RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637699.1

CLN3-262, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,228 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-262ENST00000637699 NISCHQ9Y2I1 1504 aa48.92■■■■■ 5.42
CLN3-262ENST00000637699 ABCC9O60706 1549 aa44.33■■■■■ 4.69
CLN3-262ENST00000637699 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa43.94■■■■■ 4.62
CLN3-262ENST00000637699 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa42.01■■■■■ 4.32
CLN3-262ENST00000637699 DNAJC5BQ9UF47 199 aa41.86■■■■■ 4.29
CLN3-262ENST00000637699 NACADO15069 1562 aa41.64■■■■■ 4.26
CLN3-262ENST00000637699 DCAF8L2P0C7V8 631 aa41.58■■■■■ 4.25
CLN3-262ENST00000637699 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP41.29■■■■■ 4.2
CLN3-262ENST00000637699 UNC13AQ9UPW8 1703 aa41.04■■■■■ 4.16
CLN3-262ENST00000637699 MYO15BQ96JP2 1530 aa40.93■■■■■ 4.14
CLN3-262ENST00000637699 BICRAQ9NZM4 1560 aa40.8■■■■■ 4.12
CLN3-262ENST00000637699 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP40.46■■■■■ 4.07
CLN3-262ENST00000637699 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa40.33■■■■■ 4.05
CLN3-262ENST00000637699 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa40.14■■■■■ 4.02
CLN3-262ENST00000637699 SCRIBQ14160 1630 aa40.11■■■■■ 4.01
CLN3-262ENST00000637699 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa39.98■■■■□ 3.99
CLN3-262ENST00000637699 CECR2Q9BXF3 1484 aa39.94■■■■□ 3.98
CLN3-262ENST00000637699 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP39.82■■■■□ 3.97
CLN3-262ENST00000637699 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa38.59■■■■□ 3.77
CLN3-262ENST00000637699 NCAPD3P42695 1498 aa38.47■■■■□ 3.75
CLN3-262ENST00000637699 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa38.33■■■■□ 3.73
CLN3-262ENST00000637699 ERCC6Q03468 1493 aa38.28■■■■□ 3.72
CLN3-262ENST00000637699 CUX2O14529 1486 aa38.24■■■■□ 3.71
CLN3-262ENST00000637699 SMARCA4P51532 1647 aa38.2■■■■□ 3.71
CLN3-262ENST00000637699 SMARCA2P51531 1590 aa38.18■■■■□ 3.7
CLN3-262ENST00000637699 HMGXB3Q12766 1538 aa38.12■■■■□ 3.69
CLN3-262ENST00000637699 NESP48681 1621 aa38■■■■□ 3.67
CLN3-262ENST00000637699 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP37.97■■■■□ 3.67
CLN3-262ENST00000637699 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP37.96■■■■□ 3.67
CLN3-262ENST00000637699 PEG3Q9GZU2 1588 aa37.79■■■■□ 3.64
CLN3-262ENST00000637699 MROH2BQ7Z745 1585 aa37.72■■■■□ 3.63
CLN3-262ENST00000637699 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa37.63■■■■□ 3.61
CLN3-262ENST00000637699 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP37.59■■■■□ 3.61
CLN3-262ENST00000637699 PDS5BQ9NTI5 1447 aa37.46■■■■□ 3.59
CLN3-262ENST00000637699 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa37.45■■■■□ 3.59
CLN3-262ENST00000637699 CADPSQ9ULU8 1353 aa37.31■■■■□ 3.56
CLN3-262ENST00000637699 WIZO95785 1651 aa37.25■■■■□ 3.55
CLN3-262ENST00000637699 MRC2Q9UBG0 1479 aa37.13■■■■□ 3.54
CLN3-262ENST00000637699 WDR62O43379 1518 aa37.03■■■■□ 3.52
CLN3-262ENST00000637699 CEP164Q9UPV0 1460 aa36.94■■■■□ 3.5
CLN3-262ENST00000637699 FANCD2Q9BXW9 1451 aa36.89■■■■□ 3.5
CLN3-262ENST00000637699 TRIM41Q8WV44 630 aa36.87■■■■□ 3.49
CLN3-262ENST00000637699 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP36.85■■■■□ 3.49
CLN3-262ENST00000637699 CFTRP13569 1480 aa36.82■■■■□ 3.48
CLN3-262ENST00000637699 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP36.73■■■■□ 3.47
CLN3-262ENST00000637699 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP36.6■■■■□ 3.45
CLN3-262ENST00000637699 OSCARQ8IYS5 282 aa36.54■■■■□ 3.44
CLN3-262ENST00000637699 CCDC88BA6NC98 1476 aa36.37■■■■□ 3.41
CLN3-262ENST00000637699 PRDM2Q13029 1718 aa36.35■■■■□ 3.41
CLN3-262ENST00000637699 IFT140Q96RY7 1462 aa36.21■■■■□ 3.39
