RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509206.1

RNF4-211, Transcript of ring finger protein 4, human

TSL 3

Gene RNF4, Length 490 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RNF4-211	ENST00000509206	CXXC1	Q9P0U4	656 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	MSRA	Q9UJ68	235 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	SLC45A1	Q9Y2W3	748 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	MUC6	Q6W4X9	2439 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	ALPK3	Q96L96	1907 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	PSME4	Q14997	1843 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	EYS	Q5T1H1	3165 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206		A0A0G2JLL6	359 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	TRIM75P	A6NK02	468 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	KBTBD13	C9JR72	458 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	MSC	O60682	206 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	RAG1	P15918	1043 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	CCND3	P30281	292 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	RGS2	P41220	211 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	CACNB2	Q08289	660 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	TCP10	Q12799	353 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	MOGS	Q13724	837 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	MFSD14C	Q5VZR4	134 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	CCDC174	Q6PII3	467 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	HOMEZ	Q8IX15	550 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	ARRDC4	Q8NCT1	418 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	SOCS4	Q8WXH5	440 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	TRIB2	Q92519	343 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	FAM217B	Q9NTX9	383 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	GJD2	Q9UKL4	321 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	ADGRG1	Q9Y653	693 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	TACC3	Q9Y6A5	838 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	MUC3A	Q02505	3323 aa		4.9	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	COL4A1	P02462	1669 aa		4.9	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	DDX60L	Q5H9U9	1706 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
RNF4-211	ENST00000509206	PRR33	A8MZF0	331 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	SNAP23	O00161	211 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	DNM1L	O00429	736 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	XRCC5	P13010	732 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	KCNQ1	P51787	676 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PRSS12	P56730	875 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	NHLH1	Q02575	133 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TFF2	Q03403	129 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	FPGS	Q05932	587 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	FLII	Q13045	1269 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	NOL9	Q5SY16	702 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	GJC2	Q5T442	439 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	MAP3K21	Q5TCX8	1036 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	SLC39A5	Q6ZMH5	540 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	C15orf52	Q6ZUT6	534 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	SPNS2	Q8IVW8	549 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	SCYL3	Q8IZE3	742 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TTC13	Q8NBP0	860 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TBC1D22A	Q8WUA7	517 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	FAM151A	Q8WW52	585 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	NLRP7	Q8WX94	980 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	HERVK_113	Q902F9	699 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	LPAR1	Q92633	364 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	METTL22	Q9BUU2	404 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	SLC28A3	Q9HAS3	691 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ZNF112	Q9UJU3	913 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	AGTPBP1	Q9UPW5	1226 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	LAMA2	P24043	3122 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	LAMB1	P07942	1786 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	BDP1	A6H8Y1	2624 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	GLRX3	O76003	335 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	HOXB7	P09629	217 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ALAD	P13716	330 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PTPRA	P18433	802 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	MAPK4	P31152	587 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	IRX3	P78415	501 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ATP2B2	Q01814	1243 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	RAB30	Q15771	203 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	KRT24	Q2M2I5	525 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TRIM60	Q495X7	471 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	WDR78	Q5VTH9	848 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	DMRTA1	Q5VZB9	504 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	DUSP27	Q5VZP5	1158 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	GPRC5A	Q8NFJ5	357 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TDRD7	Q8NHU6	1098 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	EDC3	Q96F86	508 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	KCNH6	Q9H252	994 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TMEM39A	Q9NV64	488 aa		4.89	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 61.3 ms