RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000515011.5

PDE4D-223, Transcript of phosphodiesterase 4D, human

TSL 1 (best)

Gene PDE4D, Length 2,175 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PDE4D-223	ENST00000515011	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	34.74	■■■■□ 3.15
PDE4D-223	ENST00000515011	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	34.74	■■■■□ 3.15
PDE4D-223	ENST00000515011	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		34.73	■■■■□ 3.15
PDE4D-223	ENST00000515011	TIAM1	Q13009	1591 aa		34.68	■■■■□ 3.14
PDE4D-223	ENST00000515011	IFT140	Q96RY7	1462 aa		34.67	■■■■□ 3.14
PDE4D-223	ENST00000515011	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	34.64	■■■■□ 3.14
PDE4D-223	ENST00000515011	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		34.62	■■■■□ 3.13
PDE4D-223	ENST00000515011	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	34.61	■■■■□ 3.13
PDE4D-223	ENST00000515011	ADAMTS12	P58397	1594 aa		34.61	■■■■□ 3.13
PDE4D-223	ENST00000515011	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		34.59	■■■■□ 3.13
PDE4D-223	ENST00000515011	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	34.59	■■■■□ 3.13
PDE4D-223	ENST00000515011	SAMD9	Q5K651	1589 aa		34.59	■■■■□ 3.13
PDE4D-223	ENST00000515011	GRIN2B	Q13224	1484 aa		34.58	■■■■□ 3.13
PDE4D-223	ENST00000515011	ERCC6	Q03468	1493 aa		34.58	■■■■□ 3.13
PDE4D-223	ENST00000515011	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	34.57	■■■■□ 3.13
PDE4D-223	ENST00000515011	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		34.56	■■■■□ 3.12
PDE4D-223	ENST00000515011	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	34.56	■■■■□ 3.12
PDE4D-223	ENST00000515011	P3H3	Q8IVL6	736 aa		34.55	■■■■□ 3.12
PDE4D-223	ENST00000515011	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		34.51	■■■■□ 3.12
PDE4D-223	ENST00000515011	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		34.51	■■■■□ 3.11
PDE4D-223	ENST00000515011	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	34.5	■■■■□ 3.11
PDE4D-223	ENST00000515011	FMN1	Q68DA7	1419 aa		34.48	■■■■□ 3.11
PDE4D-223	ENST00000515011	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		34.41	■■■■□ 3.1
PDE4D-223	ENST00000515011	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	34.4	■■■■□ 3.1
PDE4D-223	ENST00000515011	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		34.4	■■■■□ 3.1
PDE4D-223	ENST00000515011	IQGAP2	Q13576	1575 aa		34.37	■■■■□ 3.09
PDE4D-223	ENST00000515011	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	34.26	■■■■□ 3.07
PDE4D-223	ENST00000515011	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		34.25	■■■■□ 3.07
PDE4D-223	ENST00000515011	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		34.21	■■■■□ 3.07
PDE4D-223	ENST00000515011	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	34.21	■■■■□ 3.07
PDE4D-223	ENST00000515011	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		34.2	■■■■□ 3.07
PDE4D-223	ENST00000515011	GRIN2A	Q12879	1464 aa		34.19	■■■■□ 3.06
PDE4D-223	ENST00000515011	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		34.16	■■■■□ 3.06
PDE4D-223	ENST00000515011	SYNJ2	O15056	1496 aa		34.08	■■■■□ 3.05
PDE4D-223	ENST00000515011	HECW1	Q76N89	1606 aa		34.08	■■■■□ 3.05
PDE4D-223	ENST00000515011	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		34.06	■■■■□ 3.04
PDE4D-223	ENST00000515011	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		34.04	■■■■□ 3.04
PDE4D-223	ENST00000515011	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	34.04	■■■■□ 3.04
PDE4D-223	ENST00000515011	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		34.03	■■■■□ 3.04
PDE4D-223	ENST00000515011	KIAA0556	O60303	1618 aa		34.03	■■■■□ 3.04
PDE4D-223	ENST00000515011	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		34.03	■■■■□ 3.04
PDE4D-223	ENST00000515011	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	34.02	■■■■□ 3.04
PDE4D-223	ENST00000515011	DISP1	Q96F81	1524 aa		34	■■■■□ 3.03
PDE4D-223	ENST00000515011	CEP170	Q5SW79	1584 aa		33.98	■■■■□ 3.03
PDE4D-223	ENST00000515011	ITGAE	P38570	1179 aa		33.96	■■■■□ 3.03
PDE4D-223	ENST00000515011	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	33.96	■■■■□ 3.03
PDE4D-223	ENST00000515011	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		33.94	■■■■□ 3.02
PDE4D-223	ENST00000515011	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	33.93	■■■■□ 3.02
