RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000535896.6

SYNE1-233, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 5

Gene SYNE1, Length 1,388 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-233	ENST00000535896	SIGLEC15	Q6ZMC9	328 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC00322	Q6ZN03	302 aa	Predicted RBP	5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	OR4C5	Q8NGB2	326 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	OR9G4	Q8NGQ1	327 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	PIFO	Q8TCI5	191 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	NEU4	Q8WWR8	484 aa	Predicted RBP	5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	SRSF12	Q8WXF0	261 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	PGLYRP4	Q96LB8	373 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	CLEC5A	Q9NY25	188 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNRD1	Q9P1U0	126 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	CTSZ	Q9UBR2	303 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	PEF1	Q9UBV8	284 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	CHTOP	Q9Y3Y2	248 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	INSIG2	Q9Y5U4	225 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896		U3KQK5	164 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	PKDREJ	Q9NTG1	2253 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	UTP20	O75691	2785 aa	Known RBP	5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	WI2-2373I1.2	A0A1W2PRP0	233 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	OVOL3	O00110	214 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	FCGR2B	P31994	310 aa	Predicted RBP	5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	GPR6	P46095	362 aa	Predicted RBP	5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	LYZ	P61626	148 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	RBX1	P62877	108 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	UNQ5815/PRO19632	Q6UWF5	114 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	FA2H	Q7L5A8	372 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ATOH7	Q8N100	152 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	RNF125	Q96EQ8	232 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF747	Q9BV97	191 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	AAMDC	Q9H7C9	122 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	DYNLRB1	Q9NP97	96 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ASH1L	Q9NR48	2969 aa	Known RBP	5	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	LOC105371242	A0A075B767	164 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896		A6NDN8	102 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC01546	A6NGU7	62 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	NPIPB5	A8MRT5	1133 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	OOSP1	A8MZH6	123 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	LY6L	H3BQJ8	138 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	TAX1BP3	O14907	124 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	MRPS12	O15235	138 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	NDUFA3	O95167	84 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	PLAU	P00749	431 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	IGKV1-17	P01599	117 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	RPL7	P18124	248 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	APOBEC3A	P31941	199 aa	Predicted RBP	4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	RAB9A	P51151	201 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	DIAPH2-AS1	Q14236	149 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	MAJIN	Q3KP22	176 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	TM4SF20	Q53R12	229 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	MPV17L2	Q567V2	206 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	HCP5	Q6MZN7	132 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	GOLT1A	Q6ZVE7	132 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ORMDL3	Q8N138	153 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	NPB	Q8NG41	125 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	CCL17	Q92583	94 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	RPE	Q96AT9	228 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ZC2HC1A	Q96GY0	325 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	CNFN	Q9BYD5	112 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	RPH3AL	Q9UNE2	315 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	PSG8	Q9UQ74	426 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ABCA12	Q86UK0	2595 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ARFGEF3	Q5TH69	2177 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ABCA4	P78363	2273 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896		K7EIM0	57 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896		K7ERU9	68 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	NBR2	O15453	112 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ENSA	O43768	121 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	NUDT3	O95989	172 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	HBD	P02042	147 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	HLA-DRB4	P13762	266 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	COL8A2	P25067	703 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	GPR183	P32249	361 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	BMI1	P35226	326 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	PCP4	P48539	62 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	CDSN	Q15517	529 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	VAMP3	Q15836	100 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	C21orf62-AS1	Q17RA5	79 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	KLK9	Q2XQG4	91 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	LYPD2	Q6UXB3	125 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	PRNT	Q86SH4	94 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	KIR3DL3	Q8N743	410 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF491	Q8N8L2	437 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	LY6G5B	Q8NDX9	201 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	OR11H6	Q8NGC7	330 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	OR4X2	Q8NGF9	303 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	PRSS3P2	Q8NHM4	247 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF414	Q96IQ9	312 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	THYN1	Q9P016	225 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	KLK9	Q9UKQ9	250 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	HLA-DRB4	X5D2U9	266 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	NOTCH2	Q04721	2471 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	RBAKDN	A6NC62	111 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896		M0R1W7	72 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	GOSR1	O95249	250 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ARMS2	P0C7Q2	107 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	MFAP4	P55083	255 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	ARF6	P62330	175 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	HSD52	Q0P140	79 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	COTL1	Q14019	142 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM104B	Q5XKR9	115 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-233	ENST00000535896	CCDC144NL	Q6NUI1	221 aa		4.97	□□□□□ -1.61

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