RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640501.1

PNKP-231, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 5

Gene PNKP, Length 151 nt, Biotype non stop decay, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-231	ENST00000640501	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-231	ENST00000640501	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		12	□□□□□ -0.49
PNKP-231	ENST00000640501	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PNKP-231	ENST00000640501	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PNKP-231	ENST00000640501	TONSL	Q96HA7	1378 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PNKP-231	ENST00000640501	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PNKP-231	ENST00000640501	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PNKP-231	ENST00000640501	ABCC5	O15440	1437 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PNKP-231	ENST00000640501	PREX2	Q70Z35	1606 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	ADGRL2	O95490	1459 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	TRIM52	Q96A61	297 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	TSPY4	P0CV99	314 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	TSPY10	P0CW01	314 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	NEUROD1	Q13562	356 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	11.9	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	NCOA1	Q15788	1441 aa		11.9	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		11.9	□□□□□ -0.5
PNKP-231	ENST00000640501	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		11.89	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		11.89	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		11.89	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		11.88	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	11.88	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		11.88	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	11.87	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		11.87	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		11.87	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	11.86	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	11.86	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		11.86	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	KDM6B	O15054	1643 aa		11.86	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		11.86	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		11.86	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		11.85	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		11.85	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		11.85	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		11.84	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	11.84	□□□□□ -0.51
PNKP-231	ENST00000640501	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		11.82	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	PLCH2	O75038	1416 aa		11.82	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		11.81	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	PLXNC1	O60486	1568 aa		11.81	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	11.81	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	MBD5	Q9P267	1494 aa		11.81	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		11.81	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	KIF15	Q9NS87	1388 aa		11.8	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	11.8	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		11.8	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	11.78	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	KCNH8	Q96L42	1107 aa		11.78	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		11.78	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	PZP	P20742	1482 aa		11.77	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		11.77	□□□□□ -0.52
PNKP-231	ENST00000640501	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	ABCC1	P33527	1531 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	NUP155	O75694	1391 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	UNC13B	O14795	1591 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	MIER1	Q8N108	512 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	PKD2	Q13563	968 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	11.71	□□□□□ -0.53
PNKP-231	ENST00000640501	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		11.71	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	FANCA	O15360	1455 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	ASXL2	Q76L83	1435 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	FOXD1	Q16676	465 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	ADGRL1	O94910	1474 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	KANK1	Q14678	1352 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	ATP7A	Q04656	1500 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	ANP32C	O43423	234 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-231	ENST00000640501	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PNKP-231	ENST00000640501	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PNKP-231	ENST00000640501	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PNKP-231	ENST00000640501	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PNKP-231	ENST00000640501	ATP10A	O60312	1499 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PNKP-231	ENST00000640501	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		11.61	□□□□□ -0.55
PNKP-231	ENST00000640501	DEPDC5	O75140	1603 aa		11.61	□□□□□ -0.55
PNKP-231	ENST00000640501	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
PNKP-231	ENST00000640501	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
PNKP-231	ENST00000640501	CD109	Q6YHK3	1445 aa		11.6	□□□□□ -0.55

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