RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478473.1

C9orf3-215, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 3

Gene C9orf3, Length 895 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-215ENST00000478473 GPATCH3Q96I76 525 aa28.31■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 BCL11AQ9H165 835 aa28.31■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 ATP8A2Q9NTI2 1148 aa28.31■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 C19orf81C9J6K1 198 aa28.3■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 SOX10P56693 466 aa28.3■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 TRIM47Q96LD4 638 aa28.3■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 PNMA3Q9UL41 463 aa28.3■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 TTC41PQ6P2S7 1318 aa28.29■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 HMGCS2P54868 508 aa28.29■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 HDAC1Q13547 482 aaPredicted RBP28.29■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 SHROOM1Q2M3G4 852 aaPredicted RBP28.29■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 KBTBD3Q8NAB2 608 aa28.29■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 PTCH2Q9Y6C5 1203 aa28.29■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 MYH7P12883 1935 aa28.29■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 NAV1Q8NEY1 1877 aa28.29■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 ZSWIM8A7E2V4 1837 aa28.28■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 GDF11O95390 407 aa28.28■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 HOXA7P31268 230 aaPredicted RBP28.28■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 SHMT1P34896 483 aa28.28■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 PSMC4P43686 418 aa28.28■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 PABPC4Q13310 644 aaKnown RBP eCLIP28.28■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 SLFNL1Q499Z3 407 aa28.28■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 SDR42E1Q8WUS8 393 aa28.28■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 ARMT1Q9H993 441 aa28.28■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 SRRDQ9UH36 339 aa28.28■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 USP17L10C9JJH3 530 aa28.27■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 MBD4O95243 580 aa28.27■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 SLC4A8Q2Y0W8 1093 aa28.27■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 MCM9Q9NXL9 1143 aa28.27■■■□□ 2.12
C9orf3-215ENST00000478473 GH2P01242 217 aa28.26■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 CHGBP05060 677 aa28.26■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 POLR3DP05423 398 aaPredicted RBP28.26■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 HOXD10P28358 340 aa28.26■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 GCLCP48506 637 aaPredicted RBP28.26■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 MTMR2Q13614 643 aa28.26■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 ZNF333Q96JL9 665 aa28.26■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 SALL3Q9BXA9 1300 aa28.25■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 FAM110CQ1W6H9 321 aa28.25■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 CERKLQ49MI3 558 aaPredicted RBP28.25■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 PI4K2BQ8TCG2 481 aa28.25■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 SMCR8Q8TEV9 937 aaPredicted RBP28.25■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 C12orf42Q96LP6 360 aa28.25■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 OSBPP22059 807 aa28.24■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 GCC1Q96CN9 775 aa28.24■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 PUS7LQ9H0K6 701 aaKnown RBP28.24■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 ASCC2Q9H1I8 757 aaPredicted RBP28.24■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 RBBP6Q7Z6E9 1792 aaKnown RBP28.24■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 PRKAB2O43741 272 aa28.23■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 FCGRTP55899 365 aa28.23■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 ABCB5Q2M3G0 1257 aa28.23■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 NBPF11Q86T75 865 aa28.23■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 TMOD4Q9NZQ9 345 aa28.23■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 SWAP70Q9UH65 585 aa28.23■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 ERC2O15083 957 aa28.22■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 GLRX3O76003 335 aaKnown RBP28.22■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 ZFYP08048 801 aaPredicted RBP28.22■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 EVX2Q03828 476 aa28.22■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 SLC9C1Q4G0N8 1177 aa28.22■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 C12orf60Q5U649 245 aa28.22■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 EMILIN3Q9NT22 766 aa28.22■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 TNRC18O15417 2968 aaPredicted RBP28.21■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 FMNL1O95466 1100 aaPredicted RBP28.21■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 GUCY1A2P33402 732 aa28.21■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 TSHZ3Q63HK5 1081 aa28.21■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 USP17L2Q6R6M4 530 aa28.21■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 APPBP2Q92624 585 aa28.21■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 KIAA1683Q9H0B3 1180 aa28.21■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 MORF4L1Q9UBU8 362 aa28.21■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 MGAMO43451 1857 aa28.21■■■□□ 2.11
C9orf3-215ENST00000478473 OTUD7AQ8TE49 926 aaPredicted RBP28.2■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 STRBPQ96SI9 672 aaKnown RBP28.2■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 CABP5Q9NP86 173 aa28.2■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 KIAA0100Q14667 2235 aaKnown RBP28.19■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 RNF113AO15541 343 aaKnown RBP28.19■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 GIMAP6Q6P9H5 292 aa28.19■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 ANKRD13CQ8N6S4 541 aa28.19■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 MYPNQ86TC9 1320 aa28.18■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 BRCA2P51587 3418 aa28.18■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 CYP2D6P10635 497 aa28.18■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 MX1P20591 662 aa28.18■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 USP14P54578 494 aa28.18■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 OSBP2Q969R2 916 aa28.18■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 STAP2Q9UGK3 403 aa28.18■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 SLC4A4Q9Y6R1 1079 aa28.18■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 USP17L12C9JPN9 530 aa28.17■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 USP17L21D6R901 530 aa28.17■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 LRRFIP1Q32MZ4 808 aaKnown RBP28.17■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 POTEFA5A3E0 1075 aa28.16■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 PRKCZQ05513 592 aa28.16■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 IRF5Q13568 498 aa28.16■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 RAB3GAP1Q15042 981 aa28.16■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 SBK1Q52WX2 424 aa28.16■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 C16orf86Q6ZW13 317 aa28.16■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 DDRGK1Q96HY6 314 aa28.16■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 CCDC17Q96LX7 622 aa28.16■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 P2RX7Q99572 595 aaKnown RBP28.16■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 BAZ2AQ9UIF9 1905 aaKnown RBP28.16■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 GSG1L2A8MUP6 293 aa28.15■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 HERVK_113P62684 666 aa28.15■■■□□ 2.1
C9orf3-215ENST00000478473 IRX3P78415 501 aaPredicted RBP28.15■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.1 ms