PDE4D-223	ENST00000515011	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	33.93	■■■■□ 3.02
PDE4D-223	ENST00000515011	NCOA2	Q15596	1464 aa		33.93	■■■■□ 3.02
PDE4D-223	ENST00000515011	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	33.92	■■■■□ 3.02
PDE4D-223	ENST00000515011	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		33.91	■■■■□ 3.02
PDE4D-223	ENST00000515011	NUP160	Q12769	1436 aa		33.9	■■■■□ 3.02
PDE4D-223	ENST00000515011	ARHGEF11	O15085	1522 aa		33.89	■■■■□ 3.02
PDE4D-223	ENST00000515011	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		33.87	■■■■□ 3.01
PDE4D-223	ENST00000515011	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		33.86	■■■■□ 3.01
PDE4D-223	ENST00000515011	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		33.85	■■■■□ 3.01
PDE4D-223	ENST00000515011	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	33.81	■■■■□ 3
PDE4D-223	ENST00000515011	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		33.78	■■■■□ 3
PDE4D-223	ENST00000515011	FBLN2	P98095	1184 aa		33.75	■■■□□ 2.99
PDE4D-223	ENST00000515011	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	33.72	■■■□□ 2.99
PDE4D-223	ENST00000515011	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		33.7	■■■□□ 2.99
PDE4D-223	ENST00000515011	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		33.68	■■■□□ 2.98
PDE4D-223	ENST00000515011	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	33.66	■■■□□ 2.98
PDE4D-223	ENST00000515011	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	33.65	■■■□□ 2.98
PDE4D-223	ENST00000515011	MAPKBP1	O60336	1514 aa		33.65	■■■□□ 2.98
PDE4D-223	ENST00000515011	JPH4	Q96JJ6	628 aa		33.64	■■■□□ 2.98
PDE4D-223	ENST00000515011	PTPRK	Q15262	1439 aa		33.61	■■■□□ 2.97
PDE4D-223	ENST00000515011	MIA2	Q96PC5	1412 aa		33.58	■■■□□ 2.97
PDE4D-223	ENST00000515011	HFM1	A2PYH4	1435 aa		33.57	■■■□□ 2.97
PDE4D-223	ENST00000515011	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		33.55	■■■□□ 2.96
PDE4D-223	ENST00000515011	ARID3C	A6NKF2	412 aa		33.55	■■■□□ 2.96
PDE4D-223	ENST00000515011	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	33.53	■■■□□ 2.96
PDE4D-223	ENST00000515011	CHD1	O14646	1710 aa		33.52	■■■□□ 2.96
PDE4D-223	ENST00000515011	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	33.49	■■■□□ 2.95
PDE4D-223	ENST00000515011	ABCA8	O94911	1581 aa		33.47	■■■□□ 2.95
PDE4D-223	ENST00000515011	NAIP	Q13075	1403 aa		33.46	■■■□□ 2.95
PDE4D-223	ENST00000515011	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	33.45	■■■□□ 2.94
PDE4D-223	ENST00000515011	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		33.41	■■■□□ 2.94
PDE4D-223	ENST00000515011	AKNA	Q7Z591	1439 aa		33.41	■■■□□ 2.94
PDE4D-223	ENST00000515011	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		33.39	■■■□□ 2.94
PDE4D-223	ENST00000515011	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	33.38	■■■□□ 2.93
PDE4D-223	ENST00000515011	UACA	Q9BZF9	1416 aa		33.36	■■■□□ 2.93
PDE4D-223	ENST00000515011	SHROOM2	Q13796	1616 aa		33.36	■■■□□ 2.93
PDE4D-223	ENST00000515011	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		33.32	■■■□□ 2.92
PDE4D-223	ENST00000515011	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	33.29	■■■□□ 2.92
PDE4D-223	ENST00000515011	KIF14	Q15058	1648 aa		33.29	■■■□□ 2.92
PDE4D-223	ENST00000515011	ATP10B	O94823	1461 aa		33.27	■■■□□ 2.92
PDE4D-223	ENST00000515011	PTPRG	P23470	1445 aa		33.25	■■■□□ 2.91
PDE4D-223	ENST00000515011	DAPK1	P53355	1430 aa		33.25	■■■□□ 2.91
PDE4D-223	ENST00000515011	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	33.22	■■■□□ 2.91
PDE4D-223	ENST00000515011	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		33.21	■■■□□ 2.91
PDE4D-223	ENST00000515011	ROCK1	Q13464	1354 aa		33.21	■■■□□ 2.91
PDE4D-223	ENST00000515011	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		33.2	■■■□□ 2.91
PDE4D-223	ENST00000515011	ABCC5	O15440	1437 aa		33.2	■■■□□ 2.91
PDE4D-223	ENST00000515011	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		33.2	■■■□□ 2.9
PDE4D-223	ENST00000515011	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		33.2	■■■□□ 2.9
PDE4D-223	ENST00000515011	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PDE4D-223	ENST00000515011	KDM6B	O15054	1643 aa		33.15	■■■□□ 2.9
PDE4D-223	ENST00000515011	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	33.15	■■■□□ 2.9

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 26.9 ms