RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637699.1

CLN3-262, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,228 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-262	ENST00000637699	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		34.28	■■■■□ 3.08
CLN3-262	ENST00000637699	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	34.23	■■■■□ 3.07
CLN3-262	ENST00000637699	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		34.18	■■■■□ 3.06
CLN3-262	ENST00000637699	IGF1R	P08069	1367 aa		34.18	■■■■□ 3.06
CLN3-262	ENST00000637699	KIF27	Q86VH2	1401 aa		34.13	■■■■□ 3.05
CLN3-262	ENST00000637699	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		34.13	■■■■□ 3.05
CLN3-262	ENST00000637699	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		34.12	■■■■□ 3.05
CLN3-262	ENST00000637699	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		34.08	■■■■□ 3.05
CLN3-262	ENST00000637699	MAPKBP1	O60336	1514 aa		34.07	■■■■□ 3.04
CLN3-262	ENST00000637699	CUL7	Q14999	1698 aa		34.05	■■■■□ 3.04
CLN3-262	ENST00000637699	DIP2B	Q9P265	1576 aa		34.01	■■■■□ 3.03
CLN3-262	ENST00000637699	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	33.96	■■■■□ 3.03
CLN3-262	ENST00000637699	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		33.95	■■■■□ 3.02
CLN3-262	ENST00000637699	PTPRG	P23470	1445 aa		33.92	■■■■□ 3.02
CLN3-262	ENST00000637699	TSPOAP1	O95153	1857 aa		33.84	■■■■□ 3.01
CLN3-262	ENST00000637699	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		33.82	■■■■□ 3
CLN3-262	ENST00000637699	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		33.81	■■■■□ 3
CLN3-262	ENST00000637699	KDM6B	O15054	1643 aa		33.8	■■■■□ 3
CLN3-262	ENST00000637699	IQGAP2	Q13576	1575 aa		33.75	■■■□□ 2.99
CLN3-262	ENST00000637699	ABCC2	Q92887	1545 aa		33.74	■■■□□ 2.99
CLN3-262	ENST00000637699	ASXL2	Q76L83	1435 aa		33.68	■■■□□ 2.98
CLN3-262	ENST00000637699	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		33.67	■■■□□ 2.98
CLN3-262	ENST00000637699	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		33.63	■■■□□ 2.97
CLN3-262	ENST00000637699	DISP1	Q96F81	1524 aa		33.63	■■■□□ 2.97
CLN3-262	ENST00000637699	UACA	Q9BZF9	1416 aa		33.62	■■■□□ 2.97
CLN3-262	ENST00000637699	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		33.62	■■■□□ 2.97
CLN3-262	ENST00000637699	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		33.58	■■■□□ 2.97
CLN3-262	ENST00000637699	GLI2	P10070	1586 aa		33.55	■■■□□ 2.96
CLN3-262	ENST00000637699	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		33.52	■■■□□ 2.96
CLN3-262	ENST00000637699	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	33.52	■■■□□ 2.96
CLN3-262	ENST00000637699	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		33.48	■■■□□ 2.95
CLN3-262	ENST00000637699	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	33.45	■■■□□ 2.95
CLN3-262	ENST00000637699	KIAA0556	O60303	1618 aa		33.44	■■■□□ 2.94
CLN3-262	ENST00000637699	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	33.41	■■■□□ 2.94
CLN3-262	ENST00000637699	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	33.37	■■■□□ 2.93
CLN3-262	ENST00000637699	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		33.36	■■■□□ 2.93
CLN3-262	ENST00000637699	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		33.31	■■■□□ 2.92
CLN3-262	ENST00000637699	ADGRL1	O94910	1474 aa		33.29	■■■□□ 2.92
CLN3-262	ENST00000637699	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		33.28	■■■□□ 2.92
CLN3-262	ENST00000637699	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		33.28	■■■□□ 2.92
CLN3-262	ENST00000637699	GOLGA3	Q08378	1498 aa		33.24	■■■□□ 2.91
CLN3-262	ENST00000637699	KCNH8	Q96L42	1107 aa		33.21	■■■□□ 2.91
CLN3-262	ENST00000637699	ABCA8	O94911	1581 aa		33.16	■■■□□ 2.9
CLN3-262	ENST00000637699	PRX	Q9BXM0	1461 aa		33.14	■■■□□ 2.9
CLN3-262	ENST00000637699	CD109	Q6YHK3	1445 aa		33.14	■■■□□ 2.9
CLN3-262	ENST00000637699	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		33.07	■■■□□ 2.89
CLN3-262	ENST00000637699	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		33.07	■■■□□ 2.88
CLN3-262	ENST00000637699	ARID3C	A6NKF2	412 aa		33.05	■■■□□ 2.88
CLN3-262	ENST00000637699	P3H3	Q8IVL6	736 aa		33.05	■■■□□ 2.88
CLN3-262	ENST00000637699	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	33.01	■■■□□ 2.87
CLN3-262	ENST00000637699	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	32.96	■■■□□ 2.87
