RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476930.1

PTPRN-213, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, human

TSL 3

Gene PTPRN, Length 582 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRN-213	ENST00000476930	HERVK_113	P62684	666 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	ZSCAN25	Q6NSZ9	544 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	KBTBD3	Q8NAB2	608 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	FEZ1	Q99689	392 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	MORF4L1	Q9UBU8	362 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	SLC4A4	Q9Y6R1	1079 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	COL11A1	P12107	1806 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L12	C9JPN9	530 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L21	D6R901	530 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	MPHOSPH10	O00566	681 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930		Q3C1V9	767 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	C12orf60	Q5U649	245 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	SLAIN1	Q8ND83	568 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	COA7	Q96BR5	231 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	GPATCH3	Q96I76	525 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	C12orf42	Q96LP6	360 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	RBPJL	Q9UBG7	517 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	BIN2	Q9UBW5	565 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	GREB1L	Q9C091	1923 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930		A0A1W2PRG0	241 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	RNF113A	O15541	343 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	CCL5	P13501	91 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	AKR1B1	P15121	316 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	IRF5	Q13568	498 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	CTR9	Q6PD62	1173 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	CLEC10A	Q8IUN9	316 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	PI4K2B	Q8TCG2	481 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	OSBP2	Q969R2	916 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	STRBP	Q96SI9	672 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	SWAP70	Q9UH65	585 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	GJD2	Q9UKL4	321 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	TTC41P	Q6P2S7	1318 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L15	C9J2P7	530 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L13	C9JLJ4	530 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L11	C9JVI0	530 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L18	D6R9N7	530 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L22	D6RA61	530 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L17	D6RBQ6	530 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L19	D6RCP7	530 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L20	D6RJB6	530 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	INHA	P05111	366 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	VCAM1	P19320	739 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	CDK8	P49336	464 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP14	P54578	494 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	USP17L24	Q0WX57	530 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	CATSPERG	Q6ZRH7	1159 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	SIAH1	Q8IUQ4	282 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	GPRC5A	Q8NFJ5	357 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	SHISA4	Q96DD7	197 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	RNF208	Q9H0X6	261 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	UNC93B1	Q9H1C4	597 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	DNAH12	Q6ZR08	3092 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	SALL3	Q9BXA9	1300 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	GSG1L2	A8MUP6	293 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930		M0R2C6	588 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	CNMD	O75829	334 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	ERVK-9	P63128	1117 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	ERVK-24	P63145	666 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	UBXN2A	P68543	259 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	KIAA1755	Q5JYT7	1200 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	ANKRD45	Q5TZF3	282 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	PRPF38B	Q5VTL8	546 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	TMEM179	Q6ZVK1	233 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	C16orf86	Q6ZW13	317 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	PXYLP1	Q8TE99	480 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	APPBP2	Q92624	585 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	PORCN	Q9H237	461 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	RPAP3	Q9H6T3	665 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	RANBP2	P49792	3224 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	ALPK3	Q96L96	1907 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930		A0A0G2JMZ2	1700 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	ERC2	O15083	957 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	GPAA1	O43292	621 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	GLRX3	O76003	335 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	GJB1	P08034	283 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	MX1	P20591	662 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	SEC62	Q99442	399 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRN-213	ENST00000476930	ZFY	P08048	801 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	CYP2B6	P20813	491 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	GJA8	P48165	433 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	TRIM32	Q13049	653 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	EPB41L4A	Q9HCS5	686 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	BTBD7	Q9P203	1132 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	ARPP21	Q9UBL0	812 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	RABGAP1	Q9Y3P9	1069 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	FRMPD3	Q5JV73	1810 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	SPDYE16	A6NNV3	312 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	MINDY4B	A8MYZ0	360 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	ICA1	Q05084	483 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	SBK1	Q52WX2	424 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	GPR142	Q7Z601	462 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	U2AF1L4	Q8WU68	220 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
PTPRN-213	ENST00000476930	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27

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