RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568169.5

TCF4-238, Transcript of transcription factor 4, human

TSL 5

Gene TCF4, Length 870 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TCF4-238	ENST00000568169	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		19.09	■□□□□ 0.65
TCF4-238	ENST00000568169	PLCH2	O75038	1416 aa		19.08	■□□□□ 0.64
TCF4-238	ENST00000568169	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		19.06	■□□□□ 0.64
TCF4-238	ENST00000568169	HSPA2	P54652	639 aa		19.06	■□□□□ 0.64
TCF4-238	ENST00000568169	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		19.06	■□□□□ 0.64
TCF4-238	ENST00000568169	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		19.02	■□□□□ 0.64
TCF4-238	ENST00000568169	MLEC	Q14165	292 aa		19.01	■□□□□ 0.63
TCF4-238	ENST00000568169	ATP10A	O60312	1499 aa		19.01	■□□□□ 0.63
TCF4-238	ENST00000568169	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		19	■□□□□ 0.63
TCF4-238	ENST00000568169	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	18.99	■□□□□ 0.63
TCF4-238	ENST00000568169	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		18.99	■□□□□ 0.63
TCF4-238	ENST00000568169	FMN1	Q68DA7	1419 aa		18.99	■□□□□ 0.63
TCF4-238	ENST00000568169	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		18.98	■□□□□ 0.63
TCF4-238	ENST00000568169	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		18.98	■□□□□ 0.63
TCF4-238	ENST00000568169	KIF14	Q15058	1648 aa		18.97	■□□□□ 0.63
TCF4-238	ENST00000568169	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		18.97	■□□□□ 0.63
TCF4-238	ENST00000568169	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		18.95	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	18.95	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	18.95	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	18.94	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	CERK	Q8TCT0	537 aa		18.94	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	KDM5C	P41229	1560 aa		18.93	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		18.93	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	18.92	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		18.91	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	STRC	Q7RTU9	1775 aa		18.91	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		18.9	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	18.9	■□□□□ 0.62
TCF4-238	ENST00000568169	AFAP1	Q8N556	730 aa		18.89	■□□□□ 0.61
TCF4-238	ENST00000568169	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		18.88	■□□□□ 0.61
TCF4-238	ENST00000568169	CLIP1	P30622	1438 aa		18.88	■□□□□ 0.61
TCF4-238	ENST00000568169	RERE	Q9P2R6	1566 aa		18.88	■□□□□ 0.61
TCF4-238	ENST00000568169	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		18.88	■□□□□ 0.61
TCF4-238	ENST00000568169	PREX2	Q70Z35	1606 aa		18.85	■□□□□ 0.61
TCF4-238	ENST00000568169	ABCA6	Q8N139	1617 aa		18.85	■□□□□ 0.61
TCF4-238	ENST00000568169	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		18.84	■□□□□ 0.61
TCF4-238	ENST00000568169	C3	P01024	1663 aa		18.84	■□□□□ 0.61
TCF4-238	ENST00000568169	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		18.83	■□□□□ 0.6
TCF4-238	ENST00000568169	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		18.82	■□□□□ 0.6
TCF4-238	ENST00000568169	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		18.82	■□□□□ 0.6
TCF4-238	ENST00000568169	AGL	P35573	1532 aa		18.82	■□□□□ 0.6
TCF4-238	ENST00000568169	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		18.81	■□□□□ 0.6
TCF4-238	ENST00000568169	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		18.8	■□□□□ 0.6
TCF4-238	ENST00000568169	ABCC1	P33527	1531 aa		18.8	■□□□□ 0.6
TCF4-238	ENST00000568169	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		18.8	■□□□□ 0.6
TCF4-238	ENST00000568169	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		18.8	■□□□□ 0.6
TCF4-238	ENST00000568169	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		18.77	■□□□□ 0.6
TCF4-238	ENST00000568169	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		18.77	■□□□□ 0.59
TCF4-238	ENST00000568169	PTPRT	O14522	1441 aa		18.74	■□□□□ 0.59
TCF4-238	ENST00000568169	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	18.72	■□□□□ 0.59
TCF4-238	ENST00000568169	MROH2A	A6NES4	1674 aa		18.71	■□□□□ 0.59
TCF4-238	ENST00000568169	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		18.71	■□□□□ 0.59
TCF4-238	ENST00000568169	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		18.7	■□□□□ 0.58
TCF4-238	ENST00000568169	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		18.68	■□□□□ 0.58
TCF4-238	ENST00000568169	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		18.67	■□□□□ 0.58
TCF4-238	ENST00000568169	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	18.67	■□□□□ 0.58
TCF4-238	ENST00000568169	NCOA1	Q15788	1441 aa		18.66	■□□□□ 0.58
TCF4-238	ENST00000568169	NPAT	Q14207	1427 aa		18.66	■□□□□ 0.58
TCF4-238	ENST00000568169	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	18.65	■□□□□ 0.58
TCF4-238	ENST00000568169	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		18.64	■□□□□ 0.58
TCF4-238	ENST00000568169	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	18.63	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		18.63	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	18.62	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	ZMYM3	Q14202	1370 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	18.61	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	ATP7A	Q04656	1500 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	ILDR2	Q71H61	639 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	PLXNC1	O60486	1568 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	18.6	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	18.6	■□□□□ 0.57	7e-6	■■■□□ 17
TCF4-238	ENST00000568169	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	18.59	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		18.58	■□□□□ 0.57
TCF4-238	ENST00000568169	A2M	P01023	1474 aa		18.57	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		18.56	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	18.56	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		18.56	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		18.55	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	SOCS7	O14512	581 aa		18.54	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	PTPRK	Q15262	1439 aa		18.54	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		18.54	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		18.53	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	PLA2R1	Q13018	1463 aa		18.53	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	18.53	■□□□□ 0.56
TCF4-238	ENST00000568169	PKD2	Q13563	968 aa		18.5	■□□□□ 0.55
TCF4-238	ENST00000568169	GGT6	Q6P531	493 aa		18.5	■□□□□ 0.55
TCF4-238	ENST00000568169	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		18.5	■□□□□ 0.55
TCF4-238	ENST00000568169	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	18.5	■□□□□ 0.55
TCF4-238	ENST00000568169	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	18.49	■□□□□ 0.55
TCF4-238	ENST00000568169	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		18.49	■□□□□ 0.55
TCF4-238	ENST00000568169	TIAM1	Q13009	1591 aa		18.48	■□□□□ 0.55
TCF4-238	ENST00000568169	MBD5	Q9P267	1494 aa		18.46	■□□□□ 0.55
TCF4-238	ENST00000568169	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	18.46	■□□□□ 0.55
TCF4-238	ENST00000568169	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		18.45	■□□□□ 0.54
TCF4-238	ENST00000568169	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	18.44	■□□□□ 0.54
TCF4-238	ENST00000568169	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		18.44	■□□□□ 0.54
TCF4-238	ENST00000568169	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		18.44	■□□□□ 0.54
TCF4-238	ENST00000568169	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		18.43	■□□□□ 0.54

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