RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000462351.5

PTPRN-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 2

Gene PTPRN, Length 5,099 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-211ENST00000462351 WIZO95785 1651 aa19.16■□□□□ 0.66
PTPRN-211ENST00000462351 NCLP19338 710 aaKnown RBP19.16■□□□□ 0.66
PTPRN-211ENST00000462351 DNTTIP2Q5QJE6 756 aaKnown RBP19.16■□□□□ 0.66
PTPRN-211ENST00000462351 CLIP1P30622 1438 aa19.15■□□□□ 0.66
PTPRN-211ENST00000462351 PTMAP06454 111 aaKnown RBP19.14■□□□□ 0.66
PTPRN-211ENST00000462351 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP19.14■□□□□ 0.65
PTPRN-211ENST00000462351 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP19.14■□□□□ 0.65
PTPRN-211ENST00000462351 TMC1Q8TDI8 760 aa19.13■□□□□ 0.65
PTPRN-211ENST00000462351 GOLGA3Q08378 1498 aa19.13■□□□□ 0.65
PTPRN-211ENST00000462351 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP19.1■□□□□ 0.65
PTPRN-211ENST00000462351 TNIKQ9UKE5 1360 aa19.09■□□□□ 0.65
PTPRN-211ENST00000462351 TONSLQ96HA7 1378 aa19.09■□□□□ 0.65
PTPRN-211ENST00000462351 CCDC88BA6NC98 1476 aa19.08■□□□□ 0.64
PTPRN-211ENST00000462351 MIER1Q8N108 512 aa19.07■□□□□ 0.64
PTPRN-211ENST00000462351 MRS2Q9HD23 443 aa19.06■□□□□ 0.64
PTPRN-211ENST00000462351 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP19.03■□□□□ 0.64
PTPRN-211ENST00000462351 ABCC8Q09428 1581 aa19.02■□□□□ 0.64
PTPRN-211ENST00000462351 SOGA1O94964 1423 aa19■□□□□ 0.63
PTPRN-211ENST00000462351 MTUS2Q5JR59 1369 aa18.99■□□□□ 0.63
PTPRN-211ENST00000462351 CEP164Q9UPV0 1460 aa18.98■□□□□ 0.63
PTPRN-211ENST00000462351 NOP58Q9Y2X3 529 aaKnown RBP18.98■□□□□ 0.63
PTPRN-211ENST00000462351 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP18.98■□□□□ 0.63
PTPRN-211ENST00000462351 CHIC2Q9UKJ5 165 aa18.98■□□□□ 0.63
PTPRN-211ENST00000462351 MYH16Q9H6N6 1097 aa18.96■□□□□ 0.63
PTPRN-211ENST00000462351 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP18.95■□□□□ 0.62
PTPRN-211ENST00000462351 KIF27Q86VH2 1401 aa18.95■□□□□ 0.62
PTPRN-211ENST00000462351 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP18.93■□□□□ 0.62
PTPRN-211ENST00000462351 DEKP35659 375 aaKnown RBP18.93■□□□□ 0.62
PTPRN-211ENST00000462351 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP18.93■□□□□ 0.62
PTPRN-211ENST00000462351 SMARCA4P51532 1647 aa18.91■□□□□ 0.62
PTPRN-211ENST00000462351 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP18.88■□□□□ 0.61
PTPRN-211ENST00000462351 AMER1Q5JTC6 1135 aaPredicted RBP18.86■□□□□ 0.61
PTPRN-211ENST00000462351 CHAF1AQ13111 956 aaPredicted RBP18.84■□□□□ 0.61
PTPRN-211ENST00000462351 L1TD1Q5T7N2 865 aaKnown RBP18.84■□□□□ 0.61
PTPRN-211ENST00000462351 TSPY4P0CV99 314 aa18.83■□□□□ 0.6
PTPRN-211ENST00000462351 TSPY10P0CW01 314 aa18.83■□□□□ 0.6
PTPRN-211ENST00000462351 PPP4R2Q9NY27 417 aa18.82■□□□□ 0.6
PTPRN-211ENST00000462351 NRDCO43847 1150 aa18.81■□□□□ 0.6
PTPRN-211ENST00000462351 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP18.8■□□□□ 0.6
PTPRN-211ENST00000462351 PLCB2Q00722 1185 aa18.8■□□□□ 0.6
PTPRN-211ENST00000462351 MSNP26038 577 aaKnown RBP18.8■□□□□ 0.6
PTPRN-211ENST00000462351 SMARCA2P51531 1590 aa18.79■□□□□ 0.6
PTPRN-211ENST00000462351 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP18.78■□□□□ 0.6
PTPRN-211ENST00000462351 CHGAP10645 457 aaKnown RBP18.77■□□□□ 0.6
PTPRN-211ENST00000462351 GOLGA6L6A8MZA4 724 aa18.76■□□□□ 0.59
PTPRN-211ENST00000462351 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRN-211ENST00000462351 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP18.74■□□□□ 0.59
PTPRN-211ENST00000462351 PNNQ9H307 717 aaKnown RBP18.73■□□□□ 0.59
PTPRN-211ENST00000462351 TNNT3P45378 269 aaPredicted RBP18.72■□□□□ 0.59