CLN3-262	ENST00000637699	ATP10B	O94823	1461 aa		32.93	■■■□□ 2.86
CLN3-262	ENST00000637699	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		32.92	■■■□□ 2.86
CLN3-262	ENST00000637699	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		32.88	■■■□□ 2.85
CLN3-262	ENST00000637699	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		32.83	■■■□□ 2.85
CLN3-262	ENST00000637699	KIF21B	O75037	1637 aa		32.82	■■■□□ 2.84
CLN3-262	ENST00000637699	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	32.8	■■■□□ 2.84
CLN3-262	ENST00000637699	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	32.8	■■■□□ 2.84
CLN3-262	ENST00000637699	SAMD9	Q5K651	1589 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CLN3-262	ENST00000637699	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	32.77	■■■□□ 2.84
CLN3-262	ENST00000637699	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CLN3-262	ENST00000637699	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CLN3-262	ENST00000637699	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		32.73	■■■□□ 2.83
CLN3-262	ENST00000637699	RAPGEF3	O95398	923 aa		32.72	■■■□□ 2.83
CLN3-262	ENST00000637699	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	32.65	■■■□□ 2.82
CLN3-262	ENST00000637699	NEO1	Q92859	1461 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CLN3-262	ENST00000637699	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CLN3-262	ENST00000637699	EEA1	Q15075	1411 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CLN3-262	ENST00000637699	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		32.56	■■■□□ 2.8
CLN3-262	ENST00000637699	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	32.55	■■■□□ 2.8
CLN3-262	ENST00000637699	PTPRM	P28827	1452 aa		32.54	■■■□□ 2.8
CLN3-262	ENST00000637699	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		32.54	■■■□□ 2.8
CLN3-262	ENST00000637699	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		32.53	■■■□□ 2.8
CLN3-262	ENST00000637699	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		32.45	■■■□□ 2.78
CLN3-262	ENST00000637699	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	32.44	■■■□□ 2.78
CLN3-262	ENST00000637699	AKNA	Q7Z591	1439 aa		32.43	■■■□□ 2.78
CLN3-262	ENST00000637699	FANCA	O15360	1455 aa		32.42	■■■□□ 2.78
CLN3-262	ENST00000637699	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	32.41	■■■□□ 2.78
CLN3-262	ENST00000637699	MADD	Q8WXG6	1647 aa		32.4	■■■□□ 2.78
CLN3-262	ENST00000637699	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		32.4	■■■□□ 2.78
CLN3-262	ENST00000637699	RICTOR	Q6R327	1708 aa		32.37	■■■□□ 2.77
CLN3-262	ENST00000637699	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		32.36	■■■□□ 2.77
CLN3-262	ENST00000637699	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		32.36	■■■□□ 2.77
CLN3-262	ENST00000637699	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		32.35	■■■□□ 2.77
CLN3-262	ENST00000637699	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		32.34	■■■□□ 2.77
CLN3-262	ENST00000637699	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	32.33	■■■□□ 2.77
CLN3-262	ENST00000637699	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	32.3	■■■□□ 2.76
CLN3-262	ENST00000637699	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	32.29	■■■□□ 2.76
CLN3-262	ENST00000637699	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	32.28	■■■□□ 2.76
CLN3-262	ENST00000637699	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		32.28	■■■□□ 2.76
CLN3-262	ENST00000637699	FBXO41	Q8TF61	875 aa		32.28	■■■□□ 2.76
CLN3-262	ENST00000637699	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	32.27	■■■□□ 2.76
CLN3-262	ENST00000637699	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		32.26	■■■□□ 2.76
CLN3-262	ENST00000637699	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		32.26	■■■□□ 2.75
CLN3-262	ENST00000637699	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		32.25	■■■□□ 2.75
CLN3-262	ENST00000637699	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		32.24	■■■□□ 2.75
CLN3-262	ENST00000637699	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		32.24	■■■□□ 2.75
CLN3-262	ENST00000637699	PLCH2	O75038	1416 aa		32.21	■■■□□ 2.75
CLN3-262	ENST00000637699	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		32.21	■■■□□ 2.75
CLN3-262	ENST00000637699	MLEC	Q14165	292 aa		32.21	■■■□□ 2.75

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