RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564172.1

GDE1-203, Transcript of glycerophosphodiester phosphodiesterase 1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene GDE1, Length 2,238 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GDE1-203ENST00000564172 WDR7Q9Y4E6 1490 aa26.17■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 TTC37Q6PGP7 1564 aa26.17■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa26.17■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa26.17■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa26.17■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 CYB5RLQ6IPT4 315 aa26.16■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 DAPK1P53355 1430 aa26.14■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 ASXL2Q76L83 1435 aa26.14■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 ABCC5O15440 1437 aa26.14■■□□□ 1.77
GDE1-203ENST00000564172 CHIC2Q9UKJ5 165 aa26.14■■□□□ 1.77
GDE1-203ENST00000564172 HFM1A2PYH4 1435 aa26.12■■□□□ 1.77
GDE1-203ENST00000564172 PREX2Q70Z35 1606 aa26.12■■□□□ 1.77
GDE1-203ENST00000564172 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP26.12■■□□□ 1.77
GDE1-203ENST00000564172 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa26.1■■□□□ 1.77
GDE1-203ENST00000564172 NAIPQ13075 1403 aa26.08■■□□□ 1.77
GDE1-203ENST00000564172 PLCH2O75038 1416 aa26.08■■□□□ 1.76
GDE1-203ENST00000564172 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP26.07■■□□□ 1.76
GDE1-203ENST00000564172 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa26.07■■□□□ 1.76
GDE1-203ENST00000564172 ARHGAP5Q13017 1502 aa26.06■■□□□ 1.76
GDE1-203ENST00000564172 MYO5CQ9NQX4 1742 aa26.06■■□□□ 1.76
GDE1-203ENST00000564172 AKNAQ7Z591 1439 aa26.05■■□□□ 1.76
GDE1-203ENST00000564172 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa26.03■■□□□ 1.76
GDE1-203ENST00000564172 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP26.03■■□□□ 1.76
GDE1-203ENST00000564172 ROCK1Q13464 1354 aa26.03■■□□□ 1.76
GDE1-203ENST00000564172 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP26.02■■□□□ 1.76
GDE1-203ENST00000564172 MBD5Q9P267 1494 aa26.01■■□□□ 1.75
GDE1-203ENST00000564172 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa26■■□□□ 1.75
GDE1-203ENST00000564172 ABCA9Q8IUA7 1624 aa25.99■■□□□ 1.75
GDE1-203ENST00000564172 RSPH4AQ5TD94 716 aa25.98■■□□□ 1.75
GDE1-203ENST00000564172 BCL11AQ9H165 835 aa25.96■■□□□ 1.75
GDE1-203ENST00000564172 ARHGEF5Q12774 1597 aa25.96■■□□□ 1.75
GDE1-203ENST00000564172 ARAP3Q8WWN8 1544 aa25.96■■□□□ 1.75
GDE1-203ENST00000564172 CLSPNQ9HAW4 1339 aa25.96■■□□□ 1.75
GDE1-203ENST00000564172 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa25.95■■□□□ 1.75
GDE1-203ENST00000564172 NCOA1Q15788 1441 aa25.95■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 TSPY4P0CV99 314 aa25.95■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 TSPY10P0CW01 314 aa25.95■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa25.95■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 CROCC2H7BZ55 1655 aa25.94■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 GCC2Q8IWJ2 1684 aa25.94■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 ADGRL2O95490 1459 aa25.93■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 SHANK2Q9UPX8 1470 aa25.93■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 SYCP2Q9BX26 1530 aa25.92■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 CCDC141Q6ZP82 1450 aa25.92■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 MAPKBP1O60336 1514 aa25.92■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 PRKCSHP14314 528 aaPredicted RBP25.92■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 C9orf84Q5VXU9 1444 aa25.91■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa25.9■■□□□ 1.74
