RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	HMGCS2	P54868	508 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	NUCB1	Q02818	461 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	MTMR2	Q13614	643 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PI4K2B	Q8TCG2	481 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	COA7	Q96BR5	231 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	LNPK	Q9C0E8	428 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	NAPB	Q9H115	298 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L12	C9JPN9	530 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L21	D6R901	530 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	GDF11	O95390	407 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	NT5C2	P49902	561 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	CCNA1	P78396	465 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	LACTB	P83111	547 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	SBK1	Q52WX2	424 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	C12orf60	Q5U649	245 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	ZNF444	Q8N0Y2	327 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	CD99L2	Q8TCZ2	262 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	LPAR1	Q92633	364 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	STRBP	Q96SI9	672 aa	Known RBP	10.33	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PRR29	P0C7W0	189 aa		10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	CAPN2	P17655	700 aa		10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	FAM110C	Q1W6H9	321 aa		10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	C17orf99	Q6UX52	265 aa		10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	OTOP1	Q7RTM1	612 aa		10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PUS7L	Q9H0K6	701 aa	Known RBP	10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	KANSL2	Q9H9L4	492 aa		10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	GOPC	Q9HD26	462 aa		10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		10.32	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	MINDY4B	A8MYZ0	360 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L15	C9J2P7	530 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L13	C9JLJ4	530 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L11	C9JVI0	530 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L18	D6R9N7	530 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L22	D6RA61	530 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L17	D6RBQ6	530 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L19	D6RCP7	530 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L20	D6RJB6	530 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	EIF5B	O60841	1220 aa	Known RBP	10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PLCD1	P51178	756 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	GABPA	Q06546	454 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	USP17L24	Q0WX57	530 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	ZMYM1	Q5SVZ6	1142 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	TSHZ3	Q63HK5	1081 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	C16orf86	Q6ZW13	317 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	RAET1E	Q8TD07	263 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	RILPL2	Q969X0	211 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	CPA4	Q9UI42	421 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PTPN22	Q9Y2R2	807 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	FOCAD	Q5VW36	1801 aa		10.31	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	TNPO2	O14787	897 aa	Known RBP	10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	SHMT1	P34896	483 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PSMC4	P43686	418 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	CDK8	P49336	464 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	UBXN2A	P68543	259 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	ICA1	Q05084	483 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	RUFY2	Q8WXA3	655 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	TRIM47	Q96LD4	638 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	C12orf42	Q96LP6	360 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	DNAJC18	Q9H819	358 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	HOXC10	Q9NYD6	342 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	SYNPO2	Q9UMS6	1093 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	CASP8AP2	Q9UKL3	1982 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	NAV1	Q8NEY1	1877 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	CYP2C8	P10632	490 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	LCE2D	Q5TA82	110 aa	Predicted RBP	10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	CTR9	Q6PD62	1173 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	MB21D1	Q8N884	522 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	GPRC5A	Q8NFJ5	357 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	OSBP2	Q969R2	916 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	MYH1	P12882	1939 aa		10.3	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	MYPN	Q86TC9	1320 aa		10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PRKAB2	O43741	272 aa		10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	BCR	P11274	1271 aa		10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	MAPK4	P31152	587 aa		10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	TRMT44	Q8IYL2	757 aa	Known RBP	10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PLCD3	Q8N3E9	789 aa		10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	SLAIN1	Q8ND83	568 aa		10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	RNF41	Q9H4P4	317 aa	Predicted RBP	10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	SRRD	Q9UH36	339 aa		10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	FARP1	Q9Y4F1	1045 aa	Predicted RBP	10.29	□□□□□ -0.76
USP3-208	ENST00000558285	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	10.29	□□□□□ -0.76

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