CLN3-262ENST00000637699 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP36.21■■■■□ 3.39
CLN3-262ENST00000637699 TOPBP1Q92547 1522 aa36.16■■■■□ 3.38
CLN3-262ENST00000637699 ABCC8Q09428 1581 aa36.04■■■■□ 3.36
CLN3-262ENST00000637699 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa36.03■■■■□ 3.36
CLN3-262ENST00000637699 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa36.03■■■■□ 3.36
CLN3-262ENST00000637699 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa36.03■■■■□ 3.36
CLN3-262ENST00000637699 DNMBPQ6XZF7 1577 aa35.98■■■■□ 3.35
CLN3-262ENST00000637699 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP35.95■■■■□ 3.35
CLN3-262ENST00000637699 ARHGEF11O15085 1522 aa35.89■■■■□ 3.34
CLN3-262ENST00000637699 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP35.87■■■■□ 3.336e-6■■■■□ 25.1
CLN3-262ENST00000637699 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP35.83■■■■□ 3.33
CLN3-262ENST00000637699 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP35.77■■■■□ 3.32
CLN3-262ENST00000637699 FBLN2P98095 1184 aa35.76■■■■□ 3.32
CLN3-262ENST00000637699 CYB5RLQ6IPT4 315 aa35.74■■■■□ 3.31
CLN3-262ENST00000637699 CHD1O14646 1710 aa35.74■■■■□ 3.31
CLN3-262ENST00000637699 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa35.69■■■■□ 3.3
CLN3-262ENST00000637699 SOGA1O94964 1423 aa35.64■■■■□ 3.3
CLN3-262ENST00000637699 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP35.64■■■■□ 3.3
CLN3-262ENST00000637699 ARAP1Q96P48 1450 aa35.53■■■■□ 3.28
CLN3-262ENST00000637699 FGD5Q6ZNL6 1462 aa35.52■■■■□ 3.28
CLN3-262ENST00000637699 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa35.47■■■■□ 3.27
CLN3-262ENST00000637699 TRHP20396 242 aaPredicted RBP35.45■■■■□ 3.27
CLN3-262ENST00000637699 CUX1P39880 1505 aa35.44■■■■□ 3.26
CLN3-262ENST00000637699 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP35.42■■■■□ 3.26
CLN3-262ENST00000637699 WDR97A6NE52 1622 aa35.39■■■■□ 3.26
CLN3-262ENST00000637699 GRIN2BQ13224 1484 aa35.33■■■■□ 3.25
CLN3-262ENST00000637699 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP35.33■■■■□ 3.25
CLN3-262ENST00000637699 CLASP1Q7Z460 1538 aa35.32■■■■□ 3.24
CLN3-262ENST00000637699 SYNJ1O43426 1573 aa35.28■■■■□ 3.24
CLN3-262ENST00000637699 SYNJ2O15056 1496 aa35.23■■■■□ 3.23
CLN3-262ENST00000637699 GAPVD1Q14C86 1478 aa35.18■■■■□ 3.22
CLN3-262ENST00000637699 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP35.14■■■■□ 3.22
CLN3-262ENST00000637699 PBRM1Q86U86 1689 aa35.14■■■■□ 3.22
CLN3-262ENST00000637699 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa35.07■■■■□ 3.21
CLN3-262ENST00000637699 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa35.03■■■■□ 3.2
CLN3-262ENST00000637699 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP34.92■■■■□ 3.18
CLN3-262ENST00000637699 GRIN2AQ12879 1464 aa34.87■■■■□ 3.17
CLN3-262ENST00000637699 ERCC6L2Q5T890 1561 aa34.79■■■■□ 3.16
CLN3-262ENST00000637699 ADAMTS12P58397 1594 aa34.79■■■■□ 3.16
CLN3-262ENST00000637699 TOP2BQ02880 1626 aa34.77■■■■□ 3.16
CLN3-262ENST00000637699 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa34.76■■■■□ 3.15
CLN3-262ENST00000637699 CEP170Q5SW79 1584 aa34.75■■■■□ 3.15
CLN3-262ENST00000637699 NUP160Q12769 1436 aa34.75■■■■□ 3.15
CLN3-262ENST00000637699 FHAD1B1AJZ9 1412 aa34.72■■■■□ 3.15
CLN3-262ENST00000637699 ERICH3Q5RHP9 1530 aa34.62■■■■□ 3.13
CLN3-262ENST00000637699 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP34.6■■■■□ 3.13
CLN3-262ENST00000637699 SHROOM2Q13796 1616 aa34.59■■■■□ 3.13
CLN3-262ENST00000637699 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP34.49■■■■□ 3.11
CLN3-262ENST00000637699 JPH4Q96JJ6 628 aa34.47■■■■□ 3.11
CLN3-262ENST00000637699 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa34.3■■■■□ 3.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 56.6 ms