RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCB11O95342 1321 aa34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 PRPF3O43395 683 aaKnown RBP34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 PSMC4P43686 418 aa34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 FCGRTP55899 365 aa34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 CAP1Q01518 475 aa34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 SSRP1Q08945 709 aaKnown RBP34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 TKFCQ3LXA3 575 aa34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 NSUN7Q8NE18 718 aaKnown RBP34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 GPKOWQ92917 476 aaPredicted RBP eCLIP34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 ERO1AQ96HE7 468 aa34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 TRIM47Q96LD4 638 aa34.23■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 HTTP42858 3142 aa34.22■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 TNPO2O14787 897 aaKnown RBP34.22■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 LBX1P52954 281 aa34.22■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 HEATR3Q7Z4Q2 680 aa34.22■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 GPR142Q7Z601 462 aa34.22■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 ACAD9Q9H845 621 aa34.22■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 STK36Q9NRP7 1315 aa34.21■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 PTPDC1A2A3K4 754 aa34.21■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 MUM1L1Q5H9M0 696 aa34.21■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 CHST13Q8NET6 341 aa34.21■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 COA7Q96BR5 231 aa34.21■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNFX1Q9P2E3 1918 aaKnown RBP34.2■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 JAK2O60674 1132 aa34.2■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 TRAF1Q13077 416 aa34.2■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 PFKFB3Q16875 520 aaPredicted RBP34.2■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 WWC2Q6AWC2 1192 aa34.2■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 HSCBQ8IWL3 235 aa34.2■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 FBXO40Q9UH90 709 aa34.2■■■■□ 3.07
LIMCH1-211ENST00000509638 K7ELQ4 463 aaPredicted RBP34.19■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 SCG2P13521 617 aa34.19■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 PKN1Q16512 942 aa34.19■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 PLEKHH3Q7Z736 793 aa34.19■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 IVNS1ABPQ9Y6Y0 642 aa34.19■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 NFIBO00712 420 aa34.19■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 LLPHQ9BRT6 129 aaKnown RBP34.19■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 DEXIO95424 95 aa34.18■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 CLEC4DQ8WXI8 215 aa34.18■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 MRPL11Q9Y3B7 192 aaKnown RBP34.18■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 PLXNA1Q9UIW2 1896 aa34.17■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 LCTP09848 1927 aa34.17■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 DDX11Q96FC9 970 aa34.17■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 MMP19Q99542 508 aa34.16■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 ORC3Q9UBD5 711 aaPredicted RBP34.16■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 hCG_1984214I3L0E3 225 aa34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 STXBP3O00186 592 aa34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 FCER1AP12319 257 aa34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF713Q8N859 430 aaPredicted RBP34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 BARHL2Q9NY43 387 aa34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 PTPREP23469 700 aa34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 NAPAP54920 295 aa34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 GRB14Q14449 540 aa34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 KCTD2Q14681 263 aa34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 TYW1BQ6NUM6 668 aa34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 NSMFQ6X4W1 530 aa34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 DHX30Q7L2E3 1194 aaKnown RBP eCLIP34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 A1CFQ9NQ94 594 aaKnown RBP34.15■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 OPLAHO14841 1288 aa34.14■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 PPP1R18Q6NYC8 613 aa34.14■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD35Q8N283 1001 aa34.14■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 SMARCC2Q8TAQ2 1214 aa34.14■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 AIFM3Q96NN9 605 aa34.14■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 CENPFP49454 3210 aa34.14■■■■□ 3.06
LIMCH1-211ENST00000509638 STRNO43815 780 aa34.13■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 FDPSP14324 419 aaKnown RBP34.13■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 CUL4AQ13619 759 aa34.13■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 ABRAQ8N0Z2 381 aa34.13■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 SOCS4Q8WXH5 440 aa34.13■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 PFASO15067 1338 aa34.13■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 SLC15A5A6NIM6 579 aa34.12■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 ADORA2AP29274 412 aa34.12■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGEF6Q15052 776 aa34.12■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 MORN1Q5T089 497 aa34.11■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 SLC30A10Q6XR72 485 aa34.11■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 VPS54Q9P1Q0 977 aa34.11■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 GNRH1P01148 92 aa34.11■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 HMGN5P82970 282 aaKnown RBP34.11■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 PRKCZQ05513 592 aa34.11■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 CYP39A1Q9NYL5 469 aa34.11■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 TRIM17Q9Y577 477 aa34.11■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 RNF207Q6ZRF8 634 aa34.1■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 OTOP1Q7RTM1 612 aa34.1■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 MCF2L2Q86YR7 1114 aa34.1■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 WASF1Q92558 559 aa34.1■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 NUDT12Q9BQG2 462 aa34.1■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 PGK2P07205 417 aa34.09■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 SHISA4Q96DD7 197 aa34.09■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 ALG1Q9BT22 464 aa34.09■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 SRRDQ9UH36 339 aa34.09■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 GJD2Q9UKL4 321 aa34.09■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 GABRQQ9UN88 632 aa34.09■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 ZSCAN21Q9Y5A6 473 aaPredicted RBP34.09■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 CFBP00751 764 aa34.08■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC12Q8WUD4 166 aaPredicted RBP34.08■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 HOXD10P28358 340 aa34.07■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 RPS6P62753 249 aaKnown RBP34.07■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 MAP2K5Q13163 448 aa34.07■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 BAATQ14032 418 aaPredicted RBP34.07■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 RGS22Q8NE09 1264 aa34.07■■■■□ 3.05
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC148Q8NFR7 591 aa34.07■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.7 ms