RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478932.1

USP25-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 25, human

TSL 1 (best)

Gene USP25, Length 2,605 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP25-208	ENST00000478932	MB21D2	Q8IYB1	491 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZKSCAN3	Q9BRR0	538 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TACC3	Q9Y6A5	838 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	BAZ2B	Q9UIF8	2168 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RREB1	Q92766	1687 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	KLF18	A0A0U1RQI7	1052 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PFKFB2	O60825	505 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MECOM	Q03112	1051 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CEBPZ	Q03701	1054 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	FAM184A	Q8NB25	1140 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MYL10	Q9BUA6	226 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MAGEB6P1	A0A0J9YX57	407 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SYCE3	A1L190	88 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PTPDC1	A2A3K4	754 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GOLGA8B	A8MQT2	603 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932		H3BQV1	296 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PRDM1	O75626	825 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	FDPS	P14324	419 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PTMS	P20962	102 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GRAP	Q13588	217 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZNF827	Q17R98	1081 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	IFFO2	Q5TF58	517 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	OTUD7B	Q6GQQ9	843 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	OLFM4	Q6UX06	510 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NEDD4	P46934	1319 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SBF2	Q86WG5	1849 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SPEF2	Q9C093	1822 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	POLRMT	O00411	1230 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CPLX1	O14810	134 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RXRB	P28702	533 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	EVC	P57679	992 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GRIK5	Q16478	980 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CRY2	Q49AN0	593 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	AKNAD1	Q5T1N1	836 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MSL1	Q68DK7	614 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MFSD6	Q6ZSS7	791 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MICU3	Q86XE3	530 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	IGDCC4	Q8TDY8	1250 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GRPEL1	Q9HAV7	217 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NHS	Q6T4R5	1651 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	C4B	P0C0L5	1744 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	USP17L12	C9JPN9	530 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	USP17L21	D6R901	530 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	IFIT3	O14879	490 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MRE11	P49959	708 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GPSM2	P81274	684 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	DIXDC1	Q155Q3	683 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ALX1	Q15699	326 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	APOA5	Q6Q788	366 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TTC6	Q86TZ1	520 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	FBXL16	Q8N461	479 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SMARCC2	Q8TAQ2	1214 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	C6orf229	H3BNL8	230 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PLSCR1	O15162	318 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	UFL1	O94874	794 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	POLR3D	P05423	398 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MMP10	P09238	476 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GNAT2	P19087	354 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CDC27	P30260	824 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ST5	P78524	1137 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PPARA	Q07869	468 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TMEM67	Q5HYA8	995 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NFXL1	Q6ZNB6	911 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RNF214	Q8ND24	703 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PHKB	Q93100	1093 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	AIFM3	Q96NN9	605 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	LLPH	Q9BRT6	129 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	POLL	Q9UGP5	575 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	XDH	P47989	1333 aa		4.84	□□□□□ -1.64
USP25-208	ENST00000478932	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		4.84	□□□□□ -1.64
USP25-208	ENST00000478932	LRP5	O75197	1615 aa		4.84	□□□□□ -1.64
USP25-208	ENST00000478932	CIC	Q96RK0	1608 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.64

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