RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	LOC107984640	A0A0U1RRK4	108 aa		6.4	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	MYMX	A0A1B0GTQ4	84 aa		6.4	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC179	H3BU77	68 aa		6.4	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	RNASE1	P07998	156 aa	Known RBP	6.4	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	ELANE	P08246	267 aa		6.4	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC01600	Q96MT4	127 aa		6.4	□□□□□ -1.38
SYNE1-215	ENST00000460912	TRRAP	Q9Y4A5	3859 aa		6.4	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912		Q8N1Y9	231 aa		6.4	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	C11orf72	Q8NBR9	251 aa		6.4	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	SETX	Q7Z333	2677 aa	Known RBP	6.4	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC01549	A6NIU2	74 aa		6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	SPANXB1	Q9NS25	103 aa	Predicted RBP	6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	DYNC2H1	Q8NCM8	4307 aa	Known RBP	6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	C11orf86	A6NJI1	115 aa		6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	IGLL5	B9A064	214 aa		6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	DEFB104A	Q8WTQ1	72 aa		6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	HIST1H4G	Q99525	98 aa		6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	FASN	P49327	2511 aa	Known RBP	6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM159A	Q6UWV7	190 aa		6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	FOXI2	Q6ZQN5	318 aa		6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM141	Q96I45	108 aa		6.39	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC168	Q8NDH2	2452 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFA7	O95182	113 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	HILS1	P60008	231 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	C18orf65	Q6ZTR6	163 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	PLEKHB2	Q96CS7	222 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	TSPAN13	O95857	204 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	FHL3	Q13643	280 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	C12orf74	Q32Q52	190 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	PHLDA3	Q9Y5J5	127 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	ADARB2-AS1	A8MUL3	147 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	UBE2D3	P61077	147 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	UBE2D2	P62837	147 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	BEAN1	Q3B7T3	259 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	LITAF	Q99732	161 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	HECTD1	Q9ULT8	2610 aa		6.38	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0J9YY99	117 aa		6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP10-3	P60369	221 aa		6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	RHOH	Q15669	191 aa		6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	SRD5A1	P18405	259 aa		6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	HOXD3	P31249	432 aa	Predicted RBP	6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	SCGB1D4	Q6XE38	83 aa		6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM19A3	Q7Z5A8	133 aa		6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	SBSPON	Q8IVN8	264 aa		6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	SCGB3A1	Q96QR1	104 aa		6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	PYGO1	Q9Y3Y4	419 aa		6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	TENM1	Q9UKZ4	2725 aa		6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	HOXA3	O43365	443 aa	Predicted RBP	6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	RPL39	P62891	51 aa	Known RBP	6.37	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV1OR15-1	A0A075B7D0	117 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	CSPG4	Q6UVK1	2322 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAV12-3	A0A0B4J271	114 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM223	A0PJW6	202 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912		H3BMM0	161 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV3-30	P01768	117 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV3-30-5	P0DP03	117 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	PRADC1	Q9BSG0	188 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	VCY	O14598	125 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	SMCP	P49901	116 aa	Predicted RBP	6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	PMVK	Q15126	192 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912		Q6ZSN1	163 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	C4orf3	Q8WVX3	66 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	TP53TG1	Q9Y2A0	90 aa		6.36	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM262	E9PQX1	116 aa		6.35	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	CRLF1	O75462	422 aa		6.35	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	RRN3P1	Q2M238	152 aa		6.35	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC25A29	Q8N8R3	303 aa		6.35	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	C20orf203	Q8NBC4	194 aa		6.35	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912		Q9UF83	564 aa		6.35	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAV12-2	A0A075B6T6	113 aa		6.35	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	SDHAF1	A6NFY7	115 aa		6.35	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	C9orf153	Q5TBE3	101 aa		6.35	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	CHCHD7	Q9BUK0	85 aa		6.35	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	BAHCC1	Q9P281	2608 aa		6.34	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	HERVK_113	P61574	105 aa		6.34	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	IGLV4-3	A0A075B6K6	122 aa		6.34	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF688	P0C7X2	276 aa		6.34	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPS36	P82909	103 aa	Known RBP	6.34	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912		Q6ZSV7	163 aa		6.34	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912	SPX	Q9BT56	116 aa		6.34	□□□□□ -1.39
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A087WWL8	130 aa		6.34	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	SYNJ2BP	P57105	145 aa		6.34	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	IGLV5-45	A0A087WSX0	123 aa		6.33	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	TRPT1	Q86TN4	253 aa	Known RBP	6.33	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAH7	Q8WXX0	4024 aa		6.33	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912		F5H768	121 aa		6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF22	P17026	224 aa	Predicted RBP	6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	KLK5	Q9Y337	293 aa	Predicted RBP	6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	GIG44	P09565	113 aa	Predicted RBP	6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	SLURP1	P55000	103 aa		6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	SPINK13	Q1W4C9	94 aa		6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	NAV2	Q8IVL1	2488 aa		6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	XG	P55808	180 aa		6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	PROK1	P58294	105 aa		6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	PAPPA-AS1	Q5QFB9	102 aa		6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAH1	Q9P2D7	4330 aa		6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	TLN2	Q9Y4G6	2542 aa		6.32	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912	PLAC8L1	A1L4L8	177 aa		6.31	□□□□□ -1.4
SYNE1-215	ENST00000460912		F8W1H4	67 aa		6.31	□□□□□ -1.4

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