RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000366290.2

YBX3-204, Transcript of Y-box binding protein 3, human

TSL 2

Gene YBX3, Length 512 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
YBX3-204	ENST00000366290	MYRFL	Q96LU7	910 aa		10.14	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		10.14	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	DPH2	Q9BQC3	489 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	YIPF2	Q9BWQ6	316 aa		10.14	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	R3HCC1	Q9Y3T6	440 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	DAGLA	Q9Y4D2	1042 aa		10.14	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	DLG5	Q8TDM6	1919 aa		10.13	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	BMP3	P12645	472 aa		10.13	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	GUCY2C	P25092	1073 aa		10.13	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	SLFN12	Q8IYM2	578 aa		10.13	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	TAB3	Q8N5C8	712 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	C19orf47	Q8N9M1	422 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	SEMA6C	Q9H3T2	930 aa		10.13	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	C4A	P0C0L4	1744 aa		10.13	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	RPS6KA4	O75676	772 aa		10.12	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	CST3	P01034	146 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	NFIC	P08651	508 aa		10.12	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	CASP7	P55210	303 aa		10.12	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	PPP2R5E	Q16537	467 aa		10.12	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	PRAMEF13	Q5VWM6	474 aa		10.12	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	EZH1	Q92800	747 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	TRIM55	Q9BYV6	548 aa		10.12	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	TNKS2	Q9H2K2	1166 aa		10.12	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	ACTR10	Q9NZ32	417 aa		10.12	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	TNFRSF10C	O14798	259 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	ACR	P10323	421 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	RAG1	P15918	1043 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	MAP4	P27816	1152 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	TEF	Q10587	303 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	SLC39A6	Q13433	755 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	RAB33A	Q14088	237 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	PRSS36	Q5K4E3	855 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	ZNF790	Q6PG37	636 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	ARMCX6	Q7L4S7	300 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	TTC6	Q86TZ1	520 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	FAM20C	Q8IXL6	584 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	SLC9A7	Q96T83	725 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	FOXQ1	Q9C009	403 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		10.11	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		10.1	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290		A0A1W2PQH9	124 aa		10.1	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	CCER2	I3L3R5	266 aa		10.1	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	SERINC3	Q13530	473 aa		10.1	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	CCDC144B	Q3MJ40	725 aa		10.1	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	OSBPL2	Q9H1P3	480 aa		10.1	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		10.1	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	LRIG2	O94898	1065 aa		10.09	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	POLR2B	P30876	1174 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	MAP7	Q14244	749 aa		10.09	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		10.09	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	PHACTR4	Q8IZ21	702 aa		10.09	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	ADCY9	O60503	1353 aa		10.09	□□□□□ -0.79
YBX3-204	ENST00000366290	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	FAM95C	A0A1B0GW59	222 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	DHX15	O43143	795 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	DYNC1LI2	O43237	492 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	GYS1	P13807	737 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	ZYX	Q15942	572 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	NFE2L2	Q16236	605 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	UNC5A	Q6ZN44	842 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	CYB5D2	Q8WUJ1	264 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	CCDC74B	Q96LY2	380 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	KIF2C	Q99661	725 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	KCNF1	Q9H3M0	494 aa		10.08	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	ATP10D	Q9P241	1426 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	FAM86C2P	A6NEL3	165 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	BTBD11	A6QL63	1104 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	RGS13	O14921	159 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	STARD3NL	O95772	234 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	RFC4	P35249	363 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	LARP1B	Q659C4	914 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	SEZ6L2	Q6UXD5	910 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	MCM10	Q7L590	875 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	CELF2-AS1	Q8N7Q2	184 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	MFSD2A	Q8NA29	543 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	FMNL2	Q96PY5	1086 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	SIRPG	Q9P1W8	387 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	SLC12A7	Q9Y666	1083 aa		10.07	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	CCNF	P41002	786 aa		10.06	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	10.06	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	BEND4	Q6ZU67	534 aa		10.06	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290		Q8N3U1	123 aa		10.06	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	BAHD1	Q8TBE0	780 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
YBX3-204	ENST00000366290	ZSWIM4	Q9H7M6	989 aa		10.06	□□□□□ -0.8

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.8 ms