RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556725.1

SYNE2-222, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 3

Gene SYNE2, Length 672 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-222	ENST00000556725	RAD50	Q92878	1312 aa		10.2	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	WNT8B	Q93098	351 aa		10.2	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		10.2	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	HDAC6	Q9UBN7	1215 aa		10.2	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	PIEZO1	Q92508	2521 aa		10.2	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ABHD14A-ACY1	A0A1B0GW23	586 aa		10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	RANBP6	O60518	1105 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MMP3	P08254	477 aa		10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ALAD	P13716	330 aa		10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF200	P98182	395 aa	Predicted RBP	10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MBTPS1	Q14703	1052 aa		10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	SEPT14	Q6ZU15	432 aa		10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	CHST3	Q7LGC8	479 aa		10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	SESTD1	Q86VW0	696 aa		10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	NEK9	Q8TD19	979 aa		10.19	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	DCX	O43602	365 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MS4A1	P11836	297 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ARHGAP1	Q07960	439 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	RBL2	Q08999	1139 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	IKBKE	Q14164	716 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	HIC1	Q14526	733 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	TRIM71	Q2Q1W2	868 aa	Known RBP	10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	PPP4R3B	Q5MIZ7	849 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ZMYM1	Q5SVZ6	1142 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF618	Q5T7W0	954 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	DNER	Q8NFT8	737 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	CRBN	Q96SW2	442 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	PHOX2B	Q99453	314 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM47	Q9BQJ4	181 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ALG1	Q9BT22	464 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	GTF2IRD1	Q9UHL9	959 aa		10.18	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MYH7B	A7E2Y1	1941 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	PSEN2	P49810	448 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	EPC2	Q52LR7	807 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	TCEAL5	Q5H9L2	206 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	VPS53	Q5VIR6	699 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	EP400NL	Q6ZTU2	488 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	HFE2	Q6ZVN8	426 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	DBF4B	Q8NFT6	615 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MRPL38	Q96DV4	380 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	TAAR1	Q96RJ0	339 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	OSBPL7	Q9BZF2	842 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	CPVL	Q9H3G5	476 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	COL20A1	Q9P218	1284 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	INSL6	Q9Y581	213 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	USP34	Q70CQ2	3546 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	KIAA1217	Q5T5P2	1943 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	LGR5	O75473	907 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	GH1	P01241	217 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	FGR	P09769	529 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	PDHB	P11177	359 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	TOP1	P11387	765 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	CAST	P20810	708 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	HTRA4	P83105	476 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ZP2	Q05996	745 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	PTK7	Q13308	1070 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	USH1G	Q495M9	461 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MYOCD	Q8IZQ8	938 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	C7orf31	Q8N865	590 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	BANK1	Q8NDB2	785 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	PI4K2B	Q8TCG2	481 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	OTUD7A	Q8TE49	926 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	GPATCH3	Q96I76	525 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	FSD1	Q9BTV5	496 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MFRP	Q9BY79	579 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	UBA5	Q9GZZ9	404 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	DCTPP1	Q9H773	170 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ANAPC4	Q9UJX5	808 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	HAS3	O00219	553 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ORC4	O43929	436 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	SORBS3	O60504	671 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	EFCAB14	O75071	495 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF286B	P0CG31	522 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	GOLGA8H	P0CJ92	632 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	IRS1	P35568	1242 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	LTBR	P36941	435 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF543	Q08ER8	600 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	GPM6B	Q13491	265 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MFSD10	Q14728	455 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	DGKD	Q16760	1214 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	KIAA0753	Q2KHM9	967 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	PUS10	Q3MIT2	529 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	DMRTA1	Q5VZB9	504 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	KCTD12	Q96CX2	325 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	PABPC5	Q96DU9	382 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	SNX27	Q96L92	541 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MPHOSPH6	Q99547	160 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	TOMM22	Q9NS69	142 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	CTNNA3	Q9UI47	895 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	DDX41	Q9UJV9	622 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725	MYO7A	Q13402	2215 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-222	ENST00000556725		B4DLN1	442 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-222	ENST00000556725		H3BNC9	293 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-222	ENST00000556725	UPP2	O95045	317 aa		10.14	□□□□□ -0.79

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