RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 SGMS1Q86VZ5 419 aa25.91■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 CCDC82Q8N4S0 544 aa25.91■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 ALG1Q9BT22 464 aa25.91■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 SLC4A7Q9Y6M7 1214 aa25.91■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 ZBBXA8MT70 800 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 IQCF3P0C7M6 154 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 ZNF286BP0CG31 522 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 UBA1P22314 1058 aaKnown RBP25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 MRPS9P82933 396 aaKnown RBP25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 MFSD10Q14728 455 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 GRIN2CQ14957 1233 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 RAB30Q15771 203 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 HSDL1Q3SXM5 330 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 CCDC155Q8N6L0 562 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 GPKOWQ92917 476 aaPredicted RBP eCLIP25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 VWCEQ96DN2 955 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 FRMPD4Q14CM0 1322 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 PIK3CDO00329 1044 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 F2P00734 622 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 FOSL2P15408 326 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 KIAA0753Q2KHM9 967 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 MICU3Q86XE3 530 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 PSTPIP2Q9H939 334 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 RTEL1Q9NZ71 1219 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 HDAC6Q9UBN7 1215 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 GTF2IRD1Q9UHL9 959 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-232ENST00000568443 MEIS2O14770 477 aa25.88■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 ACTN1P12814 892 aa25.88■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 HOXD8P13378 290 aaPredicted RBP25.88■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 TSGA10IPQ3SY00 556 aa25.88■■□□□ 1.73
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CLN3-232ENST00000568443 CAGE1Q8TC20 777 aa25.88■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 INPP4AQ96PE3 977 aaPredicted RBP25.88■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 FTOQ9C0B1 505 aaKnown RBP eCLIP25.88■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 CDH23Q9H251 3354 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 hCG_1642624A0A1W2PR95 340 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 SPATA31C2B4DYI2 1134 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 HAS3O00219 553 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 ICAM3P32942 547 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 EXOSC10Q01780 885 aaKnown RBP25.87■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 KRT32Q14532 448 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 XRRA1Q6P2D8 792 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 TMTC3Q6ZXV5 915 aa25.87■■□□□ 1.73
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CLN3-232ENST00000568443 TRIP12Q14669 1992 aaPredicted RBP25.87■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 SCN5AQ14524 2016 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 FIBPO43427 364 aa25.86■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 NEDD9Q14511 834 aa25.86■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 PCNX4Q63HM2 1172 aa25.86■■□□□ 1.73
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CLN3-232ENST00000568443 AFAP1L1Q8TED9 768 aa25.86■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 TCEANC2Q96MN5 208 aa25.86■■□□□ 1.73
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CLN3-232ENST00000568443 MYO9BQ13459 2157 aa25.85■■□□□ 1.73
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CLN3-232ENST00000568443 HEATR3Q7Z4Q2 680 aa25.84■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 C16orf70Q9BSU1 422 aa25.84■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 NKX2-4Q9H2Z4 354 aa25.84■■□□□ 1.73
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CLN3-232ENST00000568443 ZBTB43O43298 467 aa25.83■■□□□ 1.73
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CLN3-232ENST00000568443 PTK7Q13308 1070 aa25.83■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 METTL7BQ6UX53 244 aa25.83■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 NLRX1Q86UT6 975 aa25.83■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 DHX38Q92620 1227 aaKnown RBP25.83■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 BRPF3Q9ULD4 1205 aa25.83■■□□□ 1.73
CLN3-232ENST00000568443 EYSQ5T1H1 3165 aa25.82■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 H3BRB1 525 aa25.82■■□□□ 1.72
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CLN3-232ENST00000568443 RTN1Q16799 776 aa25.82■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 LRRC8DQ7L1W4 858 aa25.82■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 PHF6Q8IWS0 365 aaKnown RBP eCLIP25.82■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 SENP7Q9BQF6 1050 aa25.82■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 USP26Q9BXU7 913 aa25.82■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 TUT1Q9H6E5 874 aaKnown RBP25.82■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 YBX2Q9Y2T7 364 aaKnown RBP25.82■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 PCDHA11Q9Y5I1 949 aa25.82■■□□□ 1.72
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CLN3-232ENST00000568443 SPDYE3A6NKU9 549 aa25.81■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 LGALS2P05162 132 aa25.81■■□□□ 1.72
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CLN3-232ENST00000568443 FGD1P98174 961 aa25.81■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 ZNF200P98182 395 aaPredicted RBP25.81■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 RBL2Q08999 1139 aa25.81■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 UBE2SQ16763 222 aa25.81■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 GAS2L1Q99501 681 aaPredicted RBP25.81■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 PRDM12Q9H4Q4 367 aa25.81■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 KLF18A0A0U1RQI7 1052 aa25.8■■□□□ 1.72
CLN3-232ENST00000568443 GIMAP8Q8ND71 665 aaPredicted RBP25.8■■□□□ 1.72
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