RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	SREBF2	Q12772	1141 aa		13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	DGKZ	Q13574	1117 aa		13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	SYDE2	Q5VT97	1194 aa		13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	KIFC2	Q96AC6	838 aa		13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	RRP36	Q96EU6	259 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	SLF1	Q9BQI6	1058 aa		13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	SPZ1	Q9BXG8	430 aa		13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	UBA5	Q9GZZ9	404 aa		13.79	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	RLF	Q13129	1914 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	PTPDC1	A2A3K4	754 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	SMARCA1	P28370	1054 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	SLC16A2	P36021	539 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	CUL4A	Q13619	759 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	KIAA1755	Q5JYT7	1200 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	OTUD7B	Q6GQQ9	843 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	TTBK2	Q6IQ55	1244 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	HOMER1	Q86YM7	354 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	WASF1	Q92558	559 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	INTS4	Q96HW7	963 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	RNF26	Q9BY78	433 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	VAT1L	Q9HCJ6	419 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	CNTNAP5	Q8WYK1	1306 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658		A0A0G2JMZ2	1700 aa		13.78	□□□□□ -0.2
DDB1-223	ENST00000543658	RASSF10	A6NK89	507 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PLA2G6	O60733	806 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	FDX1	P10109	184 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	INHBE	P58166	350 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	NOG	Q13253	232 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	TREML2	Q5T2D2	321 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	CATSPERG	Q6ZRH7	1159 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PRPF38A	Q8NAV1	312 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PIBF1	Q8WXW3	757 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PHKB	Q93100	1093 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	STK36	Q9NRP7	1315 aa		13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	FAM217B	Q9NTX9	383 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	ORC3	Q9UBD5	711 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	MYPN	Q86TC9	1320 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	ZBED4	O75132	1171 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	DEXI	O95424	95 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	XBP1	P17861	261 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	ST3GAL1	Q11201	340 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	TRAF1	Q13077	416 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	COG2	Q14746	738 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	BTNL9	Q6UXG8	535 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	ANKRD23	Q86SG2	305 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	ADGRF4	Q8IZF3	695 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	DDX11	Q96FC9	970 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	CAPNS2	Q96L46	248 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	CPVL	Q9H3G5	476 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	HOXC10	Q9NYD6	342 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PPP1R9A	Q9ULJ8	1098 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PRR12	Q9ULL5	1215 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	SLC45A1	Q9Y2W3	748 aa		13.76	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PDHX	O00330	501 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PRPF3	O43395	683 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	JAK2	O60674	1132 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PPFIA3	O75145	1194 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	GJB2	P29033	226 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	DSG3	P32926	999 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	TRIM29	Q14134	588 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	NTRK3	Q16288	839 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	CDC37	Q16543	378 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	SMCR8	Q8TEV9	937 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	BRI3BP	Q8WY22	251 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	MS4A4A	Q96JQ5	239 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PARK7	Q99497	189 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	RIOX1	Q9H6W3	641 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	FBXO28	Q9NVF7	368 aa		13.75	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	BTBD19	C9JJ37	291 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	hCG_1984214	I3L0E3	225 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	ZBTB5	O15062	677 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	CTDNEP1	O95476	244 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	SLC4A3	P48751	1232 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	C1QTNF8	P60827	252 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC174	Q6PII3	467 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	NBPF11	Q86T75	865 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF713	Q8N859	430 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	SMARCC2	Q8TAQ2	1214 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC12	Q8WUD4	166 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PIGS	Q96S52	555 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	JMJD4	Q9H9V9	463 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	CWC22	Q9HCG8	908 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	ZCCHC17	Q9NP64	241 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658	PNMA2	Q9UL42	364 aa		13.74	□□□□□ -0.21
DDB1-223	ENST00000543658		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13 ms