RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000298260.8

SKA3-201, Transcript of spindle and kinetochore associated complex subunit 3, humanhuman

TSL 2

Gene SKA3, Length 2,803 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3-201ENST00000298260 MAGEA1P43355 309 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 PAK2Q13177 524 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 UAP1Q16222 522 aaPredicted RBP14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 RRAGAQ7L523 313 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 FERMT2Q96AC1 680 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 ZBTB10Q96DT7 871 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 NUP58Q9BVL2 599 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 IRF6O14896 467 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 TRAPPC3O43617 180 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 SARNPP82979 210 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 EHHADHQ08426 723 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 PLCB4Q15147 1175 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 NPY5RQ15761 445 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 MIIPQ5JXC2 388 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 MSL1Q68DK7 614 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 TTI2Q6NXR4 508 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 CPLX4Q7Z7G2 160 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 CCDC170Q8IYT3 715 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 TACO1Q9BSH4 297 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 PHF20Q9BVI0 1012 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 TMBIM4Q9HC24 238 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 SLC12A6Q9UHW9 1150 aa14.9□□□□□ -0.02
SKA3-201ENST00000298260 CYP2D7A0A087X1C5 515 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 LRRC53A6NM62 1247 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 AP1G2O75843 785 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 SNX1Q13596 522 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 CDC37Q16543 378 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 NAALADL2Q58DX5 795 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 FAM133BQ5BKY9 247 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 FMNL3Q8IVF7 1028 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 CACNA2D3Q8IZS8 1091 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 PPIL4Q8WUA2 492 aaKnown RBP eCLIP14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ATP6V0A4Q9HBG4 840 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 EP400Q96L91 3159 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ERICH2A1L162 156 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ERVK-9P63128 1117 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ATP2C1P98194 919 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 LMBR1Q8WVP7 490 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 UBLCP1Q8WVY7 318 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ALS2CR12Q96Q35 445 aa14.89□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 GOLGA6L10A6NI86 522 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 GSG1L2A8MUP6 293 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 GCOM1H8Y6P7 765 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 HGSO14964 777 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 PALMO75781 387 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 MYZAPP0CAP1 466 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 PHKG2P15735 406 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 CTNNA1P35221 906 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 MAGOHP61326 146 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ARID5AQ03989 594 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ZNF844Q08AG5 666 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 CFAP221Q4G0U5 840 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 LCORLQ8N3X6 602 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 PRCCQ92733 491 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 MAGOHBQ96A72 148 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 MTFR1LQ9H019 292 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ARFGEF2Q9Y6D5 1785 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 HMGB1P1B2RPK0 211 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 F8W031 263 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 CIAO1O76071 339 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 EEF1GP26641 437 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 EVX2Q03828 476 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 STK4Q13043 487 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 LDHAL6AQ6ZMR3 332 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ZNF572Q7Z3I7 529 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 AP1M1Q9BXS5 423 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ACTR5Q9H9F9 607 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 NLRC4Q9NPP4 1024 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 DCCP43146 1447 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 TCRBV5S4A2TA0A5A2 114 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 A6NNZ2 444 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 MGRN1O60291 552 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ANP32DO95626 131 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 TUBB8Q3ZCM7 444 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 CCDC178Q5BJE1 867 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 ZNF662Q6ZS27 426 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 MICAL1Q8TDZ2 1067 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 SDR42E1Q8WUS8 393 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 CCT6BQ92526 530 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 FAM167BQ9BTA0 163 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 KANSL2Q9H9L4 492 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 PANK4Q9NVE7 773 aa14.88□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 TNKSO95271 1327 aa14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 SOS2Q07890 1332 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 A8MUI8 341 aa14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 KLRC4O43908 158 aa14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 PCCAP05165 728 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 GLE1Q53GS7 698 aaKnown RBP14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 TDRD12Q587J7 1177 aaKnown RBP14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 PPP4R3AQ6IN85 833 aa14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 SLC39A2Q9NP94 309 aa14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 PSMA7O14818 248 aa14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 GRIK3Q13003 919 aa14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 CUL5Q93034 780 aa14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 PACSIN1Q9BY11 444 aa14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 TSGA10Q9BZW7 698 aa14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 GOLGB1Q14789 3259 aaKnown RBP14.87□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 A0A0G2JS52 829 aa14.86□□□□□ -0.03
SKA3-201ENST00000298260 SMIM23A6NLE4 172 aa14.86□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.8 ms