RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	LCE3B	Q5TA77	95 aa		5.3	□□□□□ -1.56
PNKP-223	ENST00000629179	MT1E	P04732	61 aa		5.28	□□□□□ -1.56
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		5.23	□□□□□ -1.57
PNKP-223	ENST00000629179	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		5.23	□□□□□ -1.57
PNKP-223	ENST00000629179	C10orf95	Q9H7T3	257 aa		5.23	□□□□□ -1.57
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		5.22	□□□□□ -1.57
PNKP-223	ENST00000629179	TNP1	P09430	55 aa		5.17	□□□□□ -1.58
PNKP-223	ENST00000629179	ROMO1	P60602	79 aa		5.15	□□□□□ -1.59
PNKP-223	ENST00000629179	LCE3A	Q5TA76	89 aa		5.14	□□□□□ -1.59
PNKP-223	ENST00000629179	MT1G	P13640	62 aa		5.11	□□□□□ -1.59
PNKP-223	ENST00000629179	PRAC1	Q96KF2	57 aa		5.08	□□□□□ -1.6
PNKP-223	ENST00000629179	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
PNKP-223	ENST00000629179	MT1L	Q93083	61 aa		5.06	□□□□□ -1.6
PNKP-223	ENST00000629179	PP632	Q6XCG6	107 aa		5.04	□□□□□ -1.6
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP25-1	Q3LHN0	102 aa		5.03	□□□□□ -1.6
PNKP-223	ENST00000629179	MT1M	Q8N339	61 aa		5.03	□□□□□ -1.6
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP12-3	P60328	96 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PNKP-223	ENST00000629179	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PNKP-223	ENST00000629179	LCE1D	Q5T752	114 aa		4.81	□□□□□ -1.64
PNKP-223	ENST00000629179	LCE4A	Q5TA78	99 aa		4.81	□□□□□ -1.64
PNKP-223	ENST00000629179	MT4	P47944	62 aa		4.78	□□□□□ -1.64
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		4.74	□□□□□ -1.65
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		4.73	□□□□□ -1.65
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		4.66	□□□□□ -1.66
PNKP-223	ENST00000629179	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PNKP-223	ENST00000629179	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
PNKP-223	ENST00000629179	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		4.48	□□□□□ -1.69
PNKP-223	ENST00000629179	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		4.46	□□□□□ -1.7
PNKP-223	ENST00000629179	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		4.45	□□□□□ -1.7
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP12-4	P60329	112 aa		4.45	□□□□□ -1.7
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		4.43	□□□□□ -1.7
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		4.35	□□□□□ -1.71
PNKP-223	ENST00000629179	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	4.35	□□□□□ -1.71
PNKP-223	ENST00000629179	LUZP6	Q538Z0	58 aa		4.33	□□□□□ -1.72
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		4.31	□□□□□ -1.72
PNKP-223	ENST00000629179	MT1A	P04731	61 aa		4.31	□□□□□ -1.72
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		4.29	□□□□□ -1.72
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		4.24	□□□□□ -1.73
PNKP-223	ENST00000629179	NDUFAF8	A1L188	74 aa		4.23	□□□□□ -1.73
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		4.16	□□□□□ -1.74
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		4.16	□□□□□ -1.74
PNKP-223	ENST00000629179		H3BS24	57 aa		4.11	□□□□□ -1.75
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		4.08	□□□□□ -1.76
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		4.07	□□□□□ -1.76
PNKP-223	ENST00000629179		A0A0A0MQY5	61 aa		3.95	□□□□□ -1.78
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP5-8	O75690	187 aa		3.94	□□□□□ -1.78
PNKP-223	ENST00000629179	MT3	P25713	68 aa		3.93	□□□□□ -1.78
PNKP-223	ENST00000629179	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		3.85	□□□□□ -1.79
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		3.73	□□□□□ -1.81
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		3.71	□□□□□ -1.82
PNKP-223	ENST00000629179	INE1	O15225	51 aa		3.67	□□□□□ -1.82
PNKP-223	ENST00000629179	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	3.67	□□□□□ -1.82
PNKP-223	ENST00000629179	MUC5AC	P98088	5654 aa		3.65	□□□□□ -1.83
PNKP-223	ENST00000629179	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	3.63	□□□□□ -1.83
PNKP-223	ENST00000629179	LCE1E	Q5T753	118 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PNKP-223	ENST00000629179	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		3.4	□□□□□ -1.87
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		3.4	□□□□□ -1.87
PNKP-223	ENST00000629179	LCE1C	Q5T751	118 aa		3.32	□□□□□ -1.88
PNKP-223	ENST00000629179	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		3.29	□□□□□ -1.88
PNKP-223	ENST00000629179	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		3.11	□□□□□ -1.91
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		3.09	□□□□□ -1.91
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	3.03	□□□□□ -1.92
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		3	□□□□□ -1.93
PNKP-223	ENST00000629179	LCE1F	Q5T754	118 aa		2.89	□□□□□ -1.95
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		2.82	□□□□□ -1.96
PNKP-223	ENST00000629179	PRM1	P04553	51 aa		2.63	□□□□□ -1.99
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		2.61	□□□□□ -1.99
PNKP-223	ENST00000629179	PHGR1	C9JFL3	82 aa		2.6	□□□□□ -1.99
PNKP-223	ENST00000629179	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		2.37	□□□□□ -2.03
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		1.94	□□□□□ -2.1
PNKP-223	ENST00000629179	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		1.71	□□□□□ -2.13

Retrieved 78 of 20,778 RNA–protein pairs in 70 ms