PTPRN-211ENST00000462351 CASC1Q6TDU7 716 aa18.7■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 PLEKHD1A6NEE1 506 aa18.7■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP18.69■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP18.68■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 STAG3Q9UJ98 1225 aa18.68■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 VPS8Q8N3P4 1428 aa18.67■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 ZBTB4Q9P1Z0 1013 aaPredicted RBP18.67■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 TPRNQ4KMQ1 711 aa18.66■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 CUX2O14529 1486 aa18.66■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP18.66■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa18.66■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa18.65■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa18.65■□□□□ 0.58
PTPRN-211ENST00000462351 RGS3P49796 1198 aa18.64■□□□□ 0.57
PTPRN-211ENST00000462351 HSP90AB1P08238 724 aaKnown RBP18.63■□□□□ 0.57
PTPRN-211ENST00000462351 ERCC6Q03468 1493 aa18.63■□□□□ 0.57
PTPRN-211ENST00000462351 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa18.63■□□□□ 0.57
PTPRN-211ENST00000462351 KCNH8Q96L42 1107 aa18.63■□□□□ 0.57
PTPRN-211ENST00000462351 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP18.63■□□□□ 0.57
PTPRN-211ENST00000462351 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP18.6■□□□□ 0.57
PTPRN-211ENST00000462351 FHAD1B1AJZ9 1412 aa18.57■□□□□ 0.56
PTPRN-211ENST00000462351 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa18.57■□□□□ 0.56
PTPRN-211ENST00000462351 FTSJ3Q8IY81 847 aaKnown RBP18.55■□□□□ 0.56
PTPRN-211ENST00000462351 KIAA2012Q0VF49 1180 aa18.55■□□□□ 0.56
PTPRN-211ENST00000462351 GOLGA6L4A6NEF3 574 aa18.55■□□□□ 0.56
PTPRN-211ENST00000462351 HSCBQ8IWL3 235 aa18.55■□□□□ 0.56
PTPRN-211ENST00000462351 HSP90AA2PQ14568 343 aaPredicted RBP18.52■□□□□ 0.56
PTPRN-211ENST00000462351 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRN-211ENST00000462351 CCNB3Q8WWL7 1395 aa18.51■□□□□ 0.55
PTPRN-211ENST00000462351 ARID3AQ99856 593 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRN-211ENST00000462351 PLPPR3Q6T4P5 718 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRN-211ENST00000462351 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP18.5■□□□□ 0.55
PTPRN-211ENST00000462351 DRC7Q8IY82 874 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRN-211ENST00000462351 VSIG10Q8N0Z9 540 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRN-211ENST00000462351 CHMP4BQ9H444 224 aaKnown RBP18.48■□□□□ 0.55
PTPRN-211ENST00000462351 PTMSP20962 102 aa18.47■□□□□ 0.55
PTPRN-211ENST00000462351 RSPH6AQ9H0K4 717 aa18.47■□□□□ 0.55
PTPRN-211ENST00000462351 CFAP53Q96M91 514 aa18.45■□□□□ 0.54
PTPRN-211ENST00000462351 PDS5BQ9NTI5 1447 aa18.44■□□□□ 0.54
PTPRN-211ENST00000462351 MS4A1P11836 297 aa18.44■□□□□ 0.54
PTPRN-211ENST00000462351 GBP4Q96PP9 640 aa18.44■□□□□ 0.54
PTPRN-211ENST00000462351 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP18.43■□□□□ 0.54
PTPRN-211ENST00000462351 FGD1P98174 961 aa18.43■□□□□ 0.54
PTPRN-211ENST00000462351 SIN3AQ96ST3 1273 aa18.43■□□□□ 0.54
PTPRN-211ENST00000462351 RGL3Q3MIN7 710 aa18.43■□□□□ 0.54
PTPRN-211ENST00000462351 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa18.42■□□□□ 0.54
PTPRN-211ENST00000462351 GOLGA6L3A6NEY3 463 aa18.4■□□□□ 0.54
PTPRN-211ENST00000462351 FRAT1Q92837 279 aaPredicted RBP18.39■□□□□ 0.53
PTPRN-211ENST00000462351 CADPSQ9ULU8 1353 aa18.38■□□□□ 0.53
PTPRN-211ENST00000462351 GZF1Q9H116 711 aaPredicted RBP18.38■□□□□ 0.53
PTPRN-211ENST00000462351 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP18.37■□□□□ 0.53
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