RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	COL8A2	P25067	703 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	UBE2N	P61088	152 aa	Known RBP	7.18	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	TLE1	Q04724	770 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ACTL10	Q5JWF8	245 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	DUX4L9	Q6RFH8	374 aa	Predicted RBP	7.18	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	BTNL3	Q6UXE8	466 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	NUP37	Q8NFH4	326 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	NEK7	Q8TDX7	302 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	NEUROG1	Q92886	237 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CHODL	Q9H9P2	273 aa		7.18	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	MGST3	O14880	152 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CD99	P14209	185 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	KLRB1	Q12918	225 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ARSJ	Q5FYB0	599 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	SPANXN5	Q5MJ07	72 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	GFI1B	Q5VTD9	330 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	C11orf52	Q96A22	123 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	IMMP2L	Q96T52	175 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	TCEAL7	Q9BRU2	100 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	NAT8	Q9UHE5	227 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CGB1	A6NKQ9	187 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CLDN1	O95832	211 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	SCGB1D1	O95968	90 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00869	P0C866	280 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	GLRX	P35754	106 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	GGTLC1	Q9BX51	225 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	SRD5A3	Q9H8P0	318 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	C15orf61	A6NNL5	157 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	TRGC2	P03986	189 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	SPCS3	P61009	180 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	GNB1	P62873	340 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF816	Q0VGE8	651 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF788	Q6ZQV5	615 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	TPRX1	Q8N7U7	411 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	RAB24	Q969Q5	203 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	SARAF	Q96BY9	339 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF503	Q96F45	646 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CIB3	Q96Q77	187 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	PARL	Q9H300	379 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	GCM1	Q9NP62	436 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	PIEZO2	Q9H5I5	2752 aa		7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	TPR	P12270	2363 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0G2JNJ9	132 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	SMCO3	A2RU48	225 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	KRAS	P01116	189 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	TRGC1	P0CF51	173 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	STAG3L2	P0CL84	134 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	STAG3L3	P0CL85	134 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	DLX6	P56179	175 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	PNKD	Q8N490	385 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	OR10A7	Q8NGE5	316 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRC29	Q8WV35	223 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CBLN4	Q9NTU7	201 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912		Q9UFV3	132 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ELOA3C	A0A087WX78	387 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	MPDU1	O75352	247 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	IFNA17	P01571	189 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	OPN1MW	P04001	364 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	OPN1MW2	P0DN77	364 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	OPN1MW3	P0DN78	364 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	DDT	P30046	118 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	PTTG1IP	P53801	180 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	TAS2R60	P59551	318 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	REL	Q04864	619 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF833P	Q6ZTB9	187 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC01551	Q86U37	167 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	PRR18	Q8N4B5	295 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	C8orf31	Q8N9H6	132 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	OR4X1	Q8NH49	305 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM234A	Q9H0X4	552 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	DMRT1	Q9Y5R6	373 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CLDN34	H7C241	214 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	RPL39P5	Q59GN2	51 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	LCN15	Q6UWW0	184 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC25A48	Q6ZT89	311 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	R3HDM4	Q96D70	268 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	BBC3	Q96PG8	261 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	GAR1	Q9NY12	217 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	IDI2-AS1	Q9NZ38	188 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	FZR1	Q9UM11	496 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ARL2-SNX15	V9GYD0	113 aa		7.16	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	KIR2DP1	A0A0G2JNF4	349 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	KBTBD11-OT1	A0A1B0GTJ5	212 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	SIAH2	O43255	324 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	DEFA4	P12838	97 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	AREG	P15514	252 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	IGFBP2	P18065	325 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CD1B	P29016	333 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF137P	P52743	207 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00310	P59036	64 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ADORA2A-AS1	P86434	159 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CATR1	Q13166	79 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CDSN	Q15517	529 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	GCSAML	Q5JQS6	135 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF114	Q8NC26	417 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	OR10G9	Q8NGN4	311 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	OR10G7	Q8NGN6	311 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNS2	Q9ULS6	477 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	CSMD1	Q96PZ7	3565 aa		7.15	□□□□□ -1.26
SYNE1-215	ENST00000460912	IGKV1OR2-108	A0A075B7D4	117 aa		7.15	□□□□□ -1.26

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