RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	MBD6	Q96DN6	1003 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	FMC1	Q96HJ9	113 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF48	Q96MX3	618 aa	Predicted RBP	4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	NOL4L	Q96MY1	436 aa	Predicted RBP	4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	ATG101	Q9BSB4	218 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	SSBP3	Q9BWW4	388 aa	Predicted RBP	4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	FBXL15	Q9H469	300 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF492	Q9P255	531 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	ONECUT1	Q9UBC0	465 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	RNF24	Q9Y225	148 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	HIGD1A	Q9Y241	93 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	KLF12	Q9Y4X4	402 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	MINOS1-NBL1	R4GNA1	71 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	PRR14L	Q5THK1	2151 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	HCFC1	P51610	2035 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	TET2	Q6N021	2002 aa	Predicted RBP	4.99	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	LOC105371242	A0A075B767	164 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV30	A0A087WSZ9	112 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	NPIPB5	A8MRT5	1133 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF705G	A8MUZ8	300 aa	Predicted RBP	4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	LYNX1	G3V0Z9	82 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	FCN1	O00602	326 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	TIMM23	O14925	209 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	TOMM40	O96008	361 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	SLC25A5	P05141	298 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	NBEAP1	P0C6P0	100 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	LYNX1	P0DP58	116 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	HIST1H1E	P10412	219 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	MGST1	P10620	155 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	CRISP2	P16562	243 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	CBLN1	P23435	193 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	CNTFR	P26992	372 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	GRN	P28799	593 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	UBE2G1	P62253	170 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	DEFA6	Q01524	100 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	OR5I1	Q13606	314 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	PLGLA	Q15195	96 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	MMD	Q15546	238 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	USF2	Q15853	346 aa	Predicted RBP	4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM136	Q6ZRR5	245 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	REC114	Q7Z4M0	266 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	ATP5L2	Q7Z4Y8	100 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	BAGE2	Q86Y30	109 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	LURAP1L	Q8IV03	231 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	OR8I2	Q8N0Y5	310 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	OR1B1	Q8NGR6	318 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	IGFBPL1	Q8WX77	278 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM68	Q96MH6	324 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	RASL11B	Q9BPW5	248 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	RNASE7	Q9H1E1	156 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	C7orf69	Q9H7B7	122 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	OTOR	Q9NRC9	128 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	EPDR1	Q9UM22	224 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	SOX21	Q9Y651	276 aa	Predicted RBP	4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	MYO15A	Q9UKN7	3530 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	PGP	A6NDG6	321 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472		A6NNC1	897 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472		H3BRN7	92 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472		K7EIM0	57 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	SCGB2A1	O75556	95 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	ORM2	P19652	201 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	DDT	P30046	118 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	IER3	P46695	156 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	RAB4B	P61018	213 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	EBI3	Q14213	229 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	C5orf64	Q2M2E5	130 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	CDPF1	Q6NVV7	123 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	LYPD1	Q8N2G4	141 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472		Q8N6K4	173 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	OR4B1	Q8NGF8	309 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	TSKU	Q8WUA8	353 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	GPR82	Q96P67	336 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	WNT10A	Q9GZT5	417 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	GFRA4	Q9GZZ7	299 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF331	Q9NQX6	463 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	MRPL27	Q9P0M9	148 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	NAT8B	Q9UHF3	227 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	TBL2	Q9Y4P3	447 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	WDFY3	Q8IZQ1	3526 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	SPEG	Q15772	3267 aa		4.96	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	EP300	Q09472	2414 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.61
CLN3-223	ENST00000566472	TTC28	Q96AY4	2481 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV20	A0A0B4J274	112 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FAM231B	A6NCW3	169 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	OR2J3	O76001	311 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	GOSR1	O95249	250 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	CNIH1	O95406	144 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	LTA	P01374	205 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	TCRA	P04437	139 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	PSG1	P11464	419 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	HOXB4	P17483	251 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	S100A7	P31151	101 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	BRS3	P32247	399 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	LYZ	P61626	148 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	ARF6	P62330	175 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FXYD3	Q14802	87 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	KLK9	Q2XQG4	91 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	LBH	Q53QV2	105 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	C9orf152	Q5JTZ5	239 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	FAM209B	Q5JX69	171 aa		4.96	□□□□□ -1.62

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