RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	UBAC1	Q9BSL1	405 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	TEX13B	Q9BXU2	312 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	HMX1	Q9NP08	348 aa	Predicted RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	TCP11L1	Q9NUJ3	509 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	BAZ2A	Q9UIF9	1905 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	NDUFB10	O96000	172 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	INHA	P05111	366 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	FGR	P09769	529 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CCL5	P13501	91 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	PTPRE	P23469	700 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	FAM47A	Q5JRC9	791 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	FAM83B	Q5T0W9	1011 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	HTATIP2	Q9BUP3	242 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	DDX52	Q9Y2R4	599 aa	Known RBP eCLIP	10.19	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	RPTOR	Q8N122	1335 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	IGKV6D-41	A0A0C4DH26	115 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CYP2B6	P20813	491 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	STAT3	P40763	770 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	TRAF1	Q13077	416 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CCDC96	Q2M329	555 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	TKFC	Q3LXA3	575 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	VPS53	Q5VIR6	699 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	RNF20	Q5VTR2	975 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	RIOX2	Q8IUF8	465 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	MPHOSPH6	Q99547	160 aa	Known RBP	10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	TXNRD2	Q9NNW7	524 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	VWA5A	O00534	786 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	PLA2G6	O60733	806 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	ERCC3	P19447	782 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	BMP2KL	Q5H9B9	411 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GPATCH4	Q5T3I0	446 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	ZNF589	Q86UQ0	364 aa	Predicted RBP	10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	DGKH	Q86XP1	1220 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	LRRC47	Q8N1G4	583 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	ANKLE1	Q8NAG6	615 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	KIFC2	Q96AC6	838 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	ATG4C	Q96DT6	458 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	MMP19	Q99542	508 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	MOV10L1	Q9BXT6	1211 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	KAT14	Q9H8E8	782 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GABRQ	Q9UN88	632 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	PCNT	O95613	3336 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	ATP2A1	O14983	1001 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	TFRC	P02786	760 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	HOXC6	P09630	235 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	ELN	P15502	786 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CHML	P26374	656 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GJA8	P48165	433 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	HAND2	P61296	217 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GRB14	Q14449	540 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	MORN1	Q5T089	497 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CLEC10A	Q8IUN9	316 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	SIAH1	Q8IUQ4	282 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	MSL3	Q8N5Y2	521 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CHST13	Q8NET6	341 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	DDX11	Q96FC9	970 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GNL3	Q9BVP2	549 aa	Known RBP eCLIP	10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	PORCN	Q9H237	461 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	NRBP1	Q9UHY1	535 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GJD2	Q9UKL4	321 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	DIS3	Q9Y2L1	958 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285		B4DLN1	442 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	TMEM232	C9JQI7	657 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	MYC	P01106	439 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	PDE4A	P27815	886 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CTGF	P29279	349 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	MRPL12	P52815	198 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285		Q3C1V9	767 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	OLFML2B	Q68BL8	750 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	SNRNP48	Q6IEG0	339 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	IL27	Q8NEV9	243 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	U2AF1L4	Q8WU68	220 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	XRN2	Q9H0D6	950 aa	Known RBP eCLIP	10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	BTBD7	Q9P203	1132 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	ADAMTS5	Q9UNA0	930 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CNMD	O75829	334 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	SGPL1	O95470	568 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	GSPT1	P15170	499 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	ADORA2A	P29274	412 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	NCOA7	Q8NI08	942 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	CNPY2	Q9Y2B0	182 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP3-208	ENST00000558285	PFAS	O15067	1338 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	SGSM2	O43147	1006 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	KDM4A	O75164	1064 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	MCC	P23508	829 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	TMEM132B	Q14DG7	1078 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	CPXCR1	Q8N123	301 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	ANKRD35	Q8N283	1001 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	DEFB118	Q96PH6	123 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	ZSCAN10	Q96SZ4	725 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	MAF1	Q9H063	256 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	ACAD9	Q9H845	621 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	SLC38A10	Q9HBR0	1119 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	NR2E3	Q9Y5X4	410 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	MGAM	O43451	1857 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	CDC45	O75419	566 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	FARP2	O94887	1054 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
USP3-208	ENST00000558285	SLC4A3	P48751	1232 aa		10.13	□□□□□ -0.79

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 44.6 ms