RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000535896.6

SYNE1-233, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 5

Gene SYNE1, Length 1,388 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-233	ENST00000535896	ATP5L	O75964	103 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	TMEM11	P17152	192 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	PRTN3	P24158	256 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	IFI27	P40305	119 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	MRPL51	Q4U2R6	128 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	ASPHD1	Q5U4P2	390 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	LYZL1	Q6UWQ5	148 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896		Q8N6K4	173 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC01560	Q8TB33	94 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	ASCL2	Q99929	193 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	ZMAT4	Q9H898	229 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	AKAP6	Q13023	2319 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	ANKRD17	O75179	2603 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3-21	A0A0B4J1V1	117 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	MBD3L2B	A0A1B0GVZ6	204 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	GAGE10	A6NGK3	116 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	CBY3	A6NI87	242 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	FABP5P3	A8MUU1	101 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896		H3BTX0	84 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896		K7EP34	96 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	CSN3	P07498	182 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	EVI2A	P22794	236 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	FCER1G	P30273	86 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	CKS2	P33552	79 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	TAL2	Q16559	108 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	LDLRAD2	Q5SZI1	272 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	AMMECR1L	Q6DCA0	310 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	ADAMTSL5	Q6ZMM2	481 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	AMN1	Q8IY45	258 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	LENEP	Q9Y5L5	61 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	AFDN-AS1	Q9Y6Z5	254 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	HRNR	Q86YZ3	2850 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	CCDC168	Q8NDH2	2452 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV4-4	A0A075B6R2	117 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC01549	A6NIU2	74 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC01619	G3V211	115 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896		M0R3E3	92 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	COX7A1	P24310	79 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	CD24	P25063	80 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF138	P52744	262 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	CACNG7	P62955	275 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	TWIST1	Q15672	202 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF672	Q499Z4	452 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	IL17REL	Q6ZVW7	336 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	OR8A1	Q8NGG7	326 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	C8orf49	Q96NF6	230 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	ONECUT1	Q9UBC0	465 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	MAST4	O15021	2626 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	TRAV8-6	A0A0B4J262	113 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	TMEM213	A2RRL7	107 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	KRTAP9-7	A8MTY7	169 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF207	O43670	478 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	CIDEA	O60543	219 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	NCR2	O95944	276 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	NPY	P01303	97 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	APELA	P0DMC3	54 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	EGR2	P11161	476 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	SLC25A16	P16260	332 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896		Q6ZVH6	145 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	BCL6B	Q8N143	479 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896		Q8N8P6	123 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	OR2K2	Q8NGT1	345 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM110D	Q8TAY7	271 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	C17orf77	Q96MU5	243 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	VPS25	Q9BRG1	176 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	TPPP3	Q9BW30	176 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-233	ENST00000535896	LRBA	P50851	2863 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896		A0A0G2JLM5	398 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896		A0A1W2PPM0	123 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896		H0Y8G0	127 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	SNAI2	O43623	268 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	NDUFS7	O75251	213 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	DPM2	O94777	84 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	IGKC	P01834	107 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	CTSG	P08311	255 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	FABP2	P12104	132 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	PLN	P26678	52 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	ODF1	Q14990	250 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	KLF17	Q5JT82	389 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	NEGR1	Q7Z3B1	354 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF502	Q8TBZ5	544 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	MRAP2	Q96G30	205 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	RNF185	Q96GF1	192 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	TM2D2	Q9BX73	214 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	FBN2	P35556	2912 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	CREBBP	Q92793	2442 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	IGKV2-40	A0A087WW87	121 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	TRBV7-1	A0A0A6YYK4	115 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	TRAV12-1	A0A0B4J245	112 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	TRBV7-9	A0A0J9YWB2	115 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	NDUFS8	O00217	210 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	BUB3	O43684	328 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	TNFRSF6B	O95407	300 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	PPP1R17	O96001	155 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	IGKV2D-40	P01614	121 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	SMIM13	P0DJ93	91 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	MED14OS	P0DP75	135 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	LOXL1	Q08397	574 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-233	ENST00000535896	C11orf71	Q6IPW1	123 aa		4.89	□□□□□ -1.63

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