GDE1-203ENST00000564172 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa25.89■■□□□ 1.73
GDE1-203ENST00000564172 ADGBQ8N7X0 1667 aa25.87■■□□□ 1.73
GDE1-203ENST00000564172 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP25.87■■□□□ 1.73
GDE1-203ENST00000564172 FANCAO15360 1455 aa25.87■■□□□ 1.73
GDE1-203ENST00000564172 KDM6BO15054 1643 aa25.86■■□□□ 1.73
GDE1-203ENST00000564172 ABCC1P33527 1531 aa25.85■■□□□ 1.73
GDE1-203ENST00000564172 CD109Q6YHK3 1445 aa25.85■■□□□ 1.73
GDE1-203ENST00000564172 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa25.8■■□□□ 1.72
GDE1-203ENST00000564172 TRIM52Q96A61 297 aa25.79■■□□□ 1.72
GDE1-203ENST00000564172 MAST1Q9Y2H9 1570 aa25.78■■□□□ 1.72
GDE1-203ENST00000564172 KIF15Q9NS87 1388 aa25.77■■□□□ 1.72
GDE1-203ENST00000564172 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa25.77■■□□□ 1.72
GDE1-203ENST00000564172 ADGRL1O94910 1474 aa25.75■■□□□ 1.71
GDE1-203ENST00000564172 ERICH6Q7L0X2 663 aa25.75■■□□□ 1.71
GDE1-203ENST00000564172 AFAP1Q8N556 730 aa25.75■■□□□ 1.71
GDE1-203ENST00000564172 SCAPERQ9BY12 1400 aa25.74■■□□□ 1.71
GDE1-203ENST00000564172 GLI2P10070 1586 aa25.72■■□□□ 1.71
GDE1-203ENST00000564172 NEUROD1Q13562 356 aa25.7■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa25.7■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 FAM69CQ0P6D2 419 aa25.69■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 MPHOSPH9Q99550 1183 aa25.69■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP25.69■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa25.67■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa25.67■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 PLXNC1O60486 1568 aa25.67■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 CFAP74Q9C0B2 1584 aa25.67■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP25.66■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 DIP2BQ9P265 1576 aa25.66■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 SIN3AQ96ST3 1273 aa25.65■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 NEO1Q92859 1461 aa25.64■■□□□ 1.7
GDE1-203ENST00000564172 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP25.61■■□□□ 1.69
GDE1-203ENST00000564172 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa25.61■■□□□ 1.69
GDE1-203ENST00000564172 DUOX2Q9NRD8 1548 aa25.6■■□□□ 1.69
GDE1-203ENST00000564172 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa25.6■■□□□ 1.69
GDE1-203ENST00000564172 PZPP20742 1482 aa25.59■■□□□ 1.69
GDE1-203ENST00000564172 NUP155O75694 1391 aa25.57■■□□□ 1.68
GDE1-203ENST00000564172 ATP7AQ04656 1500 aa25.57■■□□□ 1.68
GDE1-203ENST00000564172 POGZQ7Z3K3 1410 aa25.57■■□□□ 1.68
GDE1-203ENST00000564172 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP25.56■■□□□ 1.68
GDE1-203ENST00000564172 ERBINQ96RT1 1412 aa25.55■■□□□ 1.68
GDE1-203ENST00000564172 MYT1LQ9UL68 1186 aa25.55■■□□□ 1.68
GDE1-203ENST00000564172 FOXD1Q16676 465 aa25.55■■□□□ 1.68
GDE1-203ENST00000564172 KDM5DQ9BY66 1539 aa25.52■■□□□ 1.68
GDE1-203ENST00000564172 KDM5CP41229 1560 aa25.51■■□□□ 1.67
GDE1-203ENST00000564172 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa25.51■■□□□ 1.67
GDE1-203ENST00000564172 RAPGEF3O95398 923 aa25.51■■□□□ 1.67
GDE1-203ENST00000564172 MLH3Q9UHC1 1453 aa25.48■■□□□ 1.67
GDE1-203ENST00000564172 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa25.48■■□□□ 1.67
GDE1-203ENST00000564172 PKD2Q13563 968 aa25.48■■□□□ 1.67
GDE1-203ENST00000564172 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa25.48■■□□□ 1.67
GDE1-203ENST00000564172 UNC13BO14795 1591 aa25.46■■□□□ 1.67
GDE1-203ENST00000564172 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.9 ms