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	USP17L18	D6R9N7	530 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	USP17L22	D6RA61	530 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	USP17L17	D6RBQ6	530 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	USP17L19	D6RCP7	530 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	USP17L20	D6RJB6	530 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559		G3V3G9	751 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	ZMYND10	O75800	440 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	USP17L24	Q0WX57	530 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	NFRKB	Q6P4R8	1299 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	POTEB	Q6S5H4	581 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	AFAP1L1	Q8TED9	768 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	GJA10	Q969M2	543 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	ERCC3	P19447	782 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	NAP1L1	P55209	391 aa	Known RBP	20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	POLR2F	P61218	127 aa	Known RBP	20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	ADAM9	Q13443	819 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	CFAP221	Q4G0U5	840 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	AIPL1	Q9NZN9	384 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	TBC1D7	Q9P0N9	293 aa		20.29	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	PRPF6	O94906	941 aa	Known RBP	20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	NPR1	P16066	1061 aa		20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	SLC12A3	P55017	1021 aa		20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	CDC37	Q16543	378 aa	Predicted RBP	20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	SLC18A3	Q16572	532 aa		20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	SLFN13	Q68D06	897 aa		20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	NELFCD	Q8IXH7	590 aa		20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	LRRC1	Q9BTT6	524 aa		20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	MRI	Q9BWK5	157 aa		20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	TLR10	Q9BXR5	811 aa		20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	ATAD5	Q96QE3	1844 aa		20.28	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	GOLGA6B	A6NDN3	693 aa		20.27	■□□□□ 0.84
RRN3-205	ENST00000563559	TULP2	O00295	520 aa		20.27	■□□□□ 0.84

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