RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	HOXD10	P28358	340 aa		28.05	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	MTFR1	Q15390	333 aa		28.05	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	XAGE2	Q96GT9	111 aa		28.05	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	PARK7	Q99497	189 aa	Known RBP	28.05	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168		A0A1B0GUL7	405 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	DDTL	A6NHG4	134 aa	Predicted RBP	28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	SLURP2	P0DP57	97 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	CYP2C8	P10632	490 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	BCR	P11274	1271 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	TFCP2	Q12800	502 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	SLF2	Q8IX21	1173 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	DDX4	Q9NQI0	724 aa	Known RBP	28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	PICK1	Q9NRD5	415 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	AFG3L2	Q9Y4W6	797 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168		A0A0G2JLL6	359 aa	Predicted RBP	28.03	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	SRGAP3	O43295	1099 aa		28.03	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	MTX1	Q13505	466 aa		28.03	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	28.03	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	28.03	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	RAET1E	Q8TD07	263 aa		28.03	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	AKAP2	Q9Y2D5	859 aa		28.03	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	TNFRSF11A	Q9Y6Q6	616 aa	Predicted RBP	28.03	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	MYH2	Q9UKX2	1941 aa		28.02	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	GNAI3	P08754	354 aa		28.02	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	GRK4	P32298	578 aa		28.02	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	BTD	P43251	543 aa		28.02	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	FASTKD5	Q7L8L6	764 aa	Known RBP	28.02	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	MYPN	Q86TC9	1320 aa		28.01	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	28.01	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	ZNF384	Q8TF68	577 aa		28.01	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	MROH7-TTC4	A0A0A0MT08	1334 aa		28	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	CTNND1	O60716	968 aa	Known RBP	28	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	MECOM	Q03112	1051 aa		28	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	PICALM	Q13492	652 aa		28	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	SHISA4	Q96DD7	197 aa		28	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	GPR75-ASB3	A0A0A6YYF3	556 aa		27.99	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	FCGRT	P55899	365 aa		27.99	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	RHBDL3	P58872	404 aa		27.99	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	PRKCZ	Q05513	592 aa		27.99	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		27.99	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	GADL1	Q6ZQY3	521 aa		27.98	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		27.98	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	HMG20B	Q9P0W2	317 aa		27.98	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	27.98	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168		H0YGN5	161 aa		27.97	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	SLC45A1	Q9Y2W3	748 aa		27.97	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	DOCK2	Q92608	1830 aa		27.97	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	TRIOBP	Q9H2D6	2365 aa		27.96	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	CCL5	P13501	91 aa		27.96	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	PI16	Q6UXB8	463 aa		27.96	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	FRMD4A	Q9P2Q2	1039 aa	Predicted RBP	27.96	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	GABRQ	Q9UN88	632 aa		27.96	■■■□□ 2.07
USP4-208	ENST00000464168	TRIM75P	A6NK02	468 aa		27.95	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	TBC1D12	O60347	775 aa		27.95	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	NPM3	O75607	178 aa	Known RBP	27.95	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	GJB1	P08034	283 aa		27.95	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	FXR1	P51114	621 aa	Known RBP eCLIP	27.95	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		27.95	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	SPATA5	Q8NB90	893 aa		27.95	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	NKX2-3	Q8TAU0	364 aa		27.95	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	BIN2	Q9UBW5	565 aa	Predicted RBP	27.95	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	RANBP2	P49792	3224 aa	Known RBP	27.94	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	GJA8	P48165	433 aa		27.94	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	CCDC84	Q86UT8	332 aa	Predicted RBP	27.94	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	27.94	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	UBE2Q1	Q7Z7E8	422 aa		27.93	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	RNF208	Q9H0X6	261 aa		27.93	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	TNN	Q9UQP3	1299 aa		27.93	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	GNAI2	P04899	355 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	LDHC	P07864	332 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	TRIM27	P14373	513 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	27.92	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	UBXN2A	P68543	259 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	GSTO1	P78417	241 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	GORAB	Q5T7V8	394 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	SLAIN1	Q8ND83	568 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		27.91	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	FAM196B	A6NMK8	535 aa		27.91	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	27.91	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	27.91	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	27.91	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	AGTPBP1	Q9UPW5	1226 aa		27.91	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	CCER2	I3L3R5	266 aa		27.9	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	FLT3LG	P49771	235 aa		27.9	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		27.9	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	SMCR8	Q8TEV9	937 aa	Predicted RBP	27.9	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	ADCY3	O60266	1144 aa		27.89	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	BCAR3	O75815	825 aa		27.89	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	27.89	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	TREML2	Q5T2D2	321 aa		27.89	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	DPF3	Q92784	378 aa		27.89	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	UNC93B1	Q9H1C4	597 aa		27.89	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	RAI14	Q9P0K7	980 aa		27.89	■■■□□ 2.06
USP4-208	ENST00000464168	PHIP	Q8WWQ0	1821 aa		27.88	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	MCAM	P43121	646 aa		27.88	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	DOCK1	Q14185	1865 aa		27.88	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	OSBPL5	Q9H0X9	879 aa	Predicted RBP	27.88	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	PTPRF	P10586	1907 aa		27.88	■■■□□ 2.05

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