RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540590.1

LMO3-223, Transcript of LIM domain only 3, human

TSL 4

Gene LMO3, Length 565 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP10-12	P60413	245 aa		4.96	□□□□□ -1.62
LMO3-223	ENST00000540590	PMAIP1	Q13794	54 aa		4.95	□□□□□ -1.62
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMO3-223	ENST00000540590	LCE1E	Q5T753	118 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LMO3-223	ENST00000540590	PP632	Q6XCG6	107 aa		4.83	□□□□□ -1.64
LMO3-223	ENST00000540590	LCE3A	Q5TA76	89 aa		4.8	□□□□□ -1.64
LMO3-223	ENST00000540590	MACF1	Q9UPN3	7388 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP8-1	Q8IUC2	63 aa		4.77	□□□□□ -1.65
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP6-3	Q3LI67	103 aa		4.71	□□□□□ -1.66
LMO3-223	ENST00000540590	KTN1-AS1	Q86SY8	53 aa		4.71	□□□□□ -1.66
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP5-9	P26371	169 aa		4.7	□□□□□ -1.66
LMO3-223	ENST00000540590	KMT2D	O14686	5537 aa		4.69	□□□□□ -1.66
LMO3-223	ENST00000540590	PRAC1	Q96KF2	57 aa		4.67	□□□□□ -1.66
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		4.66	□□□□□ -1.66
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP19-7	Q3SYF9	63 aa		4.66	□□□□□ -1.66
LMO3-223	ENST00000540590	SYNE2	Q8WXH0	6885 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
LMO3-223	ENST00000540590	SPRR2F	Q96RM1	72 aa		4.63	□□□□□ -1.67
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP12-3	P60328	96 aa		4.61	□□□□□ -1.67
LMO3-223	ENST00000540590	MT1E	P04732	61 aa		4.58	□□□□□ -1.68
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		4.55	□□□□□ -1.68
LMO3-223	ENST00000540590	MT1L	Q93083	61 aa		4.47	□□□□□ -1.69
LMO3-223	ENST00000540590	SPRR2E	P22531	72 aa		4.45	□□□□□ -1.7
LMO3-223	ENST00000540590	SPRR2B	P35325	72 aa		4.45	□□□□□ -1.7
LMO3-223	ENST00000540590	SPRR2A	P35326	72 aa		4.45	□□□□□ -1.7
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		4.45	□□□□□ -1.7
LMO3-223	ENST00000540590	MT1G	P13640	62 aa		4.44	□□□□□ -1.7
LMO3-223	ENST00000540590	SVIP	Q8NHG7	77 aa		4.42	□□□□□ -1.7
LMO3-223	ENST00000540590	MUC12	Q9UKN1	5478 aa		4.42	□□□□□ -1.7
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		4.41	□□□□□ -1.7
LMO3-223	ENST00000540590	MDN1	Q9NU22	5596 aa		4.39	□□□□□ -1.71
LMO3-223	ENST00000540590	MT3	P25713	68 aa		4.37	□□□□□ -1.71
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		4.37	□□□□□ -1.71
LMO3-223	ENST00000540590	MT1M	Q8N339	61 aa		4.34	□□□□□ -1.71
LMO3-223	ENST00000540590	NEB	P20929	6669 aa		4.32	□□□□□ -1.72
LMO3-223	ENST00000540590	SPRR2D	P22532	72 aa		4.29	□□□□□ -1.72
LMO3-223	ENST00000540590	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		4.28	□□□□□ -1.72
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		4.24	□□□□□ -1.73
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP20-1	Q3LI63	56 aa		4.2	□□□□□ -1.74
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP2-3	P0C7H8	128 aa		4.16	□□□□□ -1.74
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP2-4	Q9BYR9	128 aa		4.16	□□□□□ -1.74
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		4.15	□□□□□ -1.75
LMO3-223	ENST00000540590	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		4.11	□□□□□ -1.75
LMO3-223	ENST00000540590	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		4.05	□□□□□ -1.76
LMO3-223	ENST00000540590	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		4.04	□□□□□ -1.76
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	3.93	□□□□□ -1.78
LMO3-223	ENST00000540590	LUZP6	Q538Z0	58 aa		3.92	□□□□□ -1.78
LMO3-223	ENST00000540590		A0A0A0MQY5	61 aa		3.81	□□□□□ -1.8
LMO3-223	ENST00000540590	MT1A	P04731	61 aa		3.81	□□□□□ -1.8
LMO3-223	ENST00000540590	LCE1F	Q5T754	118 aa		3.77	□□□□□ -1.81
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		3.76	□□□□□ -1.81
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP12-4	P60329	112 aa		3.75	□□□□□ -1.81
LMO3-223	ENST00000540590	MT4	P47944	62 aa		3.72	□□□□□ -1.81
LMO3-223	ENST00000540590	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	3.71	□□□□□ -1.82
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		3.68	□□□□□ -1.82
LMO3-223	ENST00000540590	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		3.68	□□□□□ -1.82
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		3.6	□□□□□ -1.83
LMO3-223	ENST00000540590	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		3.6	□□□□□ -1.83
LMO3-223	ENST00000540590	NDUFAF8	A1L188	74 aa		3.59	□□□□□ -1.83
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		3.49	□□□□□ -1.85
LMO3-223	ENST00000540590	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		3.37	□□□□□ -1.87
LMO3-223	ENST00000540590	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		3.29	□□□□□ -1.88
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		3.29	□□□□□ -1.88
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		3.21	□□□□□ -1.9
LMO3-223	ENST00000540590	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		3.2	□□□□□ -1.9
LMO3-223	ENST00000540590	LCE1C	Q5T751	118 aa		3.13	□□□□□ -1.91
LMO3-223	ENST00000540590	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		3.13	□□□□□ -1.91
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP5-8	O75690	187 aa		3.11	□□□□□ -1.91
LMO3-223	ENST00000540590	INE1	O15225	51 aa		3.07	□□□□□ -1.92
LMO3-223	ENST00000540590	MUC5AC	P98088	5654 aa		2.89	□□□□□ -1.95
LMO3-223	ENST00000540590	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	2.87	□□□□□ -1.95
LMO3-223	ENST00000540590	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	2.8	□□□□□ -1.96
LMO3-223	ENST00000540590	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		2.69	□□□□□ -1.98
LMO3-223	ENST00000540590	PRM1	P04553	51 aa		2.59	□□□□□ -1.99
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		2.47	□□□□□ -2.01
LMO3-223	ENST00000540590	PHGR1	C9JFL3	82 aa		2.19	□□□□□ -2.06
LMO3-223	ENST00000540590	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		1.55	□□□□□ -2.16
LMO3-223	ENST00000540590	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		1.38	□□□□□ -2.19

Retrieved 78 of 20,778 RNA–protein pairs in 67.4 ms