RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-231	ENST00000568422	IGLV1-40	P01703	118 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	UBB	P0CG47	229 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	CEL	P19835	753 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	MYF6	P23409	242 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	PPP1CC	P36873	323 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	WNT4	P56705	351 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	GNMT	Q14749	295 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF260	Q3ZCT1	412 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF833P	Q6ZTB9	187 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF491	Q8N8L2	437 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	OR52L2P	Q8NGH6	319 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	OR1N2	Q8NGR9	330 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	PRR25	Q96S07	402 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	NABP2	Q9BQ15	211 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ERGIC3	Q9Y282	383 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422		I3L521	148 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	NBR2	O15453	112 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF616	Q08AN1	781 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	KIAA0141	Q14154	515 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	C6orf141	Q5SZD1	244 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	LIN54	Q6MZP7	749 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	FAM71F2	Q6NXP2	309 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	NPB	Q8NG41	125 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	OR2AK2	Q8NG84	335 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	NEDD4L	Q96PU5	975 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	MRPL20	Q9BYC9	149 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ABRACL	Q9P1F3	81 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	KIAA1456	Q9P272	454 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	PSORS1C1	Q9UIG5	152 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF256	Q9Y2P7	627 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	WSB1	Q9Y6I7	421 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	IGHV7-81	A0A0B4J1V7	117 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	TRAV41	A0A0B4J266	112 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ATP6V0E1	O15342	81 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	LRRC36	Q1X8D7	754 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	C5orf64	Q2M2E5	130 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	NKAPL	Q5M9Q1	402 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF429	Q86V71	674 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	C8orf59	Q8N0T1	100 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	MINDY2	Q8NBR6	621 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	FAM46B	Q96A09	425 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ANKRD60	Q9BZ19	345 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	KLK15	Q9H2R5	256 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	PLCXD1	Q9NUJ7	323 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	PIPOX	Q9P0Z9	390 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	STEAP1	Q9UHE8	339 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	RYR3	Q15413	4870 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	SAA2-SAA4	A0A096LPE2	208 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422		G3V318	75 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	NDUFA3	O95167	84 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	SAA2	P0DJI9	122 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	CHAT	P28329	748 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	RAB9A	P51151	201 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	GABPB1	Q06547	395 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	HMGN3	Q15651	99 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	MS4A15	Q8N5U1	240 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	NANOGP1	Q8N7R0	232 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	RBMXL1	Q96E39	390 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	RITA1	Q96K30	269 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	GHITM	Q9H3K2	345 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	GNB4	Q9HAV0	340 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	PARP11	Q9NR21	331 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	SORL1	Q92673	2214 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	RAB29	O14966	203 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	CNTFR	P26992	372 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	BLVRB	P30043	206 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	OR3A3	P47888	321 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	FAM27D1	Q5T7N8	215 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	GLT8D1	Q68CQ7	371 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF660	Q6AZW8	331 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	AHSA2	Q719I0	299 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	TCTEX1D1	Q8N7M0	179 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	KCNG3	Q8TAE7	436 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	PHYHIP	Q92561	330 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	SULT4A1	Q9BR01	284 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	FAAP24	Q9BTP7	215 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	TMEM59	Q9BXS4	323 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	SMAD5-AS1	Q9Y6J3	95 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLN3-231	ENST00000568422	OVOL1	O14753	267 aa		13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	MC5R	P33032	325 aa		13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	CRIP2	P52943	208 aa	Predicted RBP	13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	RPS27A	P62979	156 aa	Known RBP	13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	ACSM3	Q53FZ2	586 aa		13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	C1orf100	Q5SVJ3	147 aa		13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	ASPHD1	Q5U4P2	390 aa		13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	MOB1B	Q7L9L4	216 aa		13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	FBLIM1	Q8WUP2	373 aa		13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	IL1F10	Q8WWZ1	152 aa		13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	IFI27L2	Q9H2X8	130 aa		13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	RIMS4	Q9H426	269 aa	Predicted RBP	13.08	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	OR5H14	A6NHG9	310 aa		13.07	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	C3orf84	H3BNL1	204 aa		13.07	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	ITGB1BP1	O14713	200 aa		13.07	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	LY86	O95711	162 aa		13.07	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	NAPSA	O96009	420 aa		13.07	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	GNB1	P62873	340 aa		13.07	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	TMEM267	Q0VDI3	215 aa	Predicted RBP	13.07	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	C19orf54	Q5BKX5	351 aa		13.07	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	RNLS	Q5VYX0	342 aa		13.07	□□□□□ -0.32
CLN3-231	ENST00000568422	LAIR2	Q6ISS4	152 aa		13.07	□□□□□ -0.32

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