RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000504994.1

HERC3-209, Transcript of HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 3, humanhuman

TSL 5

Gene HERC3, Length 341 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERC3-209ENST00000504994 MUC17Q685J3 4493 aa0.06□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 STAB2Q8WWQ8 2551 aa0.06□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 EPG5Q9HCE0 2579 aa0.06□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 DNHD1Q96M86 4753 aa0.06□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 HTTP42858 3142 aa0.06□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 CUBNO60494 3623 aa0.06□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 RYR1P21817 5038 aa0.06□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 DSTQ03001 7570 aaKnown RBP0.05□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 RYR2Q92736 4967 aa0.05□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 RNF213Q63HN8 5207 aa0.05□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 LRRK2Q5S007 2527 aa0.05□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 NEBP20929 6669 aa0.05□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 DYNC1H1Q14204 4646 aaKnown RBP0.05□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 BIRC6Q9NR09 4857 aa0.05□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 NBEAL2Q6ZNJ1 2754 aa0.05□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 TEX15Q9BXT5 2789 aa0.05□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 PCLOQ9Y6V0 5065 aa0.05□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 USP9YO00507 2555 aaPredicted RBP0.04□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 HERC2O95714 4834 aa0.04□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 USH2AO75445 5202 aa0.04□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 TEP1Q99973 2627 aaKnown RBP0.04□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 MXRA5Q9NR99 2828 aa0.04□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 ANKHD1Q8IWZ3 2542 aaKnown RBP0.04□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 SPTBN5Q9NRC6 3674 aaKnown RBP0.03□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 COL6A5A8TX70 2615 aa0.03□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 VPS13CQ709C8 3753 aa0.03□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 NFAT5O94916 1531 aa0.03□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 RYR3Q15413 4870 aa0.03□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 KIAA1109Q2LD37 5005 aa0.03□□□□□ -2.4
HERC3-209ENST00000504994 ITPR1Q14643 2758 aa0.03□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 FRYQ5TBA9 3013 aa0.03□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 TRPM2O94759 1503 aa0.03□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 SMG1Q96Q15 3661 aaKnown RBP0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 SPENQ96T58 3664 aaKnown RBP0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 IQGAP1P46940 1657 aa0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 DDX60Q8IY21 1712 aaKnown RBP0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 A0A0C4DFX4 3053 aa0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 C5orf42Q9H799 3197 aa0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 SPRR2FQ96RM1 72 aa0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 MYO18BQ8IUG5 2567 aa0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 USP9XQ93008 2570 aaPredicted RBP0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 CEP295Q9C0D2 2601 aa0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 DOPEY1Q5JWR5 2465 aa0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 RIF1Q5UIP0 2472 aaKnown RBP0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 FAM208AQ9UK61 1670 aaKnown RBP0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 POLR2KP53803 58 aaKnown RBP0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 IQGAP2Q13576 1575 aa0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 NIPBLQ6KC79 2804 aaeCLIP0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 LRBAP50851 2863 aa0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 LAMA1P25391 3075 aa0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 COL12A1Q99715 3063 aa0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 RANBP2P49792 3224 aaKnown RBP0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 ABCA13Q86UQ4 5058 aa0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 MGAM2Q2M2H8 2515 aa0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 CRYBG3Q68DQ2 2970 aa0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 CLPSL2Q6UWE3 100 aa0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 CFAP54Q96N23 3096 aa0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 CSMD1Q96PZ7 3565 aa-0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 ADGRG4Q8IZF6 3080 aa-0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 CHD7Q9P2D1 2997 aa-0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 CFAP46Q8IYW2 2715 aa-0□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 CCDC168Q8NDH2 2452 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 FAM186AA6NE01 2351 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 RELNP78509 3460 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 ITPR2Q14571 2701 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 SPART-AS1P0CW21 52 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 MYO9AB2RTY4 2548 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 TLN2Q9Y4G6 2542 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 SPTAN1Q13813 2472 aaKnown RBP-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 ACACAQ13085 2346 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 ATMQ13315 3056 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 PRUNE2Q8WUY3 3088 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 MGAQ8IWI9 3026 aa-0.01□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 TRIOO75962 3097 aa-0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 ACACBO00763 2458 aa-0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 FRYLO94915 3013 aa-0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 DMXL2Q8TDJ6 3036 aa-0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 DMDP11532 3685 aa-0.02□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 CELSR3Q9NYQ7 3312 aa-0.03□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 SRCAPQ6ZRS2 3230 aa-0.03□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 ZFHX4Q86UP3 3567 aa-0.03□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 KRTAP6-1Q3LI64 71 aa-0.03□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 LAMA2P24043 3122 aaKnown RBP-0.03□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 LAMA3Q16787 3333 aa-0.03□□□□□ -2.41
HERC3-209ENST00000504994 WDFY3Q8IZQ1 3526 aa-0.04□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 BOD1L1Q8NFC6 3051 aa-0.04□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 CENPEQ02224 2701 aa-0.04□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 MYO15AQ9UKN7 3530 aa-0.04□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 KRTAP19-7Q3SYF9 63 aa-0.04□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 EYSQ5T1H1 3165 aa-0.04□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 TLN1Q9Y490 2541 aaKnown RBP-0.04□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 CSMD2Q7Z408 3487 aa-0.04□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 SZT2Q5T011 3432 aa-0.04□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 DNAH12Q6ZR08 3092 aa-0.05□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 MUC3AQ02505 3323 aa-0.05□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 KRTAP19-8Q3LI54 63 aa-0.05□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 KRTAP8-1Q8IUC2 63 aa-0.05□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 FREM2Q5SZK8 3169 aa-0.06□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 WDFY4Q6ZS81 3184 aa-0.06□□□□□ -2.42
HERC3-209ENST00000504994 CEP250Q9BV73 2442 aa-0.06□□□□□ -2.42
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.1 ms