RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	SPRR2B	P35325	72 aa		3.76	□□□□□ -1.81
USP4-213	ENST00000488520	SPRR2A	P35326	72 aa		3.76	□□□□□ -1.81
USP4-213	ENST00000488520	RPS28	P62857	69 aa	Known RBP	3.76	□□□□□ -1.81
USP4-213	ENST00000488520	SPRR2F	Q96RM1	72 aa		3.75	□□□□□ -1.81
USP4-213	ENST00000488520		A0A0D9SG42	100 aa		3.72	□□□□□ -1.81
USP4-213	ENST00000488520	SPATA8	Q6RVD6	105 aa		3.72	□□□□□ -1.81
USP4-213	ENST00000488520	UQCR11	O14957	56 aa		3.71	□□□□□ -1.82
USP4-213	ENST00000488520		Q1T7F1	81 aa		3.71	□□□□□ -1.82
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		3.7	□□□□□ -1.82
USP4-213	ENST00000488520	PRO2289	Q9P1D8	64 aa		3.7	□□□□□ -1.82
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP13-4	Q3LI77	160 aa		3.69	□□□□□ -1.82
USP4-213	ENST00000488520	PSPHP1	O15172	72 aa		3.68	□□□□□ -1.82
USP4-213	ENST00000488520	SPINT4	Q6UDR6	99 aa		3.68	□□□□□ -1.82
USP4-213	ENST00000488520	CAMK2N1	Q7Z7J9	78 aa		3.67	□□□□□ -1.82
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP8-1	Q8IUC2	63 aa		3.64	□□□□□ -1.83
USP4-213	ENST00000488520	SPRR2D	P22532	72 aa		3.63	□□□□□ -1.83
USP4-213	ENST00000488520	MIR22HG	Q0VDD5	57 aa		3.63	□□□□□ -1.83
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		3.63	□□□□□ -1.83
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		3.62	□□□□□ -1.83
USP4-213	ENST00000488520		A6NED7	52 aa		3.61	□□□□□ -1.83
USP4-213	ENST00000488520		A8MU10	97 aa		3.61	□□□□□ -1.83
USP4-213	ENST00000488520		K7ERS5	55 aa		3.61	□□□□□ -1.83
USP4-213	ENST00000488520	MT1X	P80297	61 aa		3.58	□□□□□ -1.84
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP12-1	P59990	96 aa		3.57	□□□□□ -1.84
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP12-2	P59991	146 aa		3.55	□□□□□ -1.84
USP4-213	ENST00000488520	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		3.53	□□□□□ -1.84
USP4-213	ENST00000488520	CDC42SE1	Q9NRR8	79 aa		3.46	□□□□□ -1.86
USP4-213	ENST00000488520	TNP1	P09430	55 aa		3.43	□□□□□ -1.86
USP4-213	ENST00000488520	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		3.43	□□□□□ -1.86
USP4-213	ENST00000488520	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	3.4	□□□□□ -1.86
USP4-213	ENST00000488520	C10orf95	Q9H7T3	257 aa		3.39	□□□□□ -1.87
USP4-213	ENST00000488520	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		3.38	□□□□□ -1.87
USP4-213	ENST00000488520	BRK1	Q8WUW1	75 aa		3.37	□□□□□ -1.87
USP4-213	ENST00000488520	LCE3A	Q5TA76	89 aa		3.35	□□□□□ -1.87
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP25-1	Q3LHN0	102 aa		3.34	□□□□□ -1.87
USP4-213	ENST00000488520	ROMO1	P60602	79 aa		3.33	□□□□□ -1.88
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		3.26	□□□□□ -1.89
USP4-213	ENST00000488520	MT4	P47944	62 aa		3.23	□□□□□ -1.89
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		3.22	□□□□□ -1.89
USP4-213	ENST00000488520	PMAIP1	Q13794	54 aa		3.21	□□□□□ -1.9
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		3.2	□□□□□ -1.9
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP19-7	Q3SYF9	63 aa		3.2	□□□□□ -1.9
USP4-213	ENST00000488520	MT1E	P04732	61 aa		3.19	□□□□□ -1.9
USP4-213	ENST00000488520	PP632	Q6XCG6	107 aa		3.18	□□□□□ -1.9
USP4-213	ENST00000488520	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		3.16	□□□□□ -1.9
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP12-3	P60328	96 aa		3.15	□□□□□ -1.91
USP4-213	ENST00000488520	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		3.14	□□□□□ -1.91
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		3.14	□□□□□ -1.91
USP4-213	ENST00000488520	PRO0628	Q9UI54	55 aa		3.14	□□□□□ -1.91
USP4-213	ENST00000488520	MT1G	P13640	62 aa		3.11	□□□□□ -1.91
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	3.08	□□□□□ -1.92
USP4-213	ENST00000488520	MT1M	Q8N339	61 aa		3.07	□□□□□ -1.92
USP4-213	ENST00000488520	MT1L	Q93083	61 aa		3.05	□□□□□ -1.92
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		3.04	□□□□□ -1.92
USP4-213	ENST00000488520	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		2.99	□□□□□ -1.93
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		2.96	□□□□□ -1.94
USP4-213	ENST00000488520	KTN1-AS1	Q86SY8	53 aa		2.94	□□□□□ -1.94
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		2.92	□□□□□ -1.94
USP4-213	ENST00000488520	LCE1C	Q5T751	118 aa		2.91	□□□□□ -1.94
USP4-213	ENST00000488520	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		2.91	□□□□□ -1.94
USP4-213	ENST00000488520	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		2.84	□□□□□ -1.95
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP12-4	P60329	112 aa		2.81	□□□□□ -1.96
USP4-213	ENST00000488520	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	2.81	□□□□□ -1.96
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP5-8	O75690	187 aa		2.65	□□□□□ -1.99
USP4-213	ENST00000488520	MUC5AC	P98088	5654 aa		2.62	□□□□□ -1.99
USP4-213	ENST00000488520	MT1A	P04731	61 aa		2.61	□□□□□ -1.99
USP4-213	ENST00000488520	LUZP6	Q538Z0	58 aa		2.59	□□□□□ -1.99
USP4-213	ENST00000488520	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	2.58	□□□□□ -2
USP4-213	ENST00000488520	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	2.58	□□□□□ -2
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		2.58	□□□□□ -2
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		2.51	□□□□□ -2.01
USP4-213	ENST00000488520	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		2.39	□□□□□ -2.03
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		2.07	□□□□□ -2.08
USP4-213	ENST00000488520	INE1	O15225	51 aa		1.9	□□□□□ -2.11
USP4-213	ENST00000488520	PHGR1	C9JFL3	82 aa		1.86	□□□□□ -2.11
USP4-213	ENST00000488520	PRM1	P04553	51 aa		1.69	□□□□□ -2.14
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		1.39	□□□□□ -2.19
USP4-213	ENST00000488520	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		1.1	□□□□□ -2.23

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