RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000544547.5

LIMS1-215, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 4,461 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-215ENST00000544547 PTPRMP28827 1452 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 SASH1O94885 1247 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 METTL22Q9BUU2 404 aaPredicted RBP15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 KAT6BQ8WYB5 2073 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 GSPT2Q8IYD1 628 aaKnown RBP15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 KBTBD3Q8NAB2 608 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 SIRT1Q96EB6 747 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 SELENOSQ9BQE4 189 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 BLZF1Q9H2G9 400 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 KIF4AO95239 1232 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 GCKP35557 465 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 ZNF174Q15697 407 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 MUM1L1Q5H9M0 696 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 FBXW10Q5XX13 1052 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 SMYD4Q8IYR2 804 aaPredicted RBP15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 ARFGAP2Q8N6H7 521 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 VEZTQ9HBM0 779 aa15.98■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 HECW2Q9P2P5 1572 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 ARAP3Q8WWN8 1544 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 NEURL1BA8MQ27 555 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 MFSD6Q6ZSS7 791 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 ZNF652Q9Y2D9 606 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 NEFHP12036 1026 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 IL15P40933 162 aaPredicted RBP15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 DBNLQ9UJU6 430 aaKnown RBP15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 ODF2LQ9ULJ1 636 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 NRXN1Q9ULB1 1477 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 BUB1BO60566 1050 aaPredicted RBP15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 STAT6P42226 847 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 WTAPQ15007 396 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 CAVIN4Q5BKX8 364 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 MICAL1Q8TDZ2 1067 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 RIN2Q8WYP3 895 aaPredicted RBP15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 AIFM3Q96NN9 605 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 L2HGDHQ9H9P8 463 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 SLC24A3Q9HC58 644 aa15.97■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 ECM2O94769 699 aaPredicted RBP15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 ADAMTS2O95450 1211 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 VSNL1P62760 191 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 TBC1D8BQ0IIM8 1120 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 MAP3K12Q12852 859 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 FMR1NBQ8N0W7 255 aaPredicted RBP15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 TBC1D31Q96DN5 1066 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 MKNK2Q9HBH9 465 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 UBLCP1Q8WVY7 318 aaPredicted RBP15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 N4BP2L2Q92802 583 aaPredicted RBP15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 SECISBP2LQ93073 1101 aaKnown RBP15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 TAF6LQ9Y6J9 622 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 MYOM1P52179 1685 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 ALKQ9UM73 1620 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 PSMA7O14818 248 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 TACO1Q9BSH4 297 aaKnown RBP15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 POLD4Q9HCU8 107 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 MRFAP1Q9Y605 127 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 PARP3Q9Y6F1 533 aa15.96■□□□□ 0.15
LIMS1-215ENST00000544547 HELBQ8NG08 1087 aaPredicted RBP15.96■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 hCG_1642624A0A1W2PR95 340 aa15.95■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 CMTR1Q8N1G2 835 aaKnown RBP15.95■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 ADCY9O60503 1353 aa15.95■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 SMARCC2Q8TAQ2 1214 aa15.95■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 ZNF274Q96GC6 653 aaPredicted RBP15.95■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 CARMIL3Q8ND23 1372 aa15.95■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 CXorf56Q9H5V9 222 aa15.95■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 HELLSQ9NRZ9 838 aa15.95■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 ATP5JP18859 108 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 GUCY2CP25092 1073 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 ZNF76P36508 570 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 IQSEC3Q9UPP2 1182 aaPredicted RBP15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 EPN1Q9Y6I3 576 aaPredicted RBP15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 SRGAP2O75044 1071 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 SLC39A14Q15043 492 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 A1BGP04217 495 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 MCM7P33993 719 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 PDCLQ13371 301 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 PAF1Q8N7H5 531 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 C19orf44Q9H6X5 657 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 ANGEL1Q9UNK9 670 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 BTBD18B2RXH4 712 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 HSPD1P10809 573 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 ACTN3Q08043 901 aaPredicted RBP15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 KLHL7Q8IXQ5 586 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 ANKRD13CQ8N6S4 541 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 ANKS4BQ8N8V4 417 aa15.94■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 CCDC194A0A1B0GVG4 234 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 SLC4A8Q2Y0W8 1093 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 IQCA1Q86XH1 822 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 FAM89AQ96GI7 184 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 CHGBP05060 677 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 PDE6BP35913 854 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 GGCXP38435 758 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 RILPL1Q5EBL4 403 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 DDX17Q92841 729 aaKnown RBP15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 POLR3EQ9NVU0 708 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 RMND1Q9NWS8 449 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 RIPOR2Q9Y4F9 1068 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 H3BQF6 201 aa15.93■□□□□ 0.14
LIMS1-215ENST00000544547 SASH3O75995 380 aa15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 21.4 ms