RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000265560.8

USP4-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene USP4, Length 3,126 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-201ENST00000265560 PBRM1Q86U86 1689 aa25.58■■□□□ 1.69
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USP4-201ENST00000265560 GRIN2BQ13224 1484 aa25.55■■□□□ 1.68
USP4-201ENST00000265560 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP25.52■■□□□ 1.68
USP4-201ENST00000265560 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa25.49■■□□□ 1.67
USP4-201ENST00000265560 FHAD1B1AJZ9 1412 aa25.48■■□□□ 1.67
USP4-201ENST00000265560 FHOD3Q2V2M9 1422 aa25.48■■□□□ 1.67
USP4-201ENST00000265560 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP25.47■■□□□ 1.67
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USP4-201ENST00000265560 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa25.43■■□□□ 1.66
USP4-201ENST00000265560 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP25.43■■□□□ 1.66
USP4-201ENST00000265560 HRCP23327 699 aa25.29■■□□□ 1.64
USP4-201ENST00000265560 GRIN2AQ12879 1464 aa25.28■■□□□ 1.64
USP4-201ENST00000265560 ARID3CA6NKF2 412 aa25.28■■□□□ 1.64
USP4-201ENST00000265560 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP25.27■■□□□ 1.64
USP4-201ENST00000265560 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP25.23■■□□□ 1.63
USP4-201ENST00000265560 IQGAP2Q13576 1575 aa25.23■■□□□ 1.63
USP4-201ENST00000265560 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP25.22■■□□□ 1.63
USP4-201ENST00000265560 SYNJ2O15056 1496 aa25.22■■□□□ 1.63
USP4-201ENST00000265560 EFCAB5A4FU69 1503 aa25.21■■□□□ 1.63
USP4-201ENST00000265560 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP25.2■■□□□ 1.63
USP4-201ENST00000265560 SAMD9Q5K651 1589 aa25.16■■□□□ 1.62
USP4-201ENST00000265560 CEP170Q5SW79 1584 aa25.15■■□□□ 1.62
USP4-201ENST00000265560 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa25.14■■□□□ 1.61
USP4-201ENST00000265560 FMN1Q68DA7 1419 aa25.12■■□□□ 1.61
USP4-201ENST00000265560 TIAM1Q13009 1591 aa25.1■■□□□ 1.61
USP4-201ENST00000265560 ITGAEP38570 1179 aa25.1■■□□□ 1.61
USP4-201ENST00000265560 JPH4Q96JJ6 628 aa25.09■■□□□ 1.61
USP4-201ENST00000265560 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa25.09■■□□□ 1.61
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USP4-201ENST00000265560 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa25.04■■□□□ 1.6
USP4-201ENST00000265560 DISP1Q96F81 1524 aa25.03■■□□□ 1.6
USP4-201ENST00000265560 UGGT2Q9NYU1 1516 aa25.02■■□□□ 1.6
USP4-201ENST00000265560 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP25.01■■□□□ 1.59
USP4-201ENST00000265560 NUP160Q12769 1436 aa25.01■■□□□ 1.59
USP4-201ENST00000265560 CHD1O14646 1710 aa24.98■■□□□ 1.59
USP4-201ENST00000265560 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa24.98■■□□□ 1.59
USP4-201ENST00000265560 PHLDB1Q86UU1 1377 aa24.97■■□□□ 1.59
USP4-201ENST00000265560 KIAA0556O60303 1618 aa24.96■■□□□ 1.59
USP4-201ENST00000265560 MTUS2Q5JR59 1369 aa24.95■■□□□ 1.58
USP4-201ENST00000265560 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP24.94■■□□□ 1.58
USP4-201ENST00000265560 CFAP43Q8NDM7 1665 aa24.93■■□□□ 1.58
USP4-201ENST00000265560 MAP3K1Q13233 1512 aa24.92■■□□□ 1.58
USP4-201ENST00000265560 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP24.91■■□□□ 1.58
USP4-201ENST00000265560 CCNB3Q8WWL7 1395 aa24.89■■□□□ 1.58
USP4-201ENST00000265560 PLB1Q6P1J6 1458 aa24.87■■□□□ 1.57
USP4-201ENST00000265560 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP24.86■■□□□ 1.57
USP4-201ENST00000265560 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa24.85■■□□□ 1.57
USP4-201ENST00000265560 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP24.85■■□□□ 1.57
USP4-201ENST00000265560 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP24.84■■□□□ 1.57
USP4-201ENST00000265560 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa24.83■■□□□ 1.57
USP4-201ENST00000265560 HECW1Q76N89 1606 aa24.79■■□□□ 1.56
USP4-201ENST00000265560 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP24.78■■□□□ 1.56
USP4-201ENST00000265560 ERCC6L2Q5T890 1561 aa24.75■■□□□ 1.55
USP4-201ENST00000265560 NCOA2Q15596 1464 aa24.74■■□□□ 1.55
USP4-201ENST00000265560 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa24.74■■□□□ 1.55
USP4-201ENST00000265560 CCDC18Q5T9S5 1454 aa24.73■■□□□ 1.55
USP4-201ENST00000265560 PTPRGP23470 1445 aa24.71■■□□□ 1.55
USP4-201ENST00000265560 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP24.68■■□□□ 1.54
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USP4-201ENST00000265560 FGD6Q6ZV73 1430 aa24.66■■□□□ 1.54
USP4-201ENST00000265560 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP24.64■■□□□ 1.54
USP4-201ENST00000265560 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP24.62■■□□□ 1.53
USP4-201ENST00000265560 MYOM3Q5VTT5 1437 aa24.61■■□□□ 1.53
USP4-201ENST00000265560 CHIC2Q9UKJ5 165 aa24.59■■□□□ 1.53
USP4-201ENST00000265560 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP24.57■■□□□ 1.52
USP4-201ENST00000265560 ATP10BO94823 1461 aa24.56■■□□□ 1.52
USP4-201ENST00000265560 SHROOM2Q13796 1616 aa24.56■■□□□ 1.52
USP4-201ENST00000265560 PLEKHD1A6NEE1 506 aa24.55■■□□□ 1.52
USP4-201ENST00000265560 ABCA8O94911 1581 aa24.55■■□□□ 1.52
USP4-201ENST00000265560 CLASP1Q7Z460 1538 aa24.55■■□□□ 1.52
USP4-201ENST00000265560 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP24.55■■□□□ 1.52
USP4-201ENST00000265560 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa24.53■■□□□ 1.52
USP4-201ENST00000265560 PTPRKQ15262 1439 aa24.52■■□□□ 1.52
USP4-201ENST00000265560 OSCARQ8IYS5 282 aa24.52■■□□□ 1.52
USP4-201ENST00000265560 ARHGEF11O15085 1522 aa24.51■■□□□ 1.51
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USP4-201ENST00000265560 KIF14Q15058 1648 aa24.48■■□□□ 1.51
USP4-201ENST00000265560 PTPN23Q9H3S7 1636 aa24.48■■□□□ 1.51
USP4-201ENST00000265560 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa24.48■■□□□ 1.51
USP4-201ENST00000265560 KCNH8Q96L42 1107 aa24.47■■□□□ 1.51
USP4-201ENST00000265560 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP24.46■■□□□ 1.51
USP4-201ENST00000265560 SETD5Q9C0A6 1442 aa24.44■■□□□ 1.5
USP4-201ENST00000265560 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP24.44■■□□□ 1.5
USP4-201ENST00000265560 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP24.39■■□□□ 1.49
USP4-201ENST00000265560 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP24.35■■□□□ 1.49
USP4-201ENST00000265560 MIA2Q96PC5 1412 aa24.33■■□□□ 1.49
USP4-201ENST00000265560 ABCC2Q92887 1545 aa24.33■■□□□ 1.49
USP4-201ENST00000265560 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP24.3■■□□□ 1.48
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USP4-201ENST00000265560 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP24.26■■□□□ 1.47
USP4-201ENST00000265560 NEUROD1Q13562 356 aa24.25■■□□□ 1.47
USP4-201ENST00000265560 SIN3AQ96ST3 1273 aa24.25■■□□□ 1.47
USP4-201ENST00000265560 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa24.25■■□□□ 1.47
USP4-201ENST00000265560 ABCC10Q5T3U5 1492 aa24.25■■□□□ 1.47
USP4-201ENST00000265560 ABCC5O15440 1437 aa24.24■■□□□ 1.47
USP4-201ENST00000265560 ADCY10Q96PN6 1610 aa24.23■■□□□ 1.47
USP4-201ENST00000265560 HFM1A2PYH4 1435 aa24.23■■□□□ 1.47
USP4-201ENST00000265560 DAPK1P53355 1430 aa24.23■■□□□ 1.47
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