RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589706.1

SMAD4-208, Transcript of SMAD family member 4, human

TSL 3

Gene SMAD4, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SMAD4-208	ENST00000589706	LYZL2	Q7Z4W2	148 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ATOH7	Q8N100	152 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	OR5D13	Q8NGL4	314 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	OTOS	Q8NHW6	89 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	GTSF1	Q8WW33	167 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNRF4	Q8WWF5	429 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	VSTM2L	Q96N03	204 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ST6GALNAC5	Q9BVH7	336 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	MRPL32	Q9BYC8	188 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	IFI27L2	Q9H2X8	130 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ONECUT1	Q9UBC0	465 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNF835	Q9Y2P0	537 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	HEBP2	Q9Y5Z4	205 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ARL2-SNX15	V9GYD0	113 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	TRGV10	A0A0A0MS01	117 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	IGLV9-49	A0A0B4J1Y8	123 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706		F2Z2F3	143 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706		H3BMG7	143 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	SDCBP	O00560	298 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ATP6V0E1	O15342	81 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	PRKN	O60260	465 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CRLF1	O75462	422 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	SCRG1	O75711	98 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CXorf1	O96002	111 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	MOS	P00540	346 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV3-7	P01780	117 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	APCS	P02743	223 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	FUT1	P19526	365 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	NTF3	P20783	257 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	BLVRB	P30043	206 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	SRI	P30626	198 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	G6PC	P35575	357 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	RGR	P47804	291 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CLDN17	P56750	224 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC00205	P59089	165 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	PSG4	Q00888	419 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CATR1	Q13166	79 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNF141	Q15928	474 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	PPP1R27	Q86WC6	154 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	OOSP2	Q86WS3	158 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	KRTAP1-3	Q8IUG1	177 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	PRR22	Q8IZ63	422 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	OR9G1	Q8NH87	305 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ADAT3	Q96EY9	351 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	SOX21	Q9Y651	276 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	KCNE3	Q9Y6H6	103 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706		R4GMQ9	66 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	AKAP6	Q13023	2319 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	VPS13C	Q709C8	3753 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	HIVEP2	P31629	2446 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	HCFC1	P51610	2035 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	TRAV36DV7	A0A075B6V5	113 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	FOXI3	A8MTJ6	420 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	C11orf94	C9JXX5	98 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	PRAC2	D3DTV9	90 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	FNDC10	F2Z333	226 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	C16orf97	H3BN30	126 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	BMPR1B	O00238	502 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	KLF7	O75840	302 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	OR2J3	O76001	311 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	NTN1	O95631	604 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	PVR	P15151	417 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ASIP	P42127	132 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	NDUFV3	P56181	108 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	HERV-K104	P61576	105 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	DEFB113	Q30KQ7	82 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	SLC25A53	Q5H9E4	307 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	SLC35E4	Q6ICL7	350 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	LCN12	Q6JVE5	192 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CD164L2	Q6UWJ8	174 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	C16orf47	Q6ZP98	133 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CIART	Q8N365	385 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	OR4C12	Q96R67	309 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	TMEM59	Q9BXS4	323 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	MAP1LC3C	Q9BXW4	147 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	PPDPF	Q9H3Y8	114 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	HIGD1B	Q9P298	99 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	B4GALT7	Q9UBV7	327 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	NXT1	Q9UKK6	140 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CUBN	O60494	3623 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	PKD1L1	Q8TDX9	2849 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CNTRL	Q7Z7A1	2325 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706		A0A0A6YYD5	115 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV5-51	A0A0C4DH38	117 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CXorf51A	A0A1B0GTR3	108 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNF850	A8MQ14	1090 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706		E9PLD3	99 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	C11orf98	E9PRG8	122 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706		J3KT08	172 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	SSSCA1	O60232	199 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	SLC16A7	O60669	478 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CST7	O76096	145 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	APOM	O95445	188 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	FRMD6-AS1	P0C7T7	363 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV4-38-2	P0DP08	117 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	IFITM1	P13164	125 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	COX5A	P20674	150 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	CFHR2	P36980	270 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	VDAC2	P45880	294 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SMAD4-208	ENST00000589706	ERVK11-1	P61568	191 aa		4.61	□□□□□ -1